This is the command gmt-music-smgp that can be run in the OnWorks free hosting provider using one of our multiple free online workstations such as Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator or MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
gmt music smg - Identify significantly mutated genes.
VERSION
This document describes gmt music smg version 0.04 (2016-01-01 at 23:10:18)
RINGKASAN
gmt music smg --gene-mr-file=? --output-file=? [--max-fdr=?] [--skip-low-mr-genes]
[--bmr-modifier-file=?] [--prosesor=?]
... musik smg \
--gene-mr-file output_dir/gene_mrs \
--file keluaran output_dir/smgs
("File-gen-mr" dapat dibuat menggunakan alat "music bmr calc-bmr".)
DIBUTUHKAN ARGUMEN
file-gen-mr Teks
File dengan tingkat mutasi per gen (Dibuat menggunakan "music bmr calc-bmr")
berkas keluaran Teks
File keluaran yang akan mencantumkan gen yang bermutasi secara signifikan dan nilai-pnya
OPSIONAL ARGUMEN
max-fdr Jumlah
Tingkat penemuan palsu maksimum yang diizinkan untuk suatu gen dianggap sebagai SMG
Nilai default '0.2' jika tidak ditentukan
lewati-rendah-mr-gen Boolean
Lewati pengujian gen dengan MR lebih rendah dari MR latar belakang
Nilai default 'true' jika tidak ditentukan
noskip-rendah-mr-gen Boolean
Jadikan skip-low-mr-genes 'salah'
bmr-pengubah-file Teks
Pengganda yang dibatasi tab per gen yang memodifikasi BMR sebelum menguji [gene_name
bmr_modifier]
prosesor Bilangan bulat
Jumlah prosesor yang akan digunakan (membutuhkan paket 'foreach' dan 'doMC' R)
Nilai default '1' jika tidak ditentukan
DESKRIPSI
Skrip ini menjalankan alat statistik berbasis R untuk mengidentifikasi Gen yang Bermutasi Secara Signifikan (SMG),
ketika diberikan tingkat mutasi per gen yang dikategorikan berdasarkan jenis mutasi, dan secara keseluruhan
tingkat mutasi latar belakang (BMR) untuk masing-masing kategori tersebut (gene_mr_file, dibuat menggunakan
"musik bmr calc-bmr").
Nilai-P dan tingkat penemuan palsu (FDR) untuk setiap gen dalam file_gen_mr dihitung
menggunakan tiga tes: uji Fisher's Combined P-value (FCPT), uji Likelihood Ratio (LRT), dan
Tes Konvolusi (CT). Untuk sebuah gen, jika FDR-nya untuk setidaknya 2 dari tes ini adalah <=
max_fdr, itu akan menjadi output sebagai SMG. File keluaran lain dengan awalan "_detailed" akan
memiliki nilai-p dan FDR untuk semua gen.
ARGUMEN
--bmr-pengubah-file
Pengguna dapat memberikan pengubah BMR untuk setiap gen dalam file ROI, yaitu:
pengganda untuk tingkat mutasi latar belakang yang dikategorikan, sebelum mengujinya terhadap
tingkat mutasi yang dikategorikan gen. File semacam itu dapat digunakan untuk mengoreksi regional
atau bias sistematis dalam tingkat mutasi di seluruh genom yang mungkin berkorelasi dengan CpG
deaminasi atau proses perbaikan DNA seperti perbaikan atau ketidakcocokan yang digabungkan dengan transkripsi
memperbaiki. Tingkat mutasi juga telah dikaitkan dengan waktu replikasi DNA, di mana:
tingkat mutasi yang lebih tinggi terlihat di daerah replikasi yang terlambat. Perhatikan bahwa per-
pengganda gen digunakan pada setiap kategori mutasi BMR. Gen apa pun dari file ROI
yang tidak ada dalam file pengubah BMR akan diuji terhadap BMR keseluruhan yang tidak dimodifikasi
per kategori mutasi. Pengubah BMR <=0 tidak diizinkan, karena itu hanya
bodoh.
--skip-rendah-mr-gen
Gen dengan MR yang lebih rendah secara konsisten daripada BMR di seluruh kategori mutasi, mungkin menunjukkan
dalam hasil sebagai SMG (oleh CT atau LRT). Jika gen seperti itu tidak menarik, mereka
dapat diberi nilai p 1. Ini juga harus mempercepat. Gen dengan yang lebih tinggi
Tingkat Indel atau Pemotongan dari latar belakang tidak akan dilewati bahkan jika gen
MR keseluruhan lebih rendah dari BMR. Jika bmr-modifiers diterapkan, langkah ini menggunakan
dimodifikasi BMR sebagai gantinya.
PENULIS
Qunyuan Zhang, Ph.D.
Cyriac Kandoth, Ph.D.
Nathan D. Dees, Ph.D.
Use gmt-music-smgp online using onworks.net services
