maqview - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

Maqview - Pengindeks dan penampil keselarasan Maq

RINGKASAN

maqindex -i|-v|-b [-c di.cns] di.peta [chr[:awal[-akhir]] [...]]

maqview [-c di.cns] di.peta

DESKRIPSI

maqview adalah satu set program yang mencapai akses acak cepat ke file penyelarasan
dihasilkan oleh `tapi Q map', dan menampilkan keselarasan dengan GUI yang bagus (Pengguna Grafis
Antarmuka). Hal ini sangat efisien dalam kecepatan, memori dan penggunaan disk. maqview berdasarkan pada
OpenGL dan dikenal bekerja pada Mac OS X dan Linux. Porting ke Windows pada prinsipnya
mudah.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c di.cns] di.peta [chr[:awal[-akhir]] [...]]

-i Indeks file penyelarasan

-v Cetak perataan di wilayah yang ditentukan dalam format `maq mapview'

-b Buang perataan di wilayah yang ditentukan dalam format .map biner

-c FILE Indeks file konsensus Maq untuk dilihat di maqview secara bersamaan

program maqindex mengindeks file perataan mak di.peta atau dengan cepat mengambil semua bacaan di
satu atau beberapa wilayah. Satu dari -i, -v dan -b harus digunakan. Untuk -v or -b, setidaknya satu
region seperti `chrX', `chrX:1000' atau `chrX:1,000-2,000' harus ditentukan. Beberapa wilayah
diijinkan.

maqview
maqview [-c di.cns] di.peta

-c FILE File konsensus Maq

program maqview menampilkan perataan baca di jendela grafis. Kapan di.cns is
ditentukan, urutan teratas adalah referensi, diikuti oleh urutan konsensus Maq;
jika tidak, konsensus aturan mayoritas akan dihitung.

Maqview memiliki dua tampilan: tampilan urutan dan tampilan kotak. Dalam tampilan urutan, baca urutan
akan tercetak di layar. Basa yang lebih gelap menunjukkan kualitas basa yang lebih rendah dan yang merah
menunjukkan perbedaan dibandingkan dengan referensi jika di.cns ditentukan atau untuk
konsensus aturan mayoritas jika tidak. Dalam tampilan kotak, berbagai jenis nukleotida adalah:
direpresentasikan sebagai kotak warna dengan hijau untuk A, cyan untuk C, oranye untuk G, merah untuk T dan gelap
abu-abu untuk N. Saturasi warna menunjukkan kualitas dasar dan garis ketebalan
pembacaan menunjukkan kualitas pemetaan keberpihakan baca. Memperbesar/memperkecil hanya didukung
dalam tampilan kotak. Di kedua tampilan, bilah status di bagian bawah jendela akan menampilkan beberapa
informasi tentang sentuhan tombol, dan membaca nama dan kualitas dasar yang ditunjukkan oleh mouse.

Menavigasi penyelarasan dilakukan dengan berbagai ikatan kunci.

· Ikatan kunci:

? Tampilkan bantuan
keluar
Tampilan urutan
Tampilan kotak
p Beralih ke urutan referensi sebelumnya
n Beralih ke urutan referensi berikutnya
r Segarkan

Pindah ke posisi yang ditunjukkan oleh
H / Pindah ke kiri satu basis
aku / Bergerak ke kanan dengan satu basis
k / Naik satu baris
J / Turun satu baris
> Pindah ke bacaan berikutnya
< Pindah ke bacaan sebelumnya
G / Pindah ke awal referensi saat ini
G / Pindah ke akhir referensi saat ini
kamu / Pindah ke kiri satu halaman
/ Pindah ke kanan satu halaman
Bergerak 100 basis
Bergerak 1000 basis

+ Tambahkan tampilan baru
- Hapus tampilan saat ini

Aktifkan/nonaktifkan pengguliran otomatis kanan
^b Mengaktifkan/menonaktifkan pengguliran otomatis kiri
+ Perbesar
- Perkecil
0 Zoom ke skala default
q Beralih tampilkan/sembunyikan kualitas pemetaan
e Beralih menampilkan kualitas pemetaan SE/PE
o Buka file perataan baru

· Masukkan bilangan bulat lalu tekan untuk melompat ke posisi yang diperlukan.

· Masukkan bilangan bulat lalu tekan tombol selain untuk mempercepat pengguliran dengan
faktor yang ditentukan.

· Klik kiri dan seret tanda silang kuning di kotak untuk bergerak di sepanjang urutan. Benar
klik referensi untuk menyorot kolom.

Gunakan maqview online menggunakan layanan onworks.net