gmx-x2top - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-x2top - Menghasilkan topologi primitif dari koordinat

RINGKASAN

gmx x2 atas [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[tidak]v] [-berikutnya ] [-[tidak]H14]
[-[tidak]alldih] [-[tidak]remdih] [-[tidak]berpasangan] [-nama ]
[-[tidak]pbc] [-[tidak]pdbq] [-[tidak]param] [-[tidak]bulat]
[- kira-kira ] [-kt ] [-kp ]

DESKRIPSI

gmx x2top menghasilkan topologi primitif dari file koordinat. Program mengasumsikan semua
hidrogen hadir ketika mendefinisikan hibridisasi dari nama atom dan jumlah
obligasi. Program ini juga dapat membuat .rtp entri, yang kemudian dapat Anda tambahkan ke .rtp
database.

Ketika -param diatur, jarak dan sudut kesetimbangan dan konstanta gaya akan dicetak
dalam topologi untuk semua interaksi. Jarak dan sudut kesetimbangan diambil dari
koordinat input, konstanta gaya diatur dengan opsi baris perintah. Kekuatan
bidang yang agak didukung saat ini adalah:

G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (distribusi resmi)

oplsaa OPLS-AA/L medan gaya semua atom (2001 dihedral asam amino)

File data yang sesuai dapat ditemukan di direktori perpustakaan dengan nama
nama atom2type.n2t. Periksa Bab 5 manual untuk informasi lebih lanjut tentang format file.
Secara default, pemilihan medan gaya bersifat interaktif, tetapi Anda dapat menggunakan -ff pilihan untuk
tentukan salah satu nama pendek di atas pada baris perintah sebagai gantinya. Dalam hal itu gmx x2top
hanya mencari file yang sesuai.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya tpr

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.top>] (melebihi) (Opsional)
File topologi

-r [<.rtp>] (keluar.rtp) (Opsional)
File Jenis Residu yang digunakan oleh pdb2gmx

Pilihan lainnya:

-ff (oplasa)
Medan paksa untuk simulasi Anda. Ketik "pilih" untuk seleksi interaktif.

-[tidak]v (tidak)
Hasilkan keluaran verbose di file teratas.

-berikutnya (3)
Jumlah pengecualian

-[tidak]H14 (Iya)
Gunakan interaksi tetangga ke-3 untuk atom hidrogen

-[tidak]alldih (tidak)
Hasilkan semua dihedral yang tepat

-[tidak]remdih (tidak)
Hapus dihedral pada ikatan yang sama dengan ikatan yang tidak tepat

-[tidak]berpasangan (Iya)
Output 1-4 interaksi (pasangan) dalam file topologi

-nama (ES)
Nama molekul Anda

-[tidak]pbc (Iya)
Gunakan kondisi batas periodik.

-[tidak]pdbq (tidak)
Gunakan faktor-B yang disediakan dalam a .pdb file untuk muatan atom

-[tidak]param (Iya)
Cetak parameter dalam output

-[tidak]bulat (Iya)
Bulatkan nilai terukur

- kira-kira (400000)
Konstanta gaya terikat (kJ/mol/nm^2)

-kt (400)
Konstanta gaya sudut (kJ/mol/rad^2)

-kp (5)
Konstanta gaya sudut dihedral (kJ/mol/rad^2)

DIKETAHUI MASALAH

· Pemilihan jenis atom bersifat primitif. Hampir tidak ada pengetahuan kimia yang digunakan

· Kondisi batas periodik mengacaukan ikatan

· Tidak ada dihedral yang tidak tepat yang dihasilkan

· Tabel terjemahan atom ke tipe atom tidak lengkap (nama atom2type.n2t file di
direktori data). Harap perpanjang dan kirimkan hasilnya kembali ke kru GROMACS.

Gunakan gmx-x2top online menggunakan layanan onworks.net