gmx-vanhove - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-vanhove - Hitung perpindahan dan fungsi korelasi Van Hove

RINGKASAN

gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-om [<.xpm>]] [-Atau [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[sekarang] [-xvg ]
[-sqrt ] [-fm ] [-max ] [-rbin ]
[-mmaks ] [-nlevel ] [-nr ] [-NS ]
[-rt ] [-kaki ]

DESKRIPSI

gmx vanhove menghitung fungsi korelasi Van Hove. Van Hove G(r,t) adalah
probabilitas bahwa sebuah partikel yang berada pada r_0 pada waktu nol dapat ditemukan pada posisi r_0+r pada
waktu t. gmx vanhove menentukan G bukan untuk vektor r, tetapi untuk panjang r. Jadi itu
memberikan probabilitas bahwa sebuah partikel bergerak sejauh r dalam waktu t. Melompat melintasi
batas periodik dihilangkan. Koreksi dibuat untuk penskalaan karena isotropik atau
kopling tekanan anisotropik.

Dengan pilihan -om seluruh matriks dapat ditulis sebagai fungsi t dan r atau sebagai fungsi
dari kuadrat(t) dan r (opsi -sqrt).

Dengan pilihan -Atau fungsi Van Hove diplot untuk satu atau lebih nilai t. Pilihan -nr
mengatur berapa kali, opsi -NS jarak antar waktu. lebar bin
diatur dengan opsi -rbin. Jumlah tempat sampah ditentukan secara otomatis.

Dengan pilihan -ot integral sampai jarak tertentu (pilihan -rt) diplot sebagai
fungsi waktu.

Untuk semua frame yang dibaca, koordinat partikel yang dipilih disimpan di
Penyimpanan. Oleh karena itu program dapat menggunakan banyak memori. Untuk pilihan -om dan -ot itu
program mungkin lambat. Ini karena skala perhitungan sebagai jumlah frame kali
-fm or -kaki. Perhatikan bahwa dengan -dt pilihan penggunaan memori dan waktu perhitungan dapat
berkurang.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-om [<.xpm>] (vanhove.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-Atau [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ot [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-sqrt (0)
Gunakan sqrt(t) pada sumbu matriks yang binspacing # dalam sqrt(ps)

-fm (0)
Jumlah frame dalam matriks, 0 adalah plot semua

-max (2)
r maksimum dalam matriks (nm)

-rbin (0.01)
Binwidth dalam matriks dan untuk -Atau (M)

-mmaks (0)
Kepadatan maksimum dalam matriks, 0 dihitung (1/nm)

-nlevel (81)
Jumlah level dalam matriks

-nr (1)
Jumlah kurva untuk -Atau keluaran

-NS (0)
Jarak bingkai untuk -Atau keluaran

-rt (0)
Batas integrasi untuk -ot keluaran (nm)

-kaki (0)
Jumlah bingkai dalam -ot output, 0 adalah plot semua

Gunakan gmx-vanhove online menggunakan layanan onworks.net