genome-music-survivalp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

kelangsungan hidup musik genom - Buat plot kelangsungan hidup dan nilai-P untuk klinis dan mutasi
fenotipe.

VERSION

Dokumen ini menjelaskan genome music survival versi 0.04 (2016-01-01 pukul 23:10:18)

RINGKASAN

kelangsungan hidup musik genom --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--tipe-data-genetik=?] [--file-data-numerik-klinis=?]
[--file-data-klinis-kategoris=?] [--glm-file-data-klinis=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... kelangsungan hidup musik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--file-data-numerik-klinis /path/myNumericData.tsv \
--file-data-klinis-kategoris /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... kelangsungan hidup musik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... kelangsungan hidup musik \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Ras,Gender,TP53' \
--output-dir /path/output_directory

DIBUTUHKAN ARGUMEN

daftar bam Teks
Daftar nama sampel yang akan dimasukkan dalam analisis. (Lihat deskripsi)

keluaran-dir Teks
Direktori tempat file output akan ditulis

OPSIONAL ARGUMEN

file-maf Teks
Daftar mutasi dalam format MAF

lewati diam Boolean
Lewati mutasi senyap dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-diam Boolean
Jadikan skip-silent 'salah'

tipe-data genetik Teks
Menghubungkan data klinis dengan data tingkat "gen" atau "varian"

Nilai default 'gen' jika tidak ditentukan

file-data-klinis-numerik Teks
Tabel sampel (y) vs. kategori data klinis numerik (x)

file-data-klinis-kategoris Teks
Tabel sampel (y) vs kategori data klinis kategoris (x)

glm-klinis-data-file Teks
Ciri-ciri klinis, profil mutasi, data klinis campuran lainnya (Lihat DESKRIPSI).

fenotipe-untuk-termasuk Teks
Sertakan hanya gen dan/atau fenotipe ini dalam analisis. (DIBATAS KOMMA)

penempatan legenda Teks
Pilih salah satu dari 'kiri bawah', 'kiri atas', 'kanan atas', atau 'kanan bawah'.

Nilai default 'kiri bawah' jika tidak ditentukan

lewati-non-coding Boolean
Lewati mutasi non-coding dari file MAF yang disediakan

Nilai default 'true' jika tidak ditentukan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan skip-non-coding 'salah'

DESKRIPSI

Perintah ini melakukan analisis kelangsungan hidup dan memplot kurva kelangsungan hidup untuk data mutasi, sebagai
serta sifat klinis apa pun yang menarik seperti yang ditentukan melalui input --phenotypes-to-include
parameter. Analisis yang dilakukan meliputi estimator Kaplan-Meier diikuti oleh Cox
Model Bahaya Proporsional. Keluaran untuk setiap gen/sifat klinis yang dianalisis meliputi kelangsungan hidup
kurva, rasio bahaya (dengan interval kepercayaan), dan nilai-P dan FDR yang menggambarkan
pentingnya perbedaan antara yang selamat dan yang tidak selamat.

Semua file data klinis dicari untuk "status_vital" yang diperlukan (tidak peka huruf besar/kecil)
dan kolom "days_to_last_followup" yang dipasangkan dengan fenotipe melalui ID sampel untuk
analisis kelangsungan hidup. Kolom pertama dari semua file data klinis HARUS berisi sampel
ID, sama seperti di alat MuSiC lainnya. Secara default, analisis dilakukan pada setiap gen yang ada
di MAAF. Secara opsional, analisis mungkin dibatasi hanya pada gen tertentu dengan mendaftarnya
(dibatasi koma) setelah parameter masukan --phenotypes-to-include. Analisis kelangsungan hidup mungkin
juga dilakukan pada kolom lain dalam file data klinis dengan menambahkan header kolom
ke daftar entri yang ditentukan setelah parameter input --phenotypes-to-include.

Berikut adalah beberapa guildeline umum untuk membuat file input data klinis:

· Header diperlukan.

· Kolom pertama dari setiap file data klinis harus berisi ID sampel yang cocok dengan itu
baik di --bam-list dan daftar varian MAF (di MAF, ini adalah
Kolom Tumor_Sample_Barcode, khususnya).

· Dalam setidaknya satu input file data klinis, kolom dengan header "status_vital"
dan "days_to_last_followup" (tidak peka huruf besar/kecil) harus ada. "status_vital" harus
digambarkan oleh 1 dan 0, di mana 0 menunjukkan 'hidup', dan 1 menunjukkan 'almarhum'.

Perhatikan bahwa semua file input harus dipisahkan tab.

ARGUMEN

--bam-daftar
Berikan file yang berisi nama sampel dan lokasi BAM normal/tumor untuk masing-masing. Menggunakan
format tab-delimited [sample_name normal_bam tumor_bam] per baris. Alat ini saja
membutuhkan sample_name, sehingga semua kolom lainnya dapat dilewati. Sample_name harus
sama dengan nama sampel tumor yang digunakan dalam file MAF (kolom ke-16, dengan header
Tumor_Sample_Barcode).

Gunakan genome-music-survivalp online menggunakan layanan onworks.net