genome-music-clinical-correlationp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

korelasi klinis musik genom - Menghubungkan sifat fenotipik terhadap gen yang bermutasi, atau
terhadap varian individu

VERSION

Dokumen ini menjelaskan korelasi klinis musik genom versi 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

RINGKASAN

korelasi klinis musik genom --bam-list=? --output-file=? [--maf-file=?]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--file-matriks-korelasi-klinis=?] [--file-matriks-korelasi-klinis=?]
[--tipe-data-genetik=?] [--file-data-numerik-klinis=?] [--metode-uji-data-numerik=?]
[--file-data-klinis-kategoris=?] [--glm-model-file=?]

... musik klinis-korelasi \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--file-data-numerik-klinis /path/myNumericData.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--file keluaran /path/output_file

... musik klinis-korelasi \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--file-data-numerik-klinis /path/myNumericData.tsv \
--file-data-klinis-kategoris /path/myClassData.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--file keluaran /path/output_file

... musik klinis-korelasi \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--file keluaran /jalur/file_output \
--glm-model-file /path/model.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/glm_clinical_data.tsv \
--gunakan-maf-in-glm

DIBUTUHKAN ARGUMEN

daftar bam Teks
Daftar file BAM yang dibatasi tab [sample_name, normal_bam, tumor_bam] (Lihat Deskripsi)

berkas keluaran Teks
Hasil alat korelasi klinis. Akan ditambahkan akhiran untuk tipe data

OPSIONAL ARGUMEN

file-maf Teks
Daftar mutasi menggunakan spesifikasi TCGA MAF v2.3

glm-klinis-data-file Teks
Sifat klinis, profil mutasi, data klinis campuran lainnya (Lihat DESKRIPSI)

gunakan-maf-in-glm Boolean
Buat matriks varian dari file MAF sebagai input varian untuk analisis GLM.

Nilai default 'false' (--nouse-maf-in-glm) jika tidak ditentukan

nouse-maf-in-glm Boolean
Jadikan penggunaan-maf-in-glm 'salah'

lewati-non-coding Boolean
Lewati mutasi non-coding dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan skip-non-coding 'salah'

lewati diam Boolean
Lewati mutasi senyap dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-diam Boolean
Jadikan skip-silent 'salah'

klinis-korelasi-matriks-file Teks
Tentukan file untuk menyimpan matriks sampel-vs-gen yang dibuat selama perhitungan

file-input-klinis-korelasi-matriks Teks
Alih-alih membuat ini dari MAF, masukkan matriks sampel-vs-gen untuk
perhitungan

tipe-data genetik Teks
Menghubungkan data klinis dengan data tingkat "gen" atau "varian"

Nilai default 'gen' jika tidak ditentukan

file-data-klinis-numerik Teks
Tabel sampel (y) vs. kategori data klinis numerik (x)

metode-tes-data-numerik Teks
Baik 'cor' untuk Pearson Correlation atau 'wilcox' untuk Wilcoxon Rank-Sum Test untuk
data klinis numerik

Nilai default 'cor' jika tidak ditentukan

file-data-klinis-kategoris Teks
Tabel sampel (y) vs kategori data klinis kategoris (x)

glm-model-file Teks
File yang menguraikan jenis model, variabel respons, kovarian, dll. untuk GLM
analisis. (Lihat deskripsi)

DESKRIPSI

Perintah ini menghubungkan ciri-ciri klinis dan data mutasi. Salah satu dapat melakukan
analisis korelasi antara mutasi yang direkam dalam MAF dan fenotipik tertentu
ciri-ciri yang direkam dalam file data klinis untuk sampel yang sama, atau seseorang dapat menjalankan
analisis model linier (GLM) pada jenis data yang sama.

File data klinis untuk korelasi harus dipisahkan antara numerik dan kategorik
data dan harus mengikuti konvensi ini:

· Header diperlukan

· Setiap file harus menyertakan setidaknya 1 kolom sample_id dan 1 kolom atribut, dengan
formatnya adalah [sample_id clinical_data_attribute_1 klinis_data_attribute_2 ...]

· ID sampel harus cocok dengan ID sampel yang tercantum dalam MAF di bawah "Tumor_Sample_Barcode"
untuk menghubungkan mutasi sampel ini.

Perhatikan pentingnya tajuk: tajuk untuk setiap atribut_data klinis akan
muncul di file output untuk menunjukkan hubungan dengan data mutasi dari MAF.

Secara internal, data input dimasukkan ke dalam skrip R yang menghitung nilai-P yang mewakili
probabilitas bahwa korelasi terlihat antara mutasi pada setiap gen (atau varian)
dan setiap sifat fenotipe adalah acak. Nilai P yang lebih rendah menunjukkan keacakan yang lebih rendah, atau mungkin
korelasi yang benar.

Hasilnya disimpan ke nama file keluaran yang diberikan dengan akhiran yang ditambahkan; ".numerik.csv"
akan ditambahkan untuk hasil yang diperoleh dari data klinis numerik, dan ".categorical.csv"
akan ditambahkan untuk hasil yang diperoleh dari data klinis kategoris. Juga, ".glm.csv" akan
ditambahkan ke nama file keluaran untuk hasil GLM.

Analisis GLM menerima file data klinis numerik dan kategorik campuran, masukan menggunakan:
parameter --glm-clinical-data-file. Data klinis GLM harus mematuhi format yang dijelaskan
di atas untuk file data klinis korelasi. GLM juga mengharuskan pengguna untuk memasukkan a
--glm-model-file. File ini memerlukan tajuk khusus dan mendefinisikan analisisnya menjadi
dilakukan agak tepat. Berikut adalah konvensi yang diperlukan untuk file ini:

· Kolom harus diurutkan sebagai berikut:

· [ analisis_tipe klinis_data_sifat_nama varian/nama_gene kovariat memo ]

· Kolom 'analysis_type' harus berisi "Q", yang menunjukkan sifat kuantitatif, atau
"B", menunjukkan sifat biner yang akan diperiksa.

· 'Nama_data_klinis' adalah nama sifat data klinis yang didefinisikan sebagai
header di --glm-clinical-data-file.

· 'Varian/nama_gen' dapat berupa nama dari satu atau lebih kolom dari
--glm-clinical-data-file, atau nama satu atau lebih nama gen yang bermutasi dari MAF,
dipisahkan oleh "|". Jika kolom ini dibiarkan kosong, atau malah berisi "NA", maka masing-masing
kolom baik dari matriks mutasi varian (--use-maf-in-glm) atau alternatif dari
--glm-clinical-data-file digunakan secara berurutan sebagai kolom varian secara independen
analisis.

· 'kovariat' adalah nama dari satu atau lebih kolom dari --glm-clinical-data-file,
dipisahkan oleh "+".

· 'memo' adalah catatan yang dianggap berguna bagi pengguna. Ini akan dicetak dalam data output
mengajukan referensi.

Analisis GLM dapat dilakukan hanya dengan menggunakan input data ke --glm-clinical-data-file,
seperti dijelaskan di atas, atau sebagai alternatif, data mutasi dari MAF dapat dimasukkan sebagai:
varian dalam analisis GLM, seperti juga dijelaskan di atas. Gunakan tanda --use-maf-in-glm untuk
menyertakan matriks mutasi yang berasal dari maf sebagai data varian.

Perhatikan bahwa semua file input untuk korelasi dan analisis GLM harus dipisahkan tab.

ARGUMEN

--bam-daftar
Berikan file yang berisi nama sampel dan lokasi BAM normal/tumor untuk masing-masing. Menggunakan
format tab-delimited [sample_name normal_bam tumor_bam] per baris. Alat ini saja
membutuhkan sample_name, sehingga semua kolom lainnya dapat dilewati. Sample_name harus
sama dengan nama sampel tumor yang digunakan dalam file MAF (kolom ke-16, dengan header
Tumor_Sample_Barcode).

Gunakan genome-music-clinical-correlationp online menggunakan layanan onworks.net