Ini adalah perintah macs2_bdgpeakcall yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
macs2_bdgpeakcall - Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP
DESKRIPSI
penggunaan: macs2 bdgpeakcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]
[--analisis-cutoff] [--tidak ada-trackline]
[--keluar dari LUAR] (-o OFILE | --o-awalan OPREFIKS)
opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar
-i FILM, --ifile IFILE
Skor MACS di bedGraph. YG DIBUTUHKAN
-c MEMOTONG, --memotong MEMOTONG
Cutoff tergantung pada metode mana yang Anda gunakan untuk trek skor. Jika file tersebut berisi
skor pvalue dari MACS2, skor 5 berarti pvalue 1e-5. DEFAULT: 5
-l MINLEN, --min-panjang MINLEN
panjang minimum puncak, lebih baik untuk mengaturnya sebagai nilai d. DEFAULT: 200
-g celah maksimal, --celah maksimal celah maksimal
kesenjangan maksimum antara titik-titik signifikan di puncak, lebih baik untuk mengaturnya sebagai ukuran tag.
BAWAAN: 30
--analisis pisah batas
Saat diatur, bdgpeakcall akan menganalisis jumlah atau panjang total puncak yang dapat
dipanggil oleh cutoff yang berbeda kemudian menampilkan tabel ringkasan untuk membantu pengguna memutuskan yang lebih baik
memotong. Catatan, minlen dan maxgap dapat mempengaruhi hasil. DEFAULT: Salah
--tidak ada jalur lintasan
Memberitahu MACS untuk tidak menyertakan trackline dengan file bedGraph. Trackline diperlukan
oleh UCSC.
--keluar DILUAR
Jika ditentukan semua file output akan ditulis ke direktori itu. Bawaan:
direktori kerja saat ini
-o OFIL, --file OFILE
Nama file keluaran. Saling eksklusif dengan --o-awalan.
--o-awalan OPREFIKS
Awalan file keluaran. Saling eksklusif dengan -o//-file.
Gunakan macs2_bdgpeakcall online menggunakan layanan onworks.net
