king-probe - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

king-probe - Mengevaluasi dan memvisualisasikan kemasan interatomik protein

DESKRIPSI

Sintaks: probe input.pdb >> out.kin

atau: probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

Bendera:
-Diri sendiri persimpangan diri: src -> src (default)

-Kedua potong dua arah: src <=> targ

-Satu kali persimpangan tunggal: src -> targ

-Keluar permukaan van der Waals eksternal dari src (permukaan kontak pelarut)

-AUTObondrot nama file
membaca dan memproses file autobondrot

jalan pintas:

< > sama dengan: -4H -mc -dia T -diri "altA ogt33"

-DEFAULT
sama dengan: < >, tetapi mengizinkan beberapa flag lain

-SCPermukaan sama dengan: -penurunan -rad1.4 -di luar "bukan air"

-Terpapar
sama dengan: -penurunan -rad1.4 -di luar (catatan: pola persediaan pengguna)

-ASpermukaan
sama dengan: -penurunan -rad0.0 -tambahkan1.4 -di luar "bukan air"

-MENGAKSES
sama dengan: -penurunan -rad0.0 -tambahkan1.4 -di luar (catatan: pola persediaan pengguna)

-PINDAI0 sama dengan: -4H -mc -diri "alta blt40 ogt33"

-PINDAI1 sama dengan: -4H -satu kali "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(bukan air ogt33)"

-DUMPAtominfo
hitung atom dalam seleksi: src

(perhatikan bahwa KEDUA dan SEKALI membutuhkan dua pola sementara

OUT, SELF dan DUMPATOMINFO hanya membutuhkan satu pola)

-Implisit
hidrogen implisit

-Eksplisit
hidrogen eksplisit (default)

-Kepadatan#
atur kerapatan titik (default 16 titik/sq A)

-Radius#.#
setel radius probe (default 0.25 A)

-TAMBAHKAN#.#
offset ditambahkan ke jari-jari Van der Waals (default 0.0)

-SKALAvdw#.# faktor skala untuk jari-jari Van der Waals (default 1.0)

-COSCale#.#
skala C=O karbon Van der Waals radius (default 0.94)

-Paku menggambar lonjakan alih-alih titik (default)

-Paku#.#
atur skala lonjakan (default = 0.5)

-TIDAKTusuk
menggambar hanya titik

-HBReguler#.# maks tumpang tindih untuk Hbonds biasa (default=0.6)

-Dibebankan HBC#.# tumpang tindih maks untuk Hbonds yang diisi (default=0.8)

-Menyimpan pertahankan atom yang tidak dipilih (default)

-Menjatuhkan jatuhkan atom yang tidak terpilih

-Membatasi batasi titik benjolan hingga jarak maksimal saat berciuman (default)

-Tidak terbatas
jangan batasi titik benjolan

-Lensa tambahkan kata kunci lensa ke file kerabat

-NOLENS
jangan tambahkan kata kunci lensa ke file kin (default)

-MC termasuk mainchain->mainchain interaksi

-HET sertakan titik ke grup HET non-air (default)

-NOHET
mengecualikan titik ke grup HET non-air

-AIR
sertakan titik ke air (default)

-SEKARANG
mengecualikan titik ke air

-WAT2wat
tunjukkan titik-titik di antara perairan

-DUPH2O
termasuk air H? daftar vektor dalam output

-4H perpanjang penghapusan titik rantai ikatan ke 4 untuk H (default)

-3 batasi penghapusan titik rantai ikatan hingga 3

-2 batasi penghapusan titik rantai ikatan hingga 2

-1 batasi penghapusan titik rantai ikatan hingga 1

-MENGABAIKAN drop eksplisit "pola": abaikan atom yang dipilih oleh pola

-DOCHO
mengenali CH..O Hbonds

-CHO#.#
faktor skala untuk skor CH..O Hbond (default=0.5)

-PolarH
gunakan jari-jari pendek hidrogen polar (default)

-NOPolarH
jangan memperpendek jari-jari hidrogen polar

-NOFACEhbond jangan mengidentifikasi HBonds ke wajah aromatik

-Nama "name" tentukan nama grup (default "dots")

-DOTMASTER
nama grup digunakan sebagai master tambahan={name} pada daftar

-NOGrup
jangan buat pernyataan @group dalam format keluaran .kin

-KINEmage
tambahkan pernyataan @kinemage 1 ke atas output format .kin

-Hitungan titik
menghasilkan hitungan titik-bukan daftar titik

-Tidak diformat
keluaran info titik mentah

nama:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:skor:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
keluaran info titik diformat untuk ditampilkan dalam O

-XVFORMAT
keluaran info titik yang diformat untuk ditampilkan di XtalView

-ONELINE
keluaran satu baris :kontak:oleh:keparahan:ketik:

- Warna GAP
titik warna berdasarkan jumlah celah (default)

-Warna ATOM
titik warna berdasarkan jenis atom

-Warna DASAR
titik warna berdasarkan jenis asam nukleat basa

-BASIS WARNA
titik warna berdasarkan celah dan tipe basa asam nukleat

-OUTCOLOR "nama" tentukan warna titik untuk -KELUAR (default "abu-abu")

-GAPBerat#
atur bobot untuk kesenjangan penilaian (default 0.25)

-BUMPBerat# atur skala relatif untuk menilai gundukan (default 10.0)

-HBBerat#
atur skala relatif untuk mencetak Hbonds (default 4.0)

-DIVRendah#.#
Pembagian untuk kategori Bump (default -0.4)

-DIVTinggi#.#
Pembagian untuk kategori Kontak (default 0.25)

-MINOCupancy#.#
Hunian di bawah ini sama dengan nol (default 0.02)

-Elemen
tambahkan tombol master untuk berbagai elemen dalam output kerabat

-TIDAK ADA
jangan keluarkan kontak untuk HBonds

-NOCLASHOUT
jangan keluarkan kontak untuk bentrokan

-TIDAK NOVD
jangan menampilkan kontak untuk interaksi van der Waals

-HANYA BADOUT
onlybadout menghasilkan bentrokan yang buruk (kontak tumpang tindih yang parah)

-RINGKASAN
daftar ringkasan keluaran kontak dan bentrokan

-ONELINE
daftar ringkasan keluaran di oneline

-NOTIK
jangan tampilkan ticker nama residu selama pemrosesan

-STDBOND
asumsikan hanya pola ikatan standar dalam residu standar

-TIDAK ORANG
tidak mengikat hidrogen berdasarkan tabel atom berat induk

-SEGID gunakan bidang SegID PDB untuk membedakan antara residu

-TUA menghasilkan gaya lama -u keluaran: kissEdge2BullsEye, dll

-VERbose
mode verbose (default)

-Referensi
menampilkan string referensi

-PERUBAHAN
menampilkan daftar perubahan program

-Diam mode diam

-Membantu tampilkan pemberitahuan bantuan yang diperluas (termasuk tanda lainnya)

-VERSI: KAPAN
versi satu baris ke stdout

Elemen pola: (harus diberi tanda kutip pada baris perintah)

FILE# dalam file #

MODEL# dalam model#

RANTAIaa
dalam rantai a

SEGaaaa
pengenal segmen aaaa (di mana _ mewakili kosong)

konformasi alternatif ALTa a

ATOMaaa
nama atom aaaa (di mana _ mewakili kosong) (semua 4 karakter digunakan sehingga H akan menjadi
ATOM_H__)

RESaaa residu aaa

# sisa #

#a residu #, masukkan a

#-# rentang residu # (kode sisipkan diabaikan)

jenis residu dengan kode satu huruf (mis. y)

aaa residu ketik dengan tiga kode huruf (mis. tyr)

SEMUA, PROTEIN, MC, SC, DASAR, ALPHA, BETA, NITROGEN, KARBON,
OKSIGEN, SULFUR, PHOSPHOR, HIDROGEN, LOGAM, POLAR,
NONPOLAR,BERISI,DONOR,AKEPTOR,AROMATIK,METIL, PANAS,AIR,DNA,RNA

semua atau sebagian dari atom

OLT# Hunian kurang dari # (persen bilangan bulat)

OGT# Hunian lebih besar dari # (persen bilangan bulat)

BLT# B-nilai kurang dari # (bilangan bulat)

BGT# B-nilai lebih besar dari # (bilangan bulat)

INSa Masukkan kode a (di mana _ mewakili kosong)

DALAM #.# DARI #.#, #.#, #.#
atom dalam jarak dari titik

Pola dapat digabungkan ke dalam daftar yang dipisahkan koma seperti arti "trp,phe,tyr"
TRP atau PHE atau TYR.

Pola yang dipisahkan oleh titik kosong semuanya harus benar seperti arti "chainb 1-5"
residu 1 sampai 5 di rantai B.

Anda juga dapat mengelompokkan pola dengan tanda kurung, memisahkan beberapa pola dengan |
yang berarti 'atau' dan pilih pelengkap dengan NOT seperti pada "not file1" yang berarti tidak dalam
berkas 1.

File autobondrot mirip dengan file input PDB lainnya tetapi menyertakan informasi
mengidentifikasi atom tunduk pada rotasi dan transformasi lainnya.

Contoh fragmen file autobondrot yang menunjukkan rotasi ikatan Calpha-Cbeta dan periodik
fungsi penalti torsi untuk rotasi ini

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

ikatan:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Perintah autobondrot menggunakan titik dua untuk memisahkan nilai Transformasi:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # bodoh

Fungsi bias:
COS:skala:faseOffset:frekuensi POLY:skala:offset:polinomialDerajat CONST:nilai

Percabangan:
SIMPAN dan KEMBALIKAN atau "(" dan ")"

(misalnya untuk memutar setiap Chi dan metil untuk isoleusin

urutannya adalah: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Setel orientasi: GO:angle1:angle2:... Sertakan file: @namafile Komentar:
# teks komentar

penyelidikan: versi 2.13.110909, Hak Cipta 1996-2011, J. Michael Word

Gunakan king-probe online menggunakan layanan onworks.net