pita - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

pita - Laci pita paket grafik molekuler Raster3D

RINGKASAN

"pita" [-h] [-d[0123456]] file pdf
or
"pita" [-h] -d[0123456] - (untuk mengambil catatan PDB dari stdin)

pita membaca file koordinat PDB dan menghasilkan file di stdout yang berisi Raster3D
catatan deskriptor untuk representasi pita yang dibuat dari jaring segitiga. NS
file yang dihasilkan oleh pita dapat diberikan langsung ke menghasilkan atau dapat digabungkan dengan
file deskriptor yang dihasilkan oleh utilitas Raster3D lainnya.

CONTOH

Untuk menggambarkan seluruh rantai protein sebagai pita tunggal yang diwarnai dengan mulus dari biru di
N-terminus menjadi merah di C-terminus:

pita -d2 protein.pdb | render > chain_picture.png

Untuk mewarnai protein multi-rantai dengan warna tertentu untuk setiap rantai:

cat chaincolors.pdb protein.pdb | pita -d5 -> chains.r3d

PILIHAN

-h

Menekan catatan header dalam output. Secara default pita akan menghasilkan file output yang
dimulai dengan catatan header yang berisi serangkaian opsi penskalaan dan pemrosesan default.
The -h flag akan menekan catatan header ini sehingga file output hanya berisi
deskriptor segitiga. Opsi ini berguna untuk menghasilkan file yang hanya menjelaskan sebagian
adegan, dan yang nantinya akan digabungkan dengan file deskriptor yang dihasilkan oleh
program.

-d[0123456]

Secara default pita membutuhkan input interaktif untuk memilih parameter pita dan pewarnaan
informasi. Lima skema pewarnaan default diterapkan, dan ini mungkin
dipilih sebagai opsi baris perintah untuk melewati input interaktif apa pun.

-d atau -d0 sama dengan -d2 di bawah

-d1 pita warna solid (default ke biru)

-d2 naungan dari biru di ujung-N menjadi merah di ujung-C

-d3 satu permukaan pita berwarna biru, permukaan lainnya berwarna abu-abu

-d4 naungan permukaan depan dari biru ke merah, permukaan belakang abu-abu

-d5 warna rantai terpisah menggunakan kartu warna berturut-turut
dari aliran masukan. Perhatikan bahwa pencocokan pola pada catatan warna _not_ selesai;
warna hanya diambil secara berurutan saat rantai baru ditemukan.

-d6 Warna menurut atom CA terdekat seperti yang diambil dari COLOR
catatan di kepala file input

DESKRIPSI

Masukan ke pita terdiri dari satu file teks yang berisi informasi warna
[opsional] dan koordinat atom dalam format bank data PDB. Hanya atom CA dan karbonil O
catatan diperlukan; semua atom masukan lainnya diabaikan. Parameter dan pewarnaan pita
ditentukan secara interaktif saat program dijalankan. Interaksi keyboard dapat dilewati
memilih salah satu skema pewarnaan default menggunakan flag -d. Jaring segitiga
pita adalah output sebagai catatan deskriptor Raster3D. Secara default, file output berisi a
set catatan header seperti yang dipersyaratkan oleh menghasilkan program. Header dibuat untuk
sertakan matriks TMAT yang sesuai dengan matriks transformasi yang terdapat dalam file
setup.matrix (jika ada), atau ke sudut Euler yang terkandung dalam file pengaturan.sudut (jika
itu ada).

pita menghasilkan jejak halus terus menerus dari tulang punggung protein. Untuk lebih rumit
representasi struktur sekunder protein lebih baik menggunakan program yang berbeda,
misalnya MOSCRIPT, bukan pita.

LINGKUNGAN

File setup.matrix dan setup.angles, jika ada, mempengaruhi catatan header yang dihasilkan
by pita.

SOURCE

anonim ftp Situs:
ftp.bmsc.washington.edu

jaringan URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

hubungi:
Ethan A Merritt
Universitas Washington, Seattle WA 98195
[email dilindungi]

Gunakan pita online menggunakan layanan onworks.net