Ini adalah perintah TransDecoder.Predict yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
Transdecoder - Prediksi Protein Transkriptom
PENGGUNAAN
Diperlukan:
-T transkrip.fasta
Opsi umum:
--retain_long_orfs mempertahankan semua ORF yang ditemukan yang sama atau lebih panjang dari banyak nukleotida ini bahkan jika tidak ada bukti lain
menandainya sebagai pengkodean (default: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/ke/pfam_db.hmm untuk mencari
menggunakan hmmscan (yang seharusnya dapat diakses melalui pengaturan PATH Anda)
--retain_blastp_hits
Advanced options
--kereta File FASTA dengan ORF untuk melatih Markov Mod untuk identifikasi protein; sebaliknya
ORF non-redundan terpanjang yang digunakan
-T Jika tidak ada --train, ORF terpanjang teratas untuk melatih Model Markov (statistik heksamer) (default: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDIKSI(1)
Gunakan TransDecoder.Predict online menggunakan layanan onworks.net
