Ini adalah perintah gmx-spol yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-spol - Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekitar zat terlarut
RINGKASAN
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[sekarang]
[-xvg ] [-[tidak]com] [-refat ] [-rmin ]
[-max ] [-mencelupkan ] [-bw ]
DESKRIPSI
gmx seks menganalisis dipol di sekitar zat terlarut; hal ini sangat berguna untuk air terpolarisasi.
Sekelompok atom referensi, atau pusat referensi massa (opsi -kom) dan sekelompok
atom pelarut diperlukan. Program ini membagi kelompok atom pelarut menjadi molekul.
Untuk setiap molekul pelarut jarak ke atom terdekat dalam kelompok referensi atau ke
COM ditentukan. Distribusi kumulatif dari jarak ini diplot. Untuk setiap
jarak antara -rmin dan -max produk dalam dari vektor jarak dan dipol
molekul pelarut ditentukan. Untuk molekul pelarut dengan muatan bersih (ion),
muatan bersih ion dikurangi secara merata dari semua atom dalam pemilihan setiap ion.
Rata-rata komponen dipol ini dicetak. Hal yang sama dilakukan untuk polarisasi,
di mana dipol rata-rata dikurangi dari dipol sesaat. Besarnya
dipol rata-rata diatur dengan opsi -mencelupkan, arahnya ditentukan oleh vektor dari
atom pertama dalam kelompok pelarut yang dipilih ke titik tengah antara yang kedua dan
atom ketiga.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
file xvgr/xmgr
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
-[tidak]com (tidak)
Gunakan pusat massa sebagai posisi referensi
-refat (1)
Atom referensi dari molekul pelarut
-rmin (0)
Jarak maksimum (nm)
-max (0.32)
Jarak maksimum (nm)
-mencelupkan (0)
Dipol rata-rata (D)
-bw (0.01)
Lebar tempat sampah
Gunakan gmx-spol online menggunakan layanan onworks.net
