mia-3dbrainextractT1 - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mia-3dbrainextractT1 - Ekstrak otak dari gambar kepala 3D T1 MRI.

RINGKASAN

mia-3dbraineextractT1 -i -o [pilihan]

DESKRIPSI

mia-3dbraineextractT1 Program ini digunakan untuk mengekstrak otak dari gambar T1 MR. Ini dulu
menjalankan gabungan fuzzy c-means clustering dan koreksi B-field untuk memfasilitasi 3D
segmentasi gambar 3D. Kemudian berbagai fiter dijalankan untuk mendapatkan materi putih
segmentasi sebagai topeng awal yang kemudian digunakan untuk menjalankan suatu wilayah berkembang untuk mendapatkan topeng
seluruh otak. Akhirnya, topeng ini digunakan untuk mengekstrak otak dari bidang B0
gambar yang dikoreksi.

PILIHAN

-i --in-file=(masukan, diperlukan); io
masukan gambar yang akan disegmentasi Untuk jenis file yang didukung, lihat
PLUGIN:3dimage/io

-o --out-file=(keluaran, diperlukan); io
masker otak Untuk jenis file yang didukung, lihat PLUGIN:3dimage/io

-n --tidak ada kelas=3
jumlah kelas jumlah kelas

-w --wm-kelas=2
indeks materi putih indeks materi putih

-p --wm-prob=0.7
probabilitas kelas materi putih untuk pembuatan topeng awal kelas materi putih
probabilitas untuk pembuatan topeng awal

-t --tumbuh-ambang batas=20
ambang intensitas untuk pertumbuhan wilayah ambang batas intensitas untuk pertumbuhan wilayah

--bentuk-tumbuh=18n
wilayah topeng lingkungan berkembang

Bantuan & Info
-V --verbose=peringatan
verbositas output, pesan cetak dari tingkat tertentu dan prioritas yang lebih tinggi.
Prioritas yang didukung mulai dari level terendah adalah:
Info - Pesan tingkat rendah
jejak - Jejak panggilan fungsi
gagal - Laporkan kegagalan pengujian
peringatan - Peringatan
kesalahan - Laporkan kesalahan
men-debug - Keluaran debug
pesan - Pesan biasa
fatal - Laporkan hanya kesalahan fatal

--hak cipta
cetak informasi hak cipta

-h --bantuan
cetak bantuan ini

-? --penggunaan
cetak bantuan singkat

--Versi: kapan
cetak nomor versi dan keluar

Pengolahan
--utas=-1
Jumlah maksimum utas yang digunakan untuk pemrosesan, Jumlah ini harus lebih rendah
atau sama dengan jumlah inti prosesor logis dalam mesin. (-1:
estimasi otomatis). Jumlah utas maksimum yang digunakan untuk pemrosesan, Ini
nomor harus lebih rendah atau sama dengan jumlah inti prosesor logis di
mesin. (-1: estimasi otomatis).

PLUGIN: 3 gambar/io

menganalisa Analisis 7.5 gambar

Ekstensi file yang dikenali: .HDR, .hdr

Jenis elemen yang didukung:
unsigned 8 bit, ditandatangani 16 bit, ditandatangani 32 bit, floating point 32 bit,
titik mengambang 64 bit

kumpulan data IO virtual ke dan dari kumpulan data internal

Ekstensi file yang dikenali: .@

dikom Seri gambar Dicom sebagai 3D

Ekstensi file yang dikenali: .DCM, .dcm

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 16 bit, tidak bertanda 16 bit

hdf5 Gambar 5D HDF3 IO

Ekstensi file yang dikenali: .H5, .h5

Jenis elemen yang didukung:
data biner, bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda,
ditandatangani 32 bit, 32 bit tidak ditandatangani, 64 bit ditandatangani, 64 bit tidak ditandatangani, mengambang
titik 32 bit, titik mengambang 64 bit

inria gambar INRIA

Ekstensi file yang dikenali: .INR, .inr

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda, bertanda 32
bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64 bit

mhd MetaIO 3D image IO menggunakan implementasi VTK (eksperimental).

Ekstensi file yang dikenali: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda, bertanda 32
bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64 bit

bagus Gambar 1D NIFTI-3 IO

Ekstensi file yang dikenali: .NII, .nii

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda, bertanda 32
bit, 32 bit yang tidak ditandatangani, 64 bit yang ditandatangani, 64 bit yang tidak ditandatangani, floating point 32
bit, titik mengambang 64 bit

ay Format raster VFF Sun

Ekstensi file yang dikenali: .VFF, .vff

Jenis elemen yang didukung:
unsigned 8 bit, ditandatangani 16 bit

pemandangan Tampilan 3D

Ekstensi file yang dikenali: .V, .VISTA, .v, .vista

Jenis elemen yang didukung:
data biner, bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda,
ditandatangani 32 bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64
sedikit

vti Gambar 3D VTK-XML masuk dan keluar (eksperimental).

Ekstensi file yang dikenali: .VTI, .vti

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda, bertanda 32
bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64 bit

vtk Gambar 3D VTK warisan masuk dan keluar (eksperimental).

Ekstensi file yang dikenali: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Jenis elemen yang didukung:
data biner, bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda,
ditandatangani 32 bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64
sedikit

CONTOH

Buat topeng dari gambar input dengan menjalankan segmentasi 5 kelas di atas gambar inpt
input.v dan gunakan kelas 4 sebagai kelas materi putih dan simpan gambar bertopeng di masked.v dan
gambar yang dikoreksi bidang B0 di b0.v

mia-3dbrainextractT1 -i masukan.v -n 5 -w 4 -o bertopeng.v

PENULIS

Gert Wolny

HAK CIPTA

Perangkat lunak ini adalah Hak Cipta (c) 1999-2015 Leipzig, Jerman dan Madrid, Spanyol. Itu datang
dengan BENAR-BENAR TANPA JAMINAN dan Anda dapat mendistribusikannya kembali di bawah ketentuan GNU
LISENSI UMUM UMUM Versi 3 (atau lebih baru). Untuk informasi lebih lanjut, jalankan program dengan
opsi '--hak cipta'.

Gunakan mia-3dbrainextractT1 online menggunakan layanan onworks.net