macs2 - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

macs2 - macs2 - Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP

DESKRIPSI

penggunaan: macs2 [-h] [--versi]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...

mac2 -- Analisis Berbasis Model untuk Pengurutan ChIP

posisi argumen:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}

panggilan puncak
Fungsi MACS2 Utama: Panggilan puncak dari hasil penyelarasan.

panggilan bdgpeak
Panggilan puncak dari output bedGraph. Catatan: Semua daerah pada kromosom yang sama di
file bedGraph harus berkelanjutan sehingga hanya file bedGraph dari MACS2 yang
diterima.

panggilan
Panggil puncak luas dari output bedGraph. Catatan: Semua daerah pada kromosom yang sama di
file bedGraph harus kontinu sehingga hanya file bedGraph dari MACS2 yang
diterima.

bdgcmp Kurangi noise dengan membandingkan dua track sinyal di bedGraph. Catatan: Semua wilayah di
kromosom yang sama dalam file bedGraph harus terus menerus sehingga hanya file bedGraph
dari MACS2 dapat diterima.

bdgopt Operasi pada kolom skor file bedGraph. Catatan: Semua wilayah sama
kromosom dalam file bedGraph harus kontinu sehingga hanya file bedGraph dari
MACS2 dapat diterima.

cmbreps
Gabungkan BEDGraphs skor dari ulangan. Catatan: Semua wilayah sama
kromosom dalam file bedGraph harus kontinu sehingga hanya file bedGraph dari
MACS2 dapat diterima.

bdgdiff
Deteksi puncak diferensial berdasarkan empat file bedgraph yang dipasangkan. Catatan: Semua wilayah
pada kromosom yang sama dalam file bedGraph harus kontinu sehingga hanya bedGraph
file dari MACS2 dapat diterima.

filterdup
Hapus pembacaan duplikat pada posisi yang sama, lalu ubah format yang dapat diterima ke BED
Format.

diprediksi
Memprediksi d atau ukuran fragmen dari hasil perataan. *TIDAK akan memfilter duplikat*

pileup Pileup selaras membaca dengan ukuran ekstensi yang diberikan (ukuran fragmen atau d di MACS
bahasa). Perhatikan bahwa tidak akan ada langkah untuk pemfilteran atau pengurutan bacaan duplikat
penskalaan kedalaman, jadi Anda mungkin perlu melakukan pra/pasca-pemrosesan tertentu.

contoh rand
Secara acak jumlah sampel/persentase dari total bacaan.

haluskan
(Eksperimental) Ambil keselarasan bacaan mentah, perbaiki puncak puncak dan berikan skor
mengukur keseimbangan tag waston / crick. Terinspirasi dari SPP.

opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar

--Versi: kapan
tampilkan nomor versi program dan keluar

Untuk opsi baris perintah dari setiap perintah, ketik: macs2 COMMAND -h

Gunakan macs2 online menggunakan layanan onworks.net