Ini adalah perintah gmx-trjorder yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-trjorder - Mengurutkan molekul menurut jaraknya ke suatu grup
RINGKASAN
urutan gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-kulit [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [dibuat ]
[-in ] [-[tidak]com] [-r ] [-[tidak]z]
DESKRIPSI
gmx pesanan mengurutkan molekul menurut jarak terkecil ke atom dalam referensi
grup atau pada koordinat z (dengan opsi -z). Dengan pemesanan jarak jauh, ia akan meminta
kelompok atom referensi dan kelompok molekul. Untuk setiap kerangka lintasan,
molekul yang dipilih akan disusun ulang sesuai dengan jarak terpendek antara atom
jumlah -in dalam molekul dan semua atom dalam kelompok referensi. Pusat massa
molekul dapat digunakan sebagai pengganti atom referensi dengan pengaturan -in ke 0. Semua atom dalam
lintasan ditulis ke lintasan keluaran.
gmx pesanan dapat berguna untuk misalnya menganalisis n air yang paling dekat dengan protein. Karena
kasus kelompok referensi akan menjadi protein dan kelompok molekul akan terdiri dari
semua atom air. Ketika kelompok indeks dari n air pertama dibuat, urutan
lintasan dapat digunakan dengan program GROMACS untuk menganalisis n perairan terdekat.
Jika file keluaran adalah .pdb file, jarak ke target referensi akan disimpan di
bidang B-faktor untuk mewarnai dengan misalnya Rasmol.
Dengan pilihan -kulit jumlah molekul dalam kulit berjari-jari -r sekitar
kelompok referensi dicetak.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xtc/.trr/...>] (dipesan.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr gro g96 pdb tng
-kulit [<.xvg>] (nshell.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
dibuat (3)
Jumlah atom dalam molekul
-in (1)
Atom yang digunakan untuk perhitungan jarak, 0 adalah COM
-[tidak]com (tidak)
Gunakan jarak ke pusat massa grup referensi
-r (0)
Cutoff digunakan untuk perhitungan jarak saat menghitung jumlah molekul dalam
cangkang di sekitar misalnya protein
-[tidak]z (tidak)
Urutan molekul pada koordinat z
Gunakan gmx-trjorder online menggunakan layanan onworks.net
