map2slimp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

map2slim - memetakan asosiasi gen ke ontologi 'ramping'

RINGKASAN

cd pergi
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontologi/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

DESKRIPSI

Diberikan file ramping GO, dan ontologi saat ini (dalam satu atau lebih file), skrip ini akan memetakan
file asosiasi gen (berisi anotasi ke GO penuh) dengan istilah di GO
langsing.

Skrip dapat digunakan untuk membuat file asosiasi gen baru, yang berisi paling banyak
aksesi ramping GO terkait, atau dalam mode hitung, dalam hal ini akan memberikan gen yang berbeda
jumlah produk untuk setiap istilah ramping

Format file asosiasi dijelaskan di sini:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#file>

ARGUMEN

-b ember ramping fillet
Argumen ini menambahkan ember istilah ke ontologi ramping; lihat dokumentasi di bawah untuk
sebuah penjelasan. File ontologi ramping baru, termasuk istilah bucket akan ditulis ke
ember ramping fillet

-peta keluar ramping pemetaan fillet
Ini akan menghasilkan file pemetaan untuk setiap istilah dalam ontologi penuh yang menunjukkan keduanya
istilah ramping yang paling relevan dan semua istilah ramping yang merupakan nenek moyang. Jika Anda menggunakan ini
opsi, JANGAN berikan file asosiasi gen

nama pertunjukan
(Hanya bekerja dengan -outmap)

Tunjukkan nama-nama istilah dalam file pemetaan ramping

-c Ini akan memaksa map2slim untuk memberikan jumlah file assoc, daripada memetakannya

-t Ketika digunakan bersama dengan -c akan tab output sehingga lekukan mencerminkan
hierarki pohon dalam file ramping

-o di luar fillet
Ini akan menulis assoc yang dipetakan (atau jumlah) ke file yang ditentukan, bukan ke
layar

DOWNLOAD

Skrip ini adalah bagian dari go-perl paket, tersedia dari CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Skrip ini tidak akan berfungsi tanpa menginstal go-perl

PEMETAAN ALGORITMA
GO adalah DAG, bukan pohon. Ini berarti bahwa seringkali ada lebih dari satu jalur dari istilah GO
hingga simpul Gene_Ontology root; jalurnya mungkin berpotongan dengan banyak suku dalam slim
ontologi - yang berarti bahwa satu anotasi dapat dipetakan ke beberapa istilah ramping!

(mencatat Anda perlu melihat ini secara online untuk melihat gambar di bawah ini - jika Anda tidak melihat ini di
itu http://www.geneontology.org situs, Anda dapat melihat URL berikut:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

Contoh hipotetis lingkaran biru menunjukkan istilah di GO slim, dan lingkaran kuning menunjukkan
istilah dalam ontologi penuh. Ontologi penuh menggolongkan ramping, jadi istilah birunya adalah
juga dalam ontologi.

GO ID MAPS KE SLIM ID SEMUA LEluhur SLIM
===== ===================================
5 2+3 2,3,1
6 3 hanya 3,1
7 4 hanya 4,3,1
8 3 hanya 3,1
9 4 hanya 4,3,1
10 2+3 2,3,1

Kolom ke-2 menunjukkan ID yang paling relevan dalam slim pemetaan langsung. Ke 3
kolom menunjukkan semua nenek moyang di slim.

Perhatikan khususnya pemetaan ID 9 meskipun ini memiliki dua jalur ke root melalui
slim melalui 3 dan 4, 3 dibuang karena dimasukkan oleh 4.

Di sisi lain, 10 peta ke 2 dan 3 karena keduanya adalah ID ramping pertama di
dua jalur yang valid ke root, dan tidak ada yang menggolongkan yang lain.

Algoritma yang digunakan adalah:

untuk memetakan satu istilah apa pun dalam ontologi penuh: temukan semua jalur yang valid hingga ke simpul akar di
ontologi penuh

untuk setiap jalur, ambil suku ramping pertama yang ditemui di jalur

buang istilah ramping yang berlebihan dalam kumpulan ini yaitu istilah ramping yang dimasukkan oleh istilah ramping lainnya
di set

EMBER SYARAT
Jika Anda menjalankan skrip dengan opsi -b, istilah bucket akan ditambahkan. Untuk sembarang suku P dalam
slim, jika P memiliki setidaknya satu anak C, istilah ember P' akan dibuat di bawah P. Ini adalah
istilah catch-all untuk memetakan istilah apa pun dalam ontologi penuh yang merupakan turunan dari P, tetapi
BUKAN keturunan dari anak P mana pun dalam ontologi ramping.

Misalnya, generik ramping.0208 memiliki persyaratan dan struktur berikut:

%DNA mengikat; PERGI:0003677
% ikatan kromatin; PERGI:0003682
% aktivitas faktor transkripsi ; GO:0003700, GO:0000130

Setelah menambahkan istilah bucket, akan terlihat seperti ini:

%DNA mengikat; PERGI:0003677
% ikatan kromatin; PERGI:0003682
% aktivitas faktor transkripsi ; PERGI:0003700 ; sinonim:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA mengikat ; slim_temp_id:12

Istilah dari ontologi penuh yang merupakan anak-anak lain dari pengikatan DNA, seperti single-
pengikatan DNA terdampar dan turunannya akan dipetakan ke istilah ember.

Istilah bucket memiliki ID ramping yang bersifat sementara dan hanya ada untuk memfasilitasi
pemetaan. Seharusnya tidak digunakan secara eksternal.

Istilah ember memiliki awalan Z-OTHER; Z adalah retasan untuk memastikan bahwa istilahnya adalah
selalu tercantum terakhir dalam urutan abjad.

Algoritme sedikit dimodifikasi jika istilah bucket digunakan. Istilah ember memiliki
hubungan implisit untuk semua saudara LAIN tidak di langsing.

Do I perlu ember ketentuan?

Saat ini sebagian besar file ramping seluruhnya atau hampir 'lengkap', yaitu tidak ada celah.
Ini berarti opsi -b tidak akan menghasilkan hasil yang berbeda. Sebagai contoh,
Anda mungkin melihat istilah bucket OTHER-binding dibuat, tanpa anotasi apa pun: karena semua
anak-anak dari pengikatan di GO diwakili dalam file ramping.

Opsi ember benar-benar hanya diperlukan untuk beberapa file ramping yang diarsipkan yang lebih lama,
yang statis dan dihasilkan dengan cara yang cukup ad-hoc; mereka cenderung mengumpulkan 'kesenjangan'
dari waktu ke waktu (misalnya GO akan menambahkan anak baru dari penjilidan, tetapi file ramping statis tidak akan sampai
tanggal, jadi produk gen apa pun yang dianotasi pada istilah baru ini akan dipetakan ke pengikatan LAINNYA di
langsing)

GRAFIK SALAH
Perhatikan bahwa file ontologi ramping mungkin kedaluwarsa sehubungan dengan saat ini
ontologi.

Saat ini map2slim tidak menandai ketidakcocokan grafik antara grafik ramping dan grafik di
file ontologi lengkap; dibutuhkan ontologi penuh sebagai grafik nyata. Namun,
ontologi slim akan digunakan untuk memformat hasil jika Anda memilih -t -c sebagai pilihan.

KELUARAN
Dalam mode normal, file asosiasi gen format standar akan ditulis. Kolom GO ID
(5) akan berisi ID GO slim. Pemetaan sesuai dengan kolom ke-2 dalam tabel
di atas. Perhatikan bahwa file output mungkin berisi lebih banyak baris daripada file input. Ini adalah
karena beberapa ID GO lengkap memiliki lebih dari satu ID ramping yang terkait.

COUNT MODE

map2slim dapat dijalankan dengan opsi -c, yang akan memberikan jumlah gen yang berbeda
produk dipetakan ke setiap istilah ramping. Kolomnya adalah sebagai berikut:

Istilah GO
Kolom pertama adalah GO ID diikuti dengan nama istilah (nama istilah disediakan sebagai
itu ditemukan di GO penuh dan ontologi ramping - ini biasanya akan sama
tetapi terkadang file ramping akan tertinggal di belakang perubahan pada file GO)

Jumlah produk gen yang istilah rampingnya paling relevan
jumlah produk gen berbeda yang paling terkait/langsung langsing
INDO. Yang kami maksudkan paling langsung adalah bahwa asosiasi dibuat langsung dengan istilah ini,
ATAU asosiasi dibuat untuk anak dari istilah langsing ini DAN tidak ada anak langsing
istilah yang dipetakan oleh asosiasi.

Untuk sebagian besar slims, jumlah ini akan setara dengan jumlah asosiasi secara langsung
dipetakan ke istilah ramping ini. Namun, beberapa file ramping yang lebih lama "berjerawat" karena mereka
mengakui "kesenjangan". Misalnya, jika langsing memiliki semua anak dari "proses biologis" dengan
pengecualian "perilaku" maka semua penjelasan untuk "perilaku" atau anak-anaknya akan menjadi
dihitung disini

lihat contoh di bawah

Jumlah produk gen yang disimpulkan terkait dengan istilah ramping
dan jumlah produk gen yang berbeda yang dijelaskan untuk setiap keturunan ini
slim ID (atau dijelaskan langsung ke slim ID).

bendera usang
GO ontologi

Untuk mengambil contoh; jika kita menggunakan -t dan -c seperti ini:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontologi/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

Kemudian sebagian dari hasilnya mungkin terlihat seperti ini:

GO:0008150 proses_biologis (proses_biologis) 34 10025 proses_biologis
GO:0007610 perilaku (perilaku) 632 632 proses_biologis
GO:0000004 proses biologis tidak diketahui (proses biologis tidak diketahui) 832 832 biologis_proses
GO:0007154 komunikasi sel (komunikasi sel) 333 1701 biologis_proses
GO:0008037 pengenalan sel (pengenalan sel) 19 19 proses_biologis
19 produk dipetakan ke GO:0008037 atau salah satu turunannya. (GO:0008037 adalah simpul daun di slim, jadi kedua hitungannya identik).

Di sisi lain, GO:0008150 hanya mendapatkan 34 produk yang paling relevan
ketentuan. Ini karena sebagian besar anotasi akan dipetakan ke beberapa turunan GO:0008150 di slim,
seperti GO:0007610 (perilaku). 34 produk gen ini dijelaskan secara langsung ke
GO:0008150, atau untuk beberapa anak dari istilah ini yang tidak langsing. Ini bisa menunjuk ke
'celah' di langsing. Perhatikan bahwa menjalankan map2slim dengan opsi -b akan 'memasang' celah ini
dengan istilah pengisi buatan.

Gunakan map2slimp online menggunakan layanan onworks.net