Ini adalah perintah glam2-purge yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
glam2-purge - Menghapus urutan yang berlebihan dari file FASTA
RINGKASAN
glam2-pembersihan fillet skor [Pilihan]
DESKRIPSI
glam2-pembersihan adalah versi modifikasi dari Andrew Neuwald´s pembersihan program yang menghapus redundan
urutan dari file FASTA. Ini direkomendasikan untuk mencegah sangat mirip
urutan mendistorsi pencarian motif. Pembersihan bekerja dengan DNA atau protein
urutan dan membuat file output sedemikian rupa sehingga tidak ada dua urutan yang memiliki lokal (tanpa celah)
skor keselarasan lebih besar dari ambang batas yang ditentukan oleh pengguna. File keluaran bernama
. . Skor keselarasan didasarkan pada matriks BLOSUM62 untuk protein, dan pada a
Skema penilaian +5/-1 untuk DNA. Pembersihan juga dapat digunakan untuk menutupi pengulangan tandem. Ini menggunakan
program XNU untuk tujuan ini.
PILIHAN
-n
Urutannya adalah DNA (default: protein).
-b
Gunakan metode heuristik ledakan (default untuk protein).
-e
Gunakan metode lengkap (default untuk DNA).
-q
Pertahankan urutan pertama di set.
-x
Gunakan xnu untuk menutupi pengulangan tandem protein.
Gunakan glam2-purge online menggunakan layanan onworks.net