Ini adalah perintah mipe2dbSTS yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator atau MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
mipe2dbSTS.pl - Menghasilkan file input untuk dikirim ke dbSTS
termasuk dalam output: bagian STS dari pengiriman dbSTS
berdasarkan versi MIPE v1.1
argumen: * mipe_file
*file konfigurasi
* (opsional) daftar ID PCR
File konfigurasi terdiri dari baris yang berisi kunci dan nilai, dipisahkan oleh tanda sama dengan ('=').
Kuncinya terdiri dari nama huruf kecil dari file pengiriman NCBI (lihat situs web dbSTS), diikuti oleh:
garis bawah dan nama kecil bidang dalam file itu.
Bidang berikut harus ditentukan dalam file konfigurasi:
pub_judul=
pub_penulis=
sumber_nama=
sumber_organisme=
lanjutan_nama=
lanjutan_faks=
lanjutan_tel=
lanjutan_email=
lanjutan_lab=
lanjutan_inst=
lanjutan_addr=
protokol_nama=
protokol_protokol=
nama_buffer=
buffer_buffer=
sts_pcr_profil=
Untuk protocol_protocol, buffer_buffer dan sts_pcr_profile, lebih banyak baris diperlukan (lihat contoh).
Contoh file konfigurasi terlihat seperti ini:
pub_title=Pemetaan genetik SNP ayam
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name=DNA genom ayam
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
lanjutan_faks=+31 317 483929
lanjutan_tel=+31 317 483397
lanjutan_email=[email dilindungi]
cont_lab=Kelompok Pemuliaan Hewan dan Genomik
cont_inst=Universitas Wageningen
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Belanda
protocol_name=Protokol_Aerts
protocol_protocol=Templat: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: masing-masing 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: masing-masing 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 unit
protokol_protokol=Volume: 12 st
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Dua 20: 0.01% (b/v)
buffer_buffer=pH: 8.8
Gunakan mipe2dbSTS online menggunakan layanan onworks.net
