hmm2search - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

hmm2search - cari database urutan dengan profil HMM

RINGKASAN

hmm2pencarian [pilihan] hmm file file seq

DESKRIPSI

hmm2pencarian membaca HMM dari hmm file dan pencarian file seq untuk sangat mirip
kecocokan urutan.

file seq akan dicari terlebih dahulu di direktori kerja saat ini, lalu di direktori
dinamai oleh variabel lingkungan BLASTDB. Ini memungkinkan pengguna menggunakan database BLAST yang ada,
jika BLAST telah dikonfigurasi untuk situs tersebut.

hmm2pencarian mungkin butuh beberapa menit atau bahkan berjam-jam untuk berjalan, tergantung pada ukuran urutannya
basis data. Ini adalah ide yang baik untuk mengarahkan output ke file.

Outputnya terdiri dari empat bagian: daftar peringkat dari urutan penilaian terbaik, a
daftar peringkat domain penilaian terbaik, keberpihakan untuk semua domain penilaian terbaik, dan
histogram dari skor. Skor urutan mungkin lebih tinggi dari skor domain untuk
urutan yang sama jika ada lebih dari satu domain dalam urutan; skor urutan mengambil
memperhitungkan semua domain. Semua urutan skor di atas -E dan -T cutoff ditampilkan
di daftar pertama, lalu setiap domain yang ditemukan dalam daftar ini ditampilkan di daftar kedua
domain hits. Jika diinginkan, nilai-E dan ambang nilai bit juga dapat diterapkan ke
daftar domain menggunakan --kubah dan --domT Pilihan.

PILIHAN

-h Cetak bantuan singkat; termasuk nomor versi dan ringkasan semua opsi, termasuk
pilihan ahli.

-A Membatasi output keselarasan ke domain skor terbaik. -A0 mematikan
keselarasan output dan dapat digunakan untuk mengurangi ukuran file output.

-E Setel batas nilai-E untuk daftar sasaran peringkat per urutan ke , dimana adalah
bilangan real positif. Standarnya adalah 10.0. Hit dengan nilai-E lebih baik dari (kurang
dari) ambang batas ini akan ditampilkan.

-T Atur batas skor bit untuk daftar hit peringkat per urutan ke , dimana is
bilangan asli. Standarnya adalah tak terhingga negatif; secara default, ambang batasnya adalah
dikendalikan oleh nilai-E dan bukan oleh skor bit. Hit dengan skor bit lebih baik dari
(lebih besar dari) ambang ini akan ditampilkan.

-Z Hitung skor E-nilai seolah-olah kita telah melihat database urutan
urutan. Standarnya adalah jumlah urutan yang terlihat di file database Anda
.

EXPERT PILIHAN

--kompat
Gunakan format keluaran HMMER 2.1.1, rilis publik 1998-2001; disediakan begitu
2.1.1 parser tidak harus ditulis ulang.

--cpu
Menetapkan jumlah maksimum CPU yang akan dijalankan oleh program. Standarnya adalah menggunakan
semua CPU di mesin. Mengganti variabel lingkungan HMMER_NCPU. Hanya
mempengaruhi versi berulir HMMER (default pada kebanyakan sistem).

--potong_ga
Gunakan batas skor Pfam GA (gathering threshold). Setara dengan --globT
--domT , tetapi batas GA2 dan GA1 dibaca dari file HMM. hmm2build
letakkan cutoff ini di sana jika file penyelarasan dianotasi dalam Pfam-friendly
format penyelarasan (format SELEX atau Stockholm yang diperluas) dan GA . opsional
garis anotasi hadir. Jika cutoff ini tidak diatur dalam file HMM, --potong_ga
tidak bekerja

--potong_tc
Gunakan batas skor Pfam TC (batas tepercaya). Setara dengan --globT --domT
, tetapi cutoff TC2 dan TC1 dibaca dari file HMM. hmm2build menempatkan ini
cutoff di sana jika file penyelarasan dianotasi dalam penyelarasan ramah-Pfam
format (format SELEX atau Stockholm yang diperluas) dan baris anotasi TC opsional adalah
hadiah. Jika cutoff ini tidak diatur dalam file HMM, --potong_tc tidak bekerja

--potong_nc
Gunakan cutoff skor Pfam NC (noise cutoff). Setara dengan --globT --domT ,
tetapi cutoff NC1 dan NC2 dibaca dari file HMM. hmm2build menempatkan ini
cutoff di sana jika file penyelarasan dianotasi dalam penyelarasan ramah-Pfam
format (format SELEX atau Stockholm yang diperluas) dan baris anotasi NC opsional adalah
hadiah. Jika cutoff ini tidak diatur dalam file HMM, --potong_nc tidak bekerja

--kubah
Setel batas nilai-E untuk daftar sasaran peringkat per domain ke , dimana adalah
bilangan real positif. Standarnya adalah tak terhingga; secara default, semua domain di
urutan yang melewati ambang pertama akan dilaporkan dalam daftar kedua, jadi
bahwa jumlah domain yang dilaporkan dalam daftar per-urutan konsisten dengan
nomor yang muncul dalam daftar per domain.

--domT
Setel batas skor bit untuk daftar sasaran peringkat per domain ke , dimana adalah
bilangan asli. Standarnya adalah tak terhingga negatif; secara default, semua domain di
urutan yang melewati ambang pertama akan dilaporkan dalam daftar kedua, jadi
bahwa jumlah domain yang dilaporkan dalam daftar per-urutan konsisten dengan
nomor yang muncul dalam daftar per domain. penting catatan: hanya satu domain di a
urutan benar-benar dikendalikan oleh parameter ini, atau oleh --domT. Kedua dan
domain berikutnya secara berurutan memiliki ambang skor bit de facto 0 karena
rincian cara kerja HMMER. HMMER membutuhkan setidaknya satu pass melalui
model utama per urutan; untuk melakukan lebih dari satu pass (lebih dari satu domain)
penyelarasan multidomain harus memiliki skor yang lebih baik daripada penyelarasan domain tunggal,
dan karenanya domain tambahan harus berkontribusi skor positif. Lihat Panduan Pengguna
untuk lebih detail.

--maju
Gunakan algoritme Forward alih-alih algoritme Viterbi untuk menentukan per-
skor urutan. Skor per domain masih ditentukan oleh algoritma Viterbi.
Beberapa berpendapat bahwa Teruskan adalah algoritma yang lebih sensitif untuk mendeteksi jarak jauh
urutan homolog; percobaan saya dengan HMMER belum mengkonfirmasi hal ini.

--informasi
Nyatakan bahwa input file seq dalam format ; jangan jalankan format Babelfish
autodeteksi. Ini agak meningkatkan keandalan program, karena
Babelfish bisa membuat kesalahan; sangat direkomendasikan untuk tanpa pengawasan, high-
throughput berjalan dari HMMER. Format string yang valid termasuk FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTA, dan PHYLIP. Lihat Panduan Pengguna untuk a
daftar lengkap.

--batal2
Matikan model nol kedua post hoc. Secara default, setiap perataan direkam ulang oleh
langkah pasca-pemrosesan yang memperhitungkan kemungkinan komposisi bias dalam
HMM atau urutan target. Ini hampir penting dalam pencarian basis data,
terutama dengan model alinyemen lokal. Ada kemungkinan yang sangat kecil bahwa ini
postprocessing mungkin menghapus kecocokan nyata, dan dalam kasus ini --batal2 dapat meningkat
sensitivitas dengan mengorbankan pengurangan spesifisitas dengan membiarkan komposisi bias
hits melalui.

--pvm Jalankan di Mesin Virtual Paralel (PVM). PVM harus sudah berjalan. NS
program klien hmm2search-pvm harus diinstal pada semua node PVM. PVM opsional
dukungan harus telah dikompilasi ke dalam HMMER.

--xnu Aktifkan penyaringan XNU dari urutan protein target. Tidak berpengaruh pada asam nukleat
urutan. Dalam percobaan percobaan, --xnu tampaknya berkinerja kurang baik daripada
model post hoc null2 default.

Gunakan hmm2search online menggunakan layanan onworks.net