Ini adalah perintah primerse yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
primers - Versi sederhana dari primer3 untuk memilih primer PCR
RINGKASAN
primer -urutan seqall [-wilayah target jarak] [-ukuran kecil bilangan bulat] [-ukuran maksimal bilangan bulat]
[-maxdifftm mengapung] [-jelaskan bendera boolean] [-pengembalian bilangan bulat] -file keluar file keluar
primer -bantu
DESKRIPSI
primer adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Nucleic:Primers".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-urutan seqall
Urutan dari mana untuk memilih primer. Urutan harus disajikan 5' -> 3'
Tambahan bagian
-wilayah target jarak
Jika satu atau lebih Target ditentukan maka pasangan primer legal harus mengapit setidaknya satu
dari mereka. Target mungkin merupakan situs pengulangan urutan sederhana (misalnya pengulangan CA) atau
polimorfisme pasangan basa tunggal. Nilainya harus berupa daftar yang dipisahkan spasi dari
, berpasangan dimana adalah indeks basis pertama dari Target, dan
adalah yang terakhir Contoh 50,51 membutuhkan primer untuk mengelilingi 2 basa pada posisi 50
dan 51.
-ukuran kecil bilangan bulat
Panjang minimum yang dapat diterima dari primer. Harus lebih besar dari 0 dan kurang dari atau sama
untuk MAX-SIZE. Nilai default: 18
-ukuran maksimal bilangan bulat
Panjang maksimum yang dapat diterima (dalam basis) dari primer. Saat ini parameter ini tidak dapat
lebih besar dari 35. Batas ini diatur oleh ukuran oligo maksimum yang mana Primer3's
suhu leleh adalah valid. Nilai default: 27
-maxdifftm mengapung
Perbedaan maksimum yang dapat diterima (tidak bertanda) antara suhu leleh
primer maju dan mundur. Nilai default: 100.0
Keluaran bagian
-jelaskan bendera boolean
Jika flag ini bukan 0, hasilkan LEFT-EXPLAIN dan RIGHT-EXPLAIN, output, yaitu:
dimaksudkan untuk memberikan informasi jumlah pasangan primer yang diperiksa Primer3,
dan statistik pada nomor yang dibuang karena berbagai alasan. Nilai default: N
-pengembalian bilangan bulat
Jumlah maksimum pasangan primer untuk kembali. Pasangan primer yang dikembalikan diurutkan berdasarkan
'kualitas' mereka, dengan kata lain dengan nilai fungsi tujuan (di mana lebih rendah
angka menunjukkan pasangan primer yang lebih baik). Perhatian: atur parameter ini ke besar
nilai akan meningkatkan waktu berjalan. Nilai default: 5
-file keluar file keluar
Gunakan primerse online menggunakan layanan onworks.net
