Ini adalah perintah gmx-dyndom yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-dyndom - Interpolasi dan ekstrapolasi rotasi struktur
RINGKASAN
gmx dindom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-sudut pertama ] [-Latangle ] [-nbingkai ]
[-sudut maksimal ] [-trans ] [-kepala ]
[-ekor ]
DESKRIPSI
gmx dindom membaca a .pdb keluaran file dari DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Saya t
membaca koordinat, koordinat sumbu rotasi, dan file indeks yang berisi
domain. Selanjutnya, dibutuhkan atom pertama dan terakhir dari file panah sebagai perintah
argumen garis (kepala dan ekor) dan akhirnya dibutuhkan vektor terjemahan (diberikan dalam
file info DynDom) dan sudut rotasi (juga sebagai argumen baris perintah). Jika sudut
ditentukan oleh DynDom diberikan, seseorang harus dapat memulihkan struktur kedua yang digunakan untuk
menghasilkan keluaran DynDom. Karena akurasi numerik yang terbatas, ini seharusnya
diverifikasi dengan menghitung RMSD semua atom (menggunakan gmx konfirmasi) daripada dengan perbandingan file
(menggunakan perbedaan).
Tujuan dari program ini adalah untuk menginterpolasi dan mengekstrapolasi rotasi seperti yang ditemukan oleh
DynDom. Akibatnya struktur tidak fisik dengan ikatan panjang atau pendek, atau atom yang tumpang tindih
dapat diproduksi. Inspeksi visual, dan minimalisasi energi mungkin diperlukan untuk memvalidasi
struktur.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
File bank data protein
-n [<.ndx>] (domain.ndx)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xtc/.trr/...>] (diputar.xtc)
Lintasan: xtc tr gro g96 pdb tng
Pilihan lainnya:
-sudut pertama (0)
Sudut rotasi terhadap vektor rotasi
-Latangle (0)
Sudut rotasi terhadap vektor rotasi
-nbingkai (11)
Jumlah langkah di jalur
-sudut maksimal (0)
DymDom menentukan sudut rotasi terhadap vektor rotasi
-trans (0)
Terjemahan (Angstrom) sepanjang vektor rotasi (lihat file info DynDom)
-kepala (0 0 0)
Atom pertama dari vektor panah
-ekor (0 0 0)
Atom terakhir dari vektor panah
Gunakan gmx-dyndom online menggunakan layanan onworks.net
