gmx-tcaf - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-tcaf - Hitung viskositas cairan

RINGKASAN

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-dari [<.xvg>]]
[-ok [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-xvg ] [-[tidak]mol] [-[tidak]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[tidak]menormalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulai ] [-akhir cocok ]

DESKRIPSI

gmx tcaf menghitung autokorelasi arus transversal. Ini digunakan untuk memperkirakan
viskositas geser, eta. Untuk detail lihat: Palmer, Phys. Wahyu E 49 (1994) hal 359-366.

Arus transversal dihitung menggunakan k-vektor (1,0,0) dan (2,0,0) masing-masing juga di
itu y- Dan z-arah, (1,1,0) dan (1,-1,0) masing-masing juga di 2 bidang lainnya (ini
vektor tidak independen) dan (1,1,1) dan 3 diagonal kotak lainnya (juga tidak
Mandiri). Untuk setiap k-vektor digunakan sinus dan cosinus, dalam kombinasi dengan
kecepatan dalam 2 arah tegak lurus. Ini memberikan total 16*2*2=64 transversal
arus. Satu autokorelasi dihitung pas untuk setiap k-vektor, yang memberikan 16
TCAF. Masing-masing TCAF ini dipasang ke f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = kuadrat(1 - 4 tau eta/rho k^2), yang memberikan 16 nilai tau dan eta. cocok
bobot meluruh secara eksponensial dengan konstanta waktu w (diberikan dengan -wt) sebagai exp(-t/w), dan
TCAF dan fit dihitung hingga waktu 5*w. Nilai eta harus dicocokkan dengan 1 - a
eta(k) k^2, dari mana seseorang dapat memperkirakan viskositas geser pada k=0.

Ketika kotaknya berbentuk kubik, seseorang dapat menggunakan opsi -ok, yang rata-rata TCAFs secara keseluruhan
k-vektor dengan panjang yang sama. Ini menghasilkan TCAF yang lebih akurat. Kedua kubik
TCAF dan kecocokan ditulis ke -ok Perkiraan eta kubik juga ditulis ke -ov.

Dengan pilihan -mol, arus transversal ditentukan dari molekul, bukan atom. Di dalam
dalam hal ini, kelompok indeks harus terdiri dari nomor molekul, bukan nomor atom.

Viskositas yang bergantung pada k dalam -ov file harus dipasang ke eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
untuk mendapatkan viskositas pada panjang gelombang tak terhingga.

Catatan: pastikan Anda menulis koordinat dan kecepatan cukup sering. Inisial,
non-eksponensial, bagian dari fungsi autokorelasi sangat penting untuk mendapatkan
cocok.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-ot [<.xvg>] (transkur.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
file xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
file xvgr/xmgr

-dari [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
file xvgr/xmgr

-ok [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]mol (tidak)
Hitung TCAF molekul

-[tidak]k34 (tidak)
Gunakan juga k=(3,0,0) dan k=(4,0,0)

-wt (5)
Waktu peluruhan eksponensial untuk bobot fit TCAF

-acflen (-1)
Panjang ACF, defaultnya adalah setengah dari jumlah frame

-[tidak]menormalkan (Iya)
Normalisasikan ACF

-P (0)
Orde polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tidak ada): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Tidak ada)
Sesuaikan fungsi: tidak ada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-mulai (0)
Waktu di mana untuk memulai kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi

-akhir cocok (-1)
Waktu untuk mengakhiri kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi, -1 adalah sampai
akhir

Gunakan gmx-tcaf online menggunakan layanan onworks.net