Ini adalah perintah kissplice yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
kissplice - deteksi polimorfisme dalam data RNA-seq.
RINGKASAN
ciuman -h
kissplice [OPSI] [-r READFILES]
DESKRIPSI
Mendeteksi kejadian splicing alternatif dan jenis polimorfisme lainnya dari READFILES (dalam
format FASTA atau FASTQ).
PILIHAN
-H, --membantu
Tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar.
-r BACA FILE
Masukkan file fasta/q read (banyak, seperti "-r file1 .) -r berkas2...").
-k KVAL
ukuran k-mer (default=25).
-l LLMAX
Panjang maksimal jalur yang lebih pendek (default: 2k-1).
-m LL_MIN
Panjang minimum jalur yang lebih pendek (default 2k-8).
-M UL_MAX
Panjang maksimum jalur terpanjang (default 1000), ekson yang dilewati lebih panjang dari UL_MAX
tidak dilaporkan.
-g GRAF_PREFIX
Jalur dan awalan ke grafik de Bruijn yang dibuat sebelumnya (ditambah dengan .edges/.nodes) jika digabungkan
digunakan dengan -r, grafik yang digunakan untuk menemukan gelembung dan bacaan yang digunakan untuk kuantifikasi.
-o KELUAR_DIR
Jalur untuk menyimpan hasil (default = ./results).
-d PATH_TO_TMP
Direktori khusus (jalur absolut) tempat membuat file sementara (default
direktori sementara sebaliknya).
-t NBPROCS
Jumlah inti (harus <= jumlah inti fisik).
-s Jangan mengeluarkan SNP (menghemat waktu).
-v Modus verbose.
-u Simpan file node/edges untuk bcc yang belum selesai.
-c MIN_COV
Buang k-mers yang hadir secara ketat kurang dari jumlah ini di
Himpunan data. (standar 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
Buang tepi dengan cakupan relatif di bawah MIN_RELATIVE_COV yang dinyatakan sebagai a
persentase dalam [0,1). (standar 0.02).
-z GENOME_SIZE
Perkiraan jumlah node dalam Grafik De-Bruin. (default = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
Klasifikasikan sebagai pengulangan yang tidak tepat gelembung yang jarak edit jalurnya lebih kecil
dari MIN_EDIT_DIST (default 3).
-y MAX_CYCLES
Jumlah maksimum enumerasi gelembung di setiap bcc. Jika terlampaui, tidak ada gelembung yang keluar
untuk bcc (default 10000).
--waktu habis TIMEOUT
Jumlah waktu maksimum (dalam detik) yang dihabiskan untuk menghitung gelembung di setiap bcc. Jika
terlampaui, tidak ada gelembung yang dihasilkan untuk bcc (default 900).
--Versi: kapan
Tampilkan nomor versi program dan keluar.
Gunakan kissplice online menggunakan layanan onworks.net
