Ini adalah perintah macs2_bdgcmp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
macs2_bdgcmp - Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP
DESKRIPSI
penggunaan: macs2 bdgcmp [-h] -t FILE -c CFILE [-S FAKTOR] [-p PSEUDOCOUNT]
[-m {ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--keluar dari LUAR] (--o-awalan OPREFIKS | -o OFILE [OFILE ...])
opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
-t TFILE, --tfile FILE
File grafik tempat tidur perawatan, misalnya *_treat_pileup.bdg dari MACSv2. YG DIBUTUHKAN
-c CFILE, --cfile CFILE
Kontrol file bedGraph, misalnya *_control_lambda.bdg dari MACSv2. YG DIBUTUHKAN
-S FAKTOR, --faktor penskalaan faktor
Faktor penskalaan untuk jalur perawatan dan kontrol. Tetap sebagai 1.0 atau default di sebagian besar
kasus. Setel HANYA saat Anda memiliki output SPMR dari callpeak MACS2, dan rencanakan untuk
menghitung skor sebagai modul callpeak MACS2. Jika Anda ingin mensimulasikan 'callpeak' tanpa
'--ke-besar', hitung ukuran sampel efektif yang lebih kecil setelah memfilter redudant
dibaca dalam juta (misalnya, masukkan 31.415926 jika pembacaan efektif adalah 31,415,926) dan masukan
itu untuk '-S'; untuk 'callpeak --ke-besar', hitung pembacaan efektif dalam sampel yang lebih besar.
BAWAAN: 1.0
-p PSEUDON, --jumlah semu PSEUDOKUNT
Pseudocount yang digunakan untuk menghitung logLR, logFE atau FE. Hitungan akan diterapkan
setelah normalisasi kedalaman sekuensing. DEFAULT: 0.0, tidak ada pseudocount yang diterapkan.
-m {ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], --metode
{ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois,kurangi,logFE,FE,logLR,slogLR}
...]
Metode yang digunakan saat menghitung skor di bin mana pun dengan membandingkan nilai perlakuan dan
nilai kontrol. Pilihan yang tersedia adalah: ppois, qpois, subtract, logFE, logLR, dan
bekerja keras. Mereka mewakili Poisson Pvalue (-log10(pvalue) form) menggunakan kontrol sebagai lambda
dan perlakuan sebagai observasi, nilai q melalui proses BH untuk nilai poisson,
pengurangan dari pengobatan, pengayaan lipatan skala linier, log10 kali lipat
pengayaan (perlu mengatur pseudocount), kemungkinan log10 antara model yang diperkaya ChIP
dan model kromatin terbuka (perlu mengatur pseudocount), dan kemungkinan log10 simetris
antara dua model pengayaan ChIP. Opsi default adalah ppois.
--keluar DILUAR
Jika ditentukan semua file output akan ditulis ke direktori itu. Bawaan:
direktori kerja saat ini
--o-awalan OPREFIKS
PREFIX dari file bedGraph keluaran untuk menulis skor. Jika diberikan sebagai A, dan metode
adalah 'ppois', file keluarannya adalah A_ppois.bdg. Saling eksklusif dengan -o//-file.
-o OFILE [OFILE ...], --file OFIL [OFIL ...]
Nama file keluaran. Saling eksklusif dengan --o-awalan. Jumlah dan urutan
argumen untuk --file harus sama dengan untuk -m.
Gunakan macs2_bdgcmp online menggunakan layanan onworks.net
