Ini adalah perintah macs2_bdgopt yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
macs2_bdgopt - Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP
DESKRIPSI
penggunaan: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {kalikan,tambah,p2q}]
[-p [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM ...]]] [--keluar dari LUAR] -o
OFILE
opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
-i FILM, --ifile IFILE
Skor MACS di bedGraph. Catatan: ini harus berupa file bedGraph yang mencakup SELURUH
genom. YG DIBUTUHKAN
-m {kalikan,tambah,p2q}, --metode {kalikan,tambahkan,p2q}
Metode untuk mengubah kolom skor file bedGraph. Pilihan yang tersedia adalah:
kalikan, tambah atau p2q. 1) kalikan, EXTRAPARAM diperlukan dan akan menjadi
dikalikan dengan kolom skor. Jika Anda bermaksud membagi kolom skor dengan X, gunakan
nilai 1/X sebagai EXTRAPARAM. 2) tambahkan, EXTRAPARAM diperlukan dan akan ditambahkan ke
kolom skor. Jika Anda ingin mengurangi kolom skor dengan X, gunakan nilai -X
sebagai EXTRAPARAM. 3) p2q, ini akan mengonversi skor nilai-p menjadi skor nilai-q menggunakan
Proses Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM tidak diperlukan. Metode ini mengasumsikan
skornya adalah -log10 nilai-p dari MACS2. Jenis skor lainnya akan menyebabkan
kesalahan tak terduga.
-p [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM...]], --ekstra-param [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM...]]
Parameter tambahan untuk METODE. Cek detailnya -m .
--keluar DILUAR
Jika ditentukan semua file output akan ditulis ke direktori itu. Bawaan:
direktori kerja saat ini
-o OFIL, --file OFILE
Keluarkan nama file BEDGraph.
Gunakan macs2_bdgopt online menggunakan layanan onworks.net
