RNAhybrid - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

RNAhibrida - hitung hibridisasi struktur sekunder RNA

RINGKASAN

RNAhibrida [-H] [-B tekan_nomor] [-e pemutusan_energi] [-P p-nilai_potong] [-C] [-D xi, theta]
[-S set_nama] [-F dari untuk] [-M maks_target_panjang] [-N max_query_length] [-kamu
iloop_upper_limit] [-v bloop_upper_limit] [-G (ps|png|jpg|semua)] [-T file_target] [-Q
file_kueri] [target] [pertanyaan]

DESKRIPSI

RNAhibrida adalah alat untuk menemukan energi bebas minimum (mfe) hibridisasi dari panjang
(target) dan RNA pendek (permintaan). Hibridisasi dilakukan dalam semacam mode domain,
yaitu. urutan pendek dihibridisasi ke bagian yang paling pas dari yang panjang. Alat
terutama dimaksudkan sebagai sarana untuk prediksi target microRNA. Selain mfes,
program menghitung nilai-p berdasarkan distribusi nilai ekstrem dari panjang yang dinormalisasi
energi.

PILIHAN

-h Berikan ringkasan singkat tentang opsi baris perintah.

-b tekan_nomor
Jumlah maksimum hit untuk ditampilkan. tekan_nomor hit dengan meningkatkan energi bebas minimum
(pengingat: energi yang lebih besar lebih buruk) ditampilkan, kecuali opsi -e digunakan dan
pemutusan energi telah terlampaui (lihat opsi -e di bawah) atau tidak ada lagi
hits. Pukulan hanya boleh tumpang tindih di pangkalan yang menjuntai (5' atau 3' ujung target yang tidak berpasangan).

-c Menghasilkan keluaran yang kompak. Untuk setiap pasangan target/kueri, satu baris output dihasilkan.
Setiap baris adalah daftar kolom berikut yang dipisahkan titik dua (:): nama target, kueri
nama, energi bebas minimum, posisi dalam target, garis lurus 1, garis 2, garis 3,
baris 4. Jika target atau kueri diberikan pada baris perintah (mis. tidak ada -t atau -q
masing-masing), namanya di output akan menjadi "baris perintah".

-d xi, theta
xi dan theta adalah parameter posisi dan bentuk, masing-masing, dari ekstrim
distribusi nilai (evd). nilai-p energi dupleks diasumsikan terdistribusi
menurut evd seperti itu. Untuk panjang energi ternormalisasi en, kita memiliki P[X <= en] = 1
- exp(-exp(-(-en-xi)/theta)), di mana en = e/log(m*n) dengan m dan n adalah panjangnya
dari target dan kueri, masing-masing. Jika opsi -d dihilangkan, xi dan
theta diperkirakan dari energi dupleks maksimal kueri, dengan asumsi linear
ketergantungan. Parameter ketergantungan linier ini dikodekan ke dalam program,
tetapi opsi -s harus diberikan untuk memilih dari set yang sesuai. Perhatikan bahwa
evd dicerminkan, karena mfes yang baik adalah nilai negatif yang besar.

-s set_nama
Digunakan untuk perkiraan cepat parameter distribusi nilai ekstrim (lihat opsi -d
di atas). Memberi tahu RNAhybrid target dataset mana yang akan diasumsikan. Parameter yang valid adalah
3utr_fly, 3utr_worm dan 3utr_human.

-e pemutusan_energi
Hit dengan peningkatan energi bebas minimum (pengingat: energi yang lebih besar lebih buruk) lebih sedikit
dari atau sama dengan pemutusan_energi ditampilkan, kecuali opsi -b digunakan dan
jumlah hit yang sudah dilaporkan telah mencapai maksimal tekan_nomor (lihat opsi -b
di atas). Pukulan hanya boleh tumpang tindih di pangkalan yang menjuntai (5' atau 3' ujung target yang tidak berpasangan).

-p p-nilai_potong
Hanya klik dengan nilai-p tidak lebih besar dari p-nilai_potong dilaporkan. Lihat juga
opsi -d dan -s.

-f dari untuk
Memaksa semua struktur untuk memiliki heliks dari posisi dari untuk memposisikan untuk dengan
menghormati kueri. Basis pertama memiliki posisi 1.

-m maks_target_panjang
Panjang maksimum yang diizinkan dari urutan target. Nilai defaultnya adalah 2000. Ini
opsi hanya memiliki efek jika file target diberikan dengan opsi -t (lihat di bawah).

-n max_query_length
Panjang maksimum yang diizinkan dari urutan kueri. Nilai defaultnya adalah 30. Ini
opsi hanya memiliki efek jika file kueri diberikan dengan opsi -q (lihat di bawah).

-u iloop_upper_limit
Jumlah maksimum nukleotida tidak berpasangan yang diperbolehkan di kedua sisi internal
Loop.

-v bloop_upper_limit
Jumlah maksimum nukleotida tidak berpasangan yang diizinkan dalam loop tonjolan.

-g (ps|png|jpg|semua)
Hasilkan plot hibridisasi, baik dalam format ps, png atau jpg, atau untuk semua
format bersama. Plot disimpan dalam file yang namanya dibuat dari
nama target dan kueri ("command_line" jika diberikan pada baris perintah). Pilihan ini
hanya berfungsi, jika pustaka grafis yang sesuai ada.

-t file_target
Setiap urutan target dalam file_target tunduk pada hibridisasi dengan masing-masing
dari kueri (yang berasal dari file_kueri atau satu pertanyaan yang diberikan pada
garis komando; lihat -q di bawah). Urutan dalam file_target harus dalam FASTA
formatnya, mis. satu baris dimulai dengan > dan langsung diikuti dengan nama, lalu satu atau
lebih mengikuti baris dengan urutan itu sendiri. Setiap baris urutan individu harus
tidak lebih dari 1000 karakter. Jika tidak ada -t diberikan, baik argumen terakhir (jika
a -q diberikan) atau argumen terakhir kedua (jika tidak ada -q diberikan) untuk RNAhibrida adalah
diambil sebagai sasaran.

-q file_kueri
Lihat opsi -t di atas.

REFERENSI

Parameter energi diambil dari:

Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. "Ketergantungan urutan diperluas termodinamika
parameter meningkatkan prediksi struktur sekunder RNA" J Mol Biol., 288 (5), pp
911-940, 1999

Output grafis menggunakan kode dari paket RNA Wina:

Hofacker IL. "Server struktur sekunder RNA Wina." Penelitian Asam Nukleat, 31 (13),
hlm 3429-3431, 2003

VERSION

Halaman manual ini mendokumentasikan versi 2.0 dari RNAhybrid.

PENULIS

Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.

PEMBATASAN

Nilai energi yang bergantung pada karakter hanya ditentukan untuk [acgtuACGTU]. Semua karakter lainnya
mengarah ke nilai nol dalam kasus ini.

Gunakan RNAhybrid online menggunakan layanan onworks.net