ipcress - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

ipcress - Sistem simulasi eksperimen PCR in-silico

RINGKASAN

icress [ Pilihan ] <pertama berkas> <urutan jalan>

DESKRIPSI

icress adalah In-siliko PCR Epercobaan Simitasi Ssistem.

Ini adalah alat untuk simulasi percobaan PCR. Anda menyediakan file yang berisi primer
dan satu set urutan, dan memprediksi produk PCR.

Ipcress mirip dengan program e-PCR dari NCBI, tetapi jauh lebih cepat, dan tidak
menderita masalah mengidentifikasi kecocokan ketika ada simbol ambiguitas di dekat primer
berakhir.

Jika Anda menyediakan banyak pasangan primer secara bersamaan, ipcress akan mensimulasikan eksperimen PCR di
paralel, memungkinkan simulasi genom yang luas dari sejumlah besar percobaan. Ini menggunakan banyak
perpustakaan dari membebaskan alat perbandingan urutan.

INPUT FORMAT

Input untuk ipcress adalah file dibatasi spasi putih sederhana yang menjelaskan satu percobaan per
garis. Setiap baris berisi 5 bidang berikut:

id Pengidentifikasi untuk eksperimen ini
primer_A Urutan untuk primer pertama
primer_B Urutan untuk primer kedua
min_produk_len Panjang produk minimum untuk dilaporkan
max_product_len Panjang produk maksimum untuk dilaporkan

Berikut adalah contoh baris dalam format ini:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

KELUARAN FORMAT

Format output menjelaskan satu produk PCR per baris,
dan diawali dengan "ipcress:", diikuti oleh 11 bidang berikut:

urutan_id Pengidentifikasi urutan
eksperimen_id ID percobaan PCR
produk_panjang Panjang produk PCR
primer_5 Primer 5' (baik A atau B)
pos_5 Posisi 5' primer
ketidakcocokan_5 Jumlah ketidakcocokan pada primer 5'
primer_3 |
pos_3 | Bidang yang sama untuk primer 3'
ketidakcocokan_3 |
deskripsi Deskripsi produk PCR

Bidang deskripsi adalah salah satu dari 4 string berikut:

meneruskan Produk normal, primer A diikuti oleh B
kompilasi ulang Produk normal, primer B diikuti oleh A
tunggal_A Produk buruk dihasilkan oleh primer_A saja
tunggal_B Produk buruk hanya dihasilkan oleh primer_B

Ada juga output yang dapat dibaca manusia yang ditampilkan, tidak dirancang untuk parsing (lihat:
--cantik di bawah).

UMUM PILIHAN

Sebagian besar argumen memiliki bentuk pendek dan panjang. Bentuk panjang
lebih cenderung stabil dari waktu ke waktu, dan karenanya harus digunakan dalam skrip yang
panggil ipress.

-h | --bantuan singkat
Menunjukkan bantuan. Ini akan menampilkan ringkasan singkat dari opsi yang tersedia, default
dan nilai yang saat ini ditetapkan.

--membantu
Ini menunjukkan semua opsi bantuan termasuk default, nilai yang saat ini ditetapkan,
dan variabel lingkungan yang dapat digunakan untuk mengatur setiap parameter. Akan ada
menjadi indikasi opsi mana yang wajib. Opsi wajib tidak memiliki
default, dan harus memiliki nilai yang diberikan agar ipcress dapat dijalankan. Jika opsi wajib
digunakan secara berurutan, bendera mereka dapat dilewati dari baris perintah (lihat contoh
di bawah). Tidak seperti halaman manual ini, informasi dari opsi ini akan selalu up
sampai saat ini dengan versi terbaru dari program.

-v | --Versi: kapan
Menampilkan nomor versi. Juga menampilkan informasi lain seperti tanggal pembuatan
dan versi glib yang digunakan.

FILE INPUT PILIHAN

-i | --memasukkan
Data percobaan PCR dalam format file ipcress dijelaskan di atas.

-s | --urutan
Tentukan urutannya. Beberapa file dapat ditentukan di sini, yang mengurangi FSM
membangun overhead, dan membuat ipcress berjalan lebih cepat daripada menjalankan proses
terpisah.

IPCRESS PARAMETER

-m | --tidak cocok
Tentukan jumlah ketidakcocokan yang diizinkan per primer. Membiarkan ketidakcocokan berkurang
kecepatan program sebagai lingkungan primer yang besar harus dibangun, dan
lebih sedikit eksperimen yang dapat dipasang di memori sebelum setiap pemindaian urutan
database.

-M | --Penyimpanan
Tentukan jumlah memori yang harus digunakan program. Semakin banyak memori yang dibuat
ipcress yang tersedia, semakin cepat akan berjalan, karena lebih banyak eksperimen PCR dapat dilakukan
di setiap pemindaian database urutan. Ini tidak termasuk memori yang digunakan selama
pemindaian (untuk menyimpan sebagian hasil dan urutan), jadi jumlah sebenarnya dari
memori yang digunakan akan sedikit lebih tinggi.

-p | --cukup
Menampilkan hasil dalam format yang dapat dibaca manusia, tidak dirancang untuk diuraikan.

-P | --produk
Menampilkan produk PCR sebagai urutan format FASTA.

-S | --benih
Tentukan panjang seed untuk wordneighbourhood untuk FSM. Jika diatur ke nol,
primer penuh digunakan. Kata-kata yang lebih pendek mengurangi ukuran lingkungan, tapi
menambah waktu yang dibutuhkan oleh ipcress untuk memfilter kecocokan positif palsu.

LINGKUNGAN

Belum didokumentasikan.

CONTOH

icress tes.ipcress sequence.fasta
Ini adalah cara paling sederhana yang dapat digunakan ipcress.
icress dbsts_human.ipcress --urutan ncbi30/*.fasta --tidak cocok 1
Bandingkan file input dengan satu set file fasta, memungkinkan satu ketidakcocokan di masing-masing
primer.

VERSION

Dokumentasi ini menyertai versi 2.2.0 dari paket exonerate.

Gunakan ipcress online menggunakan layanan onworks.net