Ini adalah command matchere yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
matcher - penyelarasan lokal Waterman-Eggert dari dua urutan
RINGKASAN
korek api -sebuah urutan urutan -urutan urutan [-file data matriks] [-alternatif bilangan bulat]
[-ga terbuka bilangan bulat] [-gapextend bilangan bulat] -file keluar meluruskan
korek api -bantu
DESKRIPSI
korek api adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Alignment:Local".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-sebuah urutan urutan
-urutan urutan
-file data matriks
Ini adalah file matriks penilaian yang digunakan saat membandingkan urutan. Secara default adalah
file 'EBLOSUM62' (untuk protein) atau file 'EDNAFULL' (untuk urutan nukleat). Ini
file ditemukan di direktori 'data' dari instalasi EMBOSS.
Tambahan bagian
-alternatif bilangan bulat
Ini menetapkan jumlah output kecocokan alternatif. Secara default hanya yang tertinggi
keselarasan skor ditampilkan. Nilai 2 memberi Anda keberpihakan lain yang masuk akal. Di dalam
beberapa kasus, misalnya protein multidomain dari cDNA dan perbandingan DNA genom,
mungkin ada keberpihakan lain yang menarik dan signifikan. Nilai default: 1
-ga terbuka bilangan bulat
Penalti celah adalah skor yang diambil ketika celah dibuat. Nilai terbaik tergantung
pada pilihan matriks perbandingan. Nilai default 14 mengasumsikan Anda menggunakan
Matriks EBLOSUM62 untuk urutan protein, atau nilai 16 dan matriks EDNAFULL untuk
urutan nukleotida. Nilai default: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gapextend bilangan bulat
Panjang celah, atau perpanjangan celah, penalti ditambahkan ke penalti celah standar untuk
setiap dasar atau residu di celah. Ini adalah berapa lama kesenjangan dihukum. Biasanya kamu akan
mengharapkan beberapa celah panjang daripada banyak celah pendek, jadi penalti perpanjangan celah
harus lebih rendah dari penalti gap. Pengecualian adalah di mana satu atau kedua urutan adalah
bacaan tunggal dengan kemungkinan kesalahan pengurutan dalam hal ini Anda akan mengharapkan banyak
celah dasar tunggal. Anda bisa mendapatkan hasil ini dengan menetapkan penalti celah ke nol (atau sangat
rendah) dan menggunakan penalti perpanjangan kesenjangan untuk mengontrol skor kesenjangan. Nilai bawaan:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
Keluaran bagian
-file keluar meluruskan
Gunakan matchere online menggunakan layanan onworks.net
