Ini adalah command stellar yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bintang - Penyelarasan Lokal Cepat Cepat
RINGKASAN
bintang [OPSI]
DESKRIPSI
STELLAR mengimplementasikan algoritma filter SWIFT (Rasmussen et al., 2006) dan a
langkah verifikasi untuk hit SWIFT yang menerapkan perataan lokal, celah X-drop
ekstensi, dan ekstraksi pertandingan epsilon terpanjang.
Input ke STELLAR adalah dua file, masing-masing berisi satu atau lebih urutan dalam FASTA
format. Setiap urutan dari file 1 akan dibandingkan dengan setiap urutan di file 2. The
urutan dari file 1 digunakan sebagai database, urutan dari file 2 sebagai kueri.
(c) 2010-2012 oleh Birte Kehr
-h, --membantu
Menampilkan pesan bantuan ini.
--Versi: kapan
Menampilkan informasi versi
Opsi Utama:
-e, --epsilon NUM
Tingkat kesalahan maksimal (maks 0.25). Dalam jangkauan [0.0000001..0.25]. Standar: 0.05.
-l, --minPanjang NUM
Panjang minimal pertandingan epsilon. Dalam rentang [0..inf]. Standar: 100.
-f, --maju
Cari hanya di untai depan database.
-r, --membalikkan
Cari hanya dalam komplemen terbalik dari database.
-a, --alfabet STR
Jenis urutan input alfabet (dna, rna, dna5, rna5, protein, char). Salah satu DNA,
dna5, rna, rna5, protein, dan arang.
-v, --bertele-tele
Setel mode verbositas.
Opsi Pemfilteran:
-k, --kmer NUM
Panjang q-gram (maks 32). Dalam jangkauan [1].
-rp, --repeatPeriode NUM
Periode maksimum pengulangan kompleksitas rendah untuk disaring. Standar: 1.
-rl, --ulangiPanjang NUM
Panjang minimal pengulangan kompleksitas rendah untuk disaring. Standar: 1000.
-c, --kelimpahanPotong NUM
rasio pemotongan kelebihan k-mer. Dalam kisaran [0..1]. Standar: 1.
Opsi Verifikasi:
-x, --xJatuhkan NUM
X-drop maksimal untuk ekstensi. Standar: 5.
-vs, --verifikasi STR
Strategi verifikasi: tepat atau terbaikLokal atau bandedGlobal Salah satu dari tepat, lokal terbaik,
dan bandedGlobal. Standar: tepat.
-dt, --disableThresh NUM
Jumlah maksimum kecocokan terverifikasi sebelum menonaktifkan verifikasi untuk satu kueri
urutan (default tak terhingga). Dalam rentang [0..inf].
-n, --numCocok NUM
Jumlah maksimum kecocokan yang disimpan per kueri dan database. Jika STELLAR menemukan lebih banyak
korek api, hanya yang terpanjang yang disimpan. Standar: 50.
-s, --sortirThresh NUM
Jumlah kecocokan yang memicu penghapusan duplikat. Pilih nilai yang lebih kecil untuk
menghemat ruang. Standar: 500.
Opsi Keluaran:
-o, --keluar FILE
Nama file keluaran. Jenis file yang valid adalah: gff dan txt. Bawaan: bintang.gff.
-od, --outDisabled FILE
Nama file output untuk urutan kueri yang dinonaktifkan. Jenis file yang valid adalah: fa dan
CEPAT. Bawaan: stellar.disabled.fasta.
REFERENSI
Kehr, B., Weese, D., Reinert, K.: STELLAR: keberpihakan lokal yang cepat dan tepat. BMC
Bioinformatika, 12(Lampiran 9):S15, 2011.
VERSION
versi bintang: 1.3 Pembaruan terakhir Oktober 2012
Gunakan bintang online menggunakan layanan onworks.net
