macs2_bdgdiff - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

macs2_bdgdiff - Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP

DESKRIPSI

penggunaan: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 KEDALAMAN1]
[--d2 KEDALAMAN2] [--outdir OUTDIR] (--o-awalan OPREFIKS | -o OFILE OFILE OFILE)

opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph untuk kondisi 1. Tidak kompatibel dengan callpeak --SPMR output.
DIBUTUHKAN

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph untuk kondisi 2. Tidak kompatibel dengan callpeak --SPMR output.
DIBUTUHKAN

--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph untuk kondisi 1. Tidak kompatibel dengan callpeak --SPMR
keluaran. YG DIBUTUHKAN

--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph untuk kondisi 2. Tidak kompatibel dengan callpeak --SPMR
keluaran. YG DIBUTUHKAN

-C MEMOTONG, --memotong MEMOTONG
batas logLR. DEFAULT: 3 (rasio kemungkinan = 1000)

-l MINLEN, --min-len MINLEN
Panjang minimum daerah diferensial. Coba nilai yang lebih besar untuk menghapus wilayah kecil.
BAWAAN: 200

-g celah maksimal, --celah maksimal celah maksimal
Kesenjangan maksimum untuk menggabungkan wilayah diferensial terdekat. Pertimbangkan kesenjangan yang lebih luas untuk luas
tanda. Celah maksimum harus lebih kecil dari panjang minimum (-g). BAWAAN: 100

--d1 KEDALAMAN1, --kedalaman1 KEDALAMAN1
Kedalaman pengurutan (# pembacaan non-redundan dalam juta) untuk kondisi 1. Ini akan menjadi
digunakan bersama dengan --d2. Lihat deskripsi untuk --d2 di bawah ini untuk cara menetapkannya.
Standar: 1

--d2 KEDALAMAN2, --kedalaman2 KEDALAMAN2
Kedalaman pengurutan (# pembacaan non-redundan dalam juta) untuk kondisi 2. Ini akan menjadi
digunakan bersama dengan --d1. DEPTH1 dan DEPTH2 akan digunakan untuk menghitung penskalaan
faktor untuk setiap sampel, untuk menurunkan skala sampel yang lebih besar ke tingkat yang lebih kecil.
Misalnya, saat membandingkan 10 juta kondisi 1 dan 20 juta kondisi 2, gunakan
--d1 10 --d2 20, maka nilai pileup pada bedGraph untuk kondisi 2 akan dibagi dengan
2. Bawaan: 1

--keluar DILUAR
Jika ditentukan semua file output akan ditulis ke direktori itu. Bawaan:
direktori kerja saat ini

--o-awalan OPREFIKS
Awalan file keluaran. File yang sebenarnya akan diberi nama sebagai PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed dan PREFIX_common.bed. Saling eksklusif dengan -o//-file.

-o OFIL OFIL OFIL, --file OFILE OFILE OFILE
Nama file keluaran. Harus memberikan tiga argumen secara berurutan: 1. file untuk region unik di
kondisi 1; 2. file untuk wilayah unik dalam kondisi 2; 3. file untuk wilayah umum
dalam kedua kondisi. Catatan: saling eksklusif dengan --o-awalan.

Gunakan macs2_bdgdiff online menggunakan layanan onworks.net