gmx-sasa - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-sasa - Hitung luas permukaan yang dapat diakses pelarut

RINGKASAN

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-aneh [<.xvg>]] [-Atau [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-televisi [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-Anda ] [-xvg ] [-[tidak]rmpbc]
[-[tidak]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-menguji ]
[-ndot ] [-[tidak]keuntungan] [-dgs ]
[-permukaan ] [-keluaran ]

DESKRIPSI

gmx sasa menghitung luas permukaan yang dapat diakses pelarut. Lihat Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Hitung. Kimia 16, 273-284 untuk algoritma yang digunakan. Dengan
-q, permukaan Connolly dapat dihasilkan juga dalam a .pdb file di mana node berada
direpresentasikan sebagai atom dan tepi yang menghubungkan node terdekat sebagai catatan CONECT. -aneh
memungkinkan untuk estimasi energi bebas solvasi dari energi solvasi per atom per
luas permukaan yang terbuka.

Program ini membutuhkan pilihan untuk perhitungan permukaan yang akan ditentukan dengan
-permukaan. Ini harus selalu terdiri dari semua atom non-pelarut dalam sistem. daerah
kelompok ini selalu dihitung. Opsional, -keluaran dapat menentukan pilihan tambahan,
yang harus menjadi himpunan bagian dari grup kalkulasi. Area yang dapat diakses pelarut untuk ini
kelompok juga diekstraksi dari permukaan penuh.

Rata-rata dan standar deviasi daerah di atas lintasan dapat dihitung per
residu dan atom (opsi -Atau dan -oa).

Dengan -televisi pilihan volume total dan kepadatan molekul dapat dihitung. Dengan
-pbc (default), Anda harus memastikan bahwa molekul/gugus permukaan Anda tidak terbelah
PBC. Jika tidak, Anda akan mendapatkan hasil yang tidak masuk akal. Harap pertimbangkan juga apakah
radius probe normal sesuai dalam kasus ini atau apakah Anda lebih suka menggunakan, misalnya, 0.
Perlu diingat bahwa hasil volume dan kepadatan sangat mendekati.
Misalnya, dalam es Ih, seseorang dapat dengan mudah memasukkan molekul air ke dalam pori-pori yang akan menghasilkan
volume yang terlalu rendah, dan luas permukaan dan kepadatan yang keduanya terlalu tinggi.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan masukan atau konfigurasi tunggal: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur masukan: tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
Grup indeks ekstra

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
Luas total sebagai fungsi waktu

-aneh [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opsional)
Estimasi energi bebas solvasi sebagai fungsi waktu

-Atau [<.xvg>] (resarea.xvg) (Opsional)
Area rata-rata per residu

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opsional)
Luas rata-rata per atom

-televisi [<.xvg>] (volume.xvg) (Opsional)
Volume total dan kepadatan sebagai fungsi waktu

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Opsional)
File PDB untuk permukaan Connolly

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya jika t MOD dt == pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Pemformatan plot: tidak ada, xmgrace, xmgr

-[tidak]rmpbc (Iya)
Buat molekul utuh untuk setiap bingkai

-[tidak]pbc (Iya)
Gunakan kondisi batas periodik untuk perhitungan jarak

-sf
Berikan pilihan dari file

-selrpos (atom)
Pemilihan posisi referensi: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, sebagian_res_com,
bagian_res_cog, bagian_mol_com, bagian_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
din_mol_cog

-menguji (0.14)
Jari-jari probe pelarut (nm)

-ndot (24)
Jumlah titik per bola, lebih banyak titik berarti lebih akurat

-[tidak]keuntungan (Iya)
Keluarkan protein ke Connolly .pdb file juga

-dgs (0)
Nilai default untuk energi bebas solvasi per luas (kJ/mol/nm^2)

-permukaan
Pemilihan perhitungan permukaan

-keluaran
Pilihan keluaran

Gunakan gmx-sasa online menggunakan layanan onworks.net