Ini adalah perintah gmx-make_ndx yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-make_ndx - Membuat file indeks
RINGKASAN
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]] [-o [<.ndx>]]
[-natom ] [-[tidak menang]
DESKRIPSI
Grup indeks diperlukan untuk hampir setiap program GROMACS. Semua program ini bisa
menghasilkan grup indeks default. Anda HANYA harus menggunakan gmx buat_ndx ketika Anda membutuhkan KHUSUS
kelompok indeks. Ada grup indeks default untuk seluruh sistem, 9 grup indeks default
untuk protein, dan grup indeks default dibuat untuk setiap nama residu lainnya.
Ketika tidak ada file indeks yang disediakan, juga gmx buat_ndx akan menghasilkan grup default. Dengan
editor indeks yang dapat Anda pilih pada nama dan nomor atom, residu dan rantai. Saat berlari
file input disediakan Anda juga dapat memilih pada jenis atom. Anda dapat menggunakan NOT, AND dan OR, you
dapat membagi kelompok menjadi rantai, residu atau atom. Anda dapat menghapus dan mengganti nama grup.
Penomoran atom di editor dan file indeks dimulai dari 1.
Grafik -kembar switch menduplikasi semua grup indeks dengan offset -natom, yang bermanfaat
untuk konfigurasi membran dua lapis Elektrofisiologi Komputasi.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Opsional)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya tpr
-n [<.ndx> [...] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.ndx>] (indeks.ndx)
File indeks
Pilihan lainnya:
-natom (0)
atur jumlah atom (default: baca dari koordinat atau file indeks)
-[tidak menang (tidak)
Gandakan semua grup indeks dengan offset -natoms
Gunakan gmx-make_ndx online menggunakan layanan onworks.net
