meril - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

meryl - penghitungan dan utilitas kmer di dalam dan di luar inti

RINGKASAN

Memperkirakan ingatan Persyaratan
meril -P -m ukuran kmers [-c #] [-p] -s seq.fasta

meril -P -m ukuran kmers [-c #] [-p] -n mercount

Bangunan a tabel
meril -B -m ukuran kmers [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L kejadian kecil] [-U kejadian maksimal]
[-benang n | {-segmen segmen | -Penyimpanan megabita} [-configbatch [-sge nama Pekerjaan]]]
-s seq.fasta -o awalan tbl

meril -hitungan jumlah [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o awalan tbl

meril -gabungan jumlah [-muncul "qsuboptionstring"] -o awalan tbl

Pertunjukan operasi on a tabel
meril -M operasi [-v] -s awalan tbl [-s awalan tbl2 ...] -o keluaran

Dumping a tabel
meril -Dh -s awalan tbl

meril -Dt -n hitungan menit -s awalan tbl

DESKRIPSI

meril menghitung konten kmer dari sekuens genomik. Konten Kmer direpresentasikan sebagai
daftar kmers dan berapa kali masing-masing muncul dalam urutan input. kmer bisa
terbatas hanya untuk kmer maju, hanya kmer mundur, atau kmer kanonik
(Secara leksikografis lebih kecil dari kmer maju dan mundur di setiap lokasi). Meryl bisa
laporkan histogram hitungan, daftar kmer dan hitungannya, atau dapat melakukan
operasi matematika dan set pada file data yang diproses.

Output dari meril adalah dua file biner, yang disebut database meril, yang dapat dengan cepat
dibuang untuk memberikan histogram jumlah, atau jumlah sebenarnya. Pustaka C++ disediakan
untuk akses langsung ke file.

PILIHAN

-P Perkirakan kebutuhan memori. Diberikan file urutan (-s) atau batas atas pada
jumlah mer dalam file (-n), hitung ukuran tabel (-t dalam pembuatan) untuk meminimalkan
penggunaan memori. Mode ini mengenali opsi berikut:

-m # ukuran mer (wajib)

-c # kompresi homopolimer (opsional)

-p aktifkan posisi

-s seq.fasta
File urutan yang akan dipindai untuk menentukan jumlah mers

-n # menghitung params dengan asumsi file dengan banyak mer di dalamnya

Hanya satu dari -s, -n perlu ditentukan. Jika keduanya diberikan, -s mengambil prioritas.

-B Hitung tabel mer-count yang diberikan file urutan (-s) dan banyak parameter. Oleh
default, kedua untai diproses.

-f hanya membangun untuk untai depan

-r hanya membangun untuk untaian terbalik

-C gunakan mer kanonik (mengasumsikan kedua untaian)

-L # JANGAN simpan mer yang muncul kurang dari # kali

-U # JANGAN simpan mer yang muncul lebih dari # kali

-m # ukuran mer (wajib)

-c # kompresi homopolimer (opsional)

-p aktifkan posisi

-s seq.fasta
urutan untuk membangun tabel untuk

-o awalan tbl
awalan tabel keluaran

-v menghibur pengguna

Grafik meril proses dapat berjalan dalam satu batch memori besar, dalam banyak batch memori kecil,
atau di bawah kendali SGE, semua dengan atau tanpa menggunakan beberapa inti CPU. Secara default,
perhitungan dilakukan sebagai satu proses sekuensial besar. Operasi multi-utas
dimungkinkan, dengan biaya memori tambahan, seperti operasi tersegmentasi, dengan tambahan
biaya I/O.

Threaded operasi
Bagi penghitungan menjadi n bagian yang berukuran hampir sama. Ini menggunakan tambahan
h MB (dari -P) per benang.

-benang n
menggunakan n utas untuk dibangun

tersegmentasi, berurutan operasi
Pisahkan penghitungan menjadi beberapa bagian yang ukurannya tidak lebih dari m MB
memori, atau menjadi n bagian yang berukuran sama. Setiap bagian dihitung secara berurutan,
dan hasilnya digabung di akhir. Hanya satu dari -Penyimpanan dan -segmen is
dibutuhkan.

-Penyimpanan m
gunakan paling banyak m MB memori per segmen

-segmen n
menggunakan n segmen

tersegmentasi, bertumpuk operasi
Sama seperti sekuensial, kecuali ini memungkinkan setiap segmen dieksekusi secara manual
sejajar. Hanya satu dari -Penyimpanan dan -segmen dibutuhkan. Lihat juga
CONTOH bagian di halaman ini.

-Penyimpanan m
gunakan paling banyak m MB memori per segmen

-segmen n
menggunakan n segmen

-configbatch
membuat batch

-hitungan n
jalankan nomor batch n

-gabungan
menggabungkan batch

Mode batch dapat berjalan di grid.

-sge nama Pekerjaan
nama pekerjaan unik untuk eksekusi ini. Meryl akan mengirimkan pekerjaan dengan nama
mpnama Pekerjaan, tidaknama Pekerjaan, nmnama Pekerjaan, untuk fase mempersiapkan, menghitung dan menggabungkan.

-sgebuild "pilihan"

-muncul "pilihan"
opsi tambahan apa pun untuk qsub(1) (misalnya, "-p -153 -pe benang 2 -A
merylaccount") NB - -N akan diabaikan NB - pastikan untuk mengutip
Pilihan

-M Diberikan daftar tabel, lakukan operasi matematika, logika, atau ambang batas. Kecuali
ditentukan, semua operasi mengambil sejumlah database. Operasi matematika adalah:

menit count adalah jumlah minimum untuk semua database. Jika mer TIDAK ada di
semua database, mer memiliki hitungan nol, dan TIDAK dalam output.

ada minexist
count adalah jumlah minimum untuk semua database yang berisi mer

max count adalah jumlah maksimum untuk semua database

menambahkan count adalah jumlah hitungan untuk semua database

di bawah count adalah yang pertama dikurangi yang kedua (hanya biner)

abs count adalah nilai absolut dari yang pertama dikurangi yang kedua (hanya biner)

Operasi logika adalah:

dan output mer jika ada di semua database

nand menghasilkan mer jika ada di setidaknya satu, tetapi tidak semua, database

or output mer jika ada di setidaknya satu database

xor menghasilkan mer jika ada dalam jumlah database yang ganjil

Operasi ambang batas adalah:

kurang dari x
output mer jika memiliki count < x

kurang dari sama x
output mer jika memiliki count <= x

lebih besar dari x
output mer jika memiliki count > x

lebih besar dari yang sama x
output mer jika memiliki count >= x

sama x
output mer jika memiliki count == x

Operasi ambang batas bekerja tepat pada satu database.

-s awalan tbl
menggunakan awalan tbl sebagai basis data

-o awalan tbl
buat keluaran ini

-v menghibur pengguna

-D Meja sampah (tidak semua ini berfungsi)

-DD Buang histogram jarak antara mer yang sama.

-Dt Dump mers >= ambang batas. Menggunakan -n untuk menentukan ambang batas.

-Dc Hitung jumlah mer, mer berbeda, dan mer unik.

-Dh Buang (untuk stdout) histogram jumlah mer.

-s Baca tabel hitungan dari sini (tinggalkan .mcdat atau .mcidx).

CONTOH

Sekumpulan penciptaan of a tabel
Inisialisasi komputasi dengan -configbatch, yang membutuhkan semua opsi build. Jalankan semua
-hitungan pekerjaan, maka -gabungan untuk menyelesaikan.

meril -configbatch -B [pilihan] -o fillet
meril -hitungan 0 -o fillet
meril -hitungan 1 -o fillet
...
meril -hitungan N -o fillet
meril -gabungan N -o fillet

Gunakan meril online menggunakan layanan onworks.net