abyss-pe - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

abyss-pe - assemble legge in contigs

SINOSSI

abisso-pe [OPZIONE]... [PARAMETRO=VALORE]... [MAKE_TARGET] ...

DESCRIZIONE

Assemblare le letture dei file di input in contigs. Le letture possono essere in FASTA, FASTQ,
qseq, export, formato SRA, SAM o BAM e può essere compresso con gz, bz2 o xz e può essere
catramata.

abyss-pe è uno script Makefile. Qualsiasi opzione di make può essere utilizzata anche con abyss-pe.

parametri of abisso-pe
Nome, NOME DEL LAVORO
Il nome di questa assemblea. I ponteggi risultanti verranno stoccati in
${nome}-scaffolds.fa.

in file di input. Utilizzare questa variabile quando si assemblano dati da una singola libreria.

lib un elenco tra virgolette di nomi di librerie paired-end separati da spazi. Usa questa variabile
quando si assemblano dati da più librerie paired-end. Per ogni nome di libreria in
lib, l'utente deve definire una variabile sulla riga di comando con lo stesso nome, che
indica i file letti per quella libreria. Vedere ESEMPI sotto per un concreto
esempio di utilizzo.

pe elenco di librerie paired-end che verranno utilizzate solo per unire uniti in
contigs e non contribuiranno alla sequenza di consenso.

mp elenco delle librerie di coppie di accoppiamento che verranno utilizzate per l'impalcatura. Librerie di coppie di accoppiamento
non contribuiscono alla sequenza del consenso.

lungo elenco di librerie di sequenze lunghe che verranno utilizzate per il rescaffolding. lunga sequenza
le biblioteche non contribuiscono alla sequenza di consenso.

se file contenenti letture single-end

a numero massimo di rami di una bolla [2]

b lunghezza massima di una bolla (bp) [10000]

c copertura k-mer media minima di un'unità [sqrt(mediano)]

d errore ammissibile di una stima della distanza (bp) [6]

e minima erosione copertura k-mer [sqrt(mediano)]

E minima erosione copertura k-mer per trefolo [1]

j numero di fili [2]

k dimensione di un k-mer (quando K non è impostato) o l'ampiezza di una coppia k-mer (quando K è impostato)

K dimensione di un singolo k-mer in una coppia di k-mer (bp)

l lunghezza minima di allineamento di una lettura (bp) [k]

m sovrapposizione minima di due unità (bp) [30]

n numero minimo di coppie richieste per costruire contigs [10]

N numero minimo di coppie necessarie per costruire ponteggi [n]

p identità di sequenza minima di una bolla [0.9]

q qualità di base minima durante il taglio [3]
Taglia le basi dalle estremità delle letture la cui qualità è inferiore a q.

Q qualità di base minima [0]
Maschera tutte le basi delle letture la cui qualità è inferiore a Q come `N'.

s dimensione unitaria minima richiesta per costruire contigs (bp) [200]
La lunghezza del seme dovrebbe essere almeno il doppio del valore di k. Se più sequenza è
assemblato rispetto alla dimensione del genoma prevista, provare ad aumentare s.

S dimensione minima del contig richiesta per la costruzione di ponteggi (bp) [s]

SS SS=--SS da assemblare in modalità specifica del filo
Richiede che tutte le librerie siano librerie RNA-Seq specifiche del filamento. presuppone che
la prima lettura in una coppia di lettura è annullata WRT le trascrizioni sono state sequenziate.

t dimensione minima della punta (bp) [2k]

v v=-v per abilitare la registrazione dettagliata

np, NSLOT
il numero di processi di un assembly MPI

mpirun il percorso per mpirun

allineare
Il programma da usare per allineare le letture ai contigs [map].
I valori consentiti sono: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Vedi il
DIDA sezione sottostante per ulteriori informazioni sull'opzione dida.

cs convertire i contig dello spazio colore in contig nucleotidici dopo l'assemblaggio

Opzioni of make
-n, --funzionamento a secco
Stampa i comandi che verrebbero eseguiti, ma non eseguirli.

Make obiettivi per abisso-pe
difetto
Equivalente a "scaffolds scaffolds-dot stats".

uniti
Assemblare le unità.

punti-uniti
Emetti il ​​grafico di sovrapposizione delle unità.

pe-sam Mappa le letture paired-end sugli uniti e genera un file SAM. Il file SAM sarà solo
contengono la mappatura delle letture su contig diversi e l'ID di lettura, la sequenza e la qualità
le stringhe verranno sostituite con i caratteri '*'.

pe-bam Mappa le letture paired-end sugli uniti e genera un file BAM. Il file BAM sarà solo
contengono la mappatura delle letture su contig diversi e l'ID di lettura, la sequenza e la qualità
le stringhe verranno sostituite con i caratteri '*'.

pe-indice
Genera un indice delle unità usate da abyss-map.

contig
Assemblare contig.

contigs-punto
Stampa il grafico di sovrapposizione contig.

mp-sam Mappa mate-pair legge sui contigs e genera un file SAM. Il file SAM sarà solo
contengono la mappatura delle letture su contig diversi e l'ID di lettura, la sequenza e la qualità
le stringhe verranno sostituite con i caratteri '*'.

mp-bam Mappa mate-pair legge sui contigs e genera un file BAM. Il file BAM sarà solo
contengono la mappatura delle letture su contig diversi e l'ID di lettura, la sequenza e la qualità
le stringhe verranno sostituite con i caratteri '*'.

indice mp
Genera un indice dei contigs usati da abyss-map.

ponteggi
Assemblare ponteggi.

ponteggi-punto
Stampa il grafico di sovrapposizione dell'impalcatura.

scaftig
Rompi le impalcature e genera il file AGP.

lunghe impalcature
Reimpalcatura utilizzando contigs assemblati RNA-Seq.

lungo-scaffs-dot
Emetti il ​​grafico di sovrapposizione dell'impalcatura dell'RNA.

stats Visualizza le statistiche di contiguità dell'assieme.

cavedano Rimuovere i file intermedi.

versione
Visualizza la versione di abyss-pe.

versioni
Visualizza le versioni di tutti i programmi utilizzati da abyss-pe.

Aiuto Visualizza un messaggio utile.

DIDA

ABySS supporta l'uso di DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), un sistema basato su MPI
framework di allineamento per il calcolo di allineamenti di sequenze su più macchine. Usare
DIDA con ABySS, prima scarica e installa DIDA da
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, quindi specifica `dida` come valore di
, il allineare parametro abisso-pe.

Relativo a DIDA abisso-pe parametri
DIDA_MPIRUN
Il comando `mpirun` utilizzato per eseguire i lavori DIDA.

DIDA_RUN_OPZIONI
Opzioni di runtime come il numero di thread per rango MPI e valori per l'ambiente
variabili (es. PATH, LD_LIBRARY_PATH). Esegui `abyss-dida --help` per un elenco di
Opzioni disponibili.

DIDA_OPZIONI
Opzioni che vengono passate direttamente al binario DIDA. Ad esempio, questo può essere usato
per controllare la soglia minima della lunghezza di allineamento. Esegui `dida-wrapper --help` per a
elenco delle opzioni disponibili.

MPI COMPATIBILITA '
A causa dell'uso del multi-threading, DIDA ha riscontrato problemi di deadlock con OpenMPI. Usando
la libreria MPICH MPI è fortemente consigliata quando si eseguono assembly con DIDA. test
è stato fatto con MPICH 3.1.3, compilato con --enable-threads=funneled.

ESEMPIO
La configurazione di runtime consigliata per DIDA è 1 rango MPI per macchina e 1 thread per
nucleo della CPU. Ad esempio, per eseguire un assembly su 3 nodi cluster con 12 core ciascuno, eseguire le operazioni seguenti:

abyss-pe k=64 nome=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

Questo esempio usa le opzioni della riga di comando MPICH per `mpirun`. Qui, `-np 3` indica
il numero di ranghi MPI, `-ppn 1` indica il numero di ranghi MPI per "nodo" e
`-bind-to board` definisce un "nodo" come una scheda madre (cioè una macchina completa).

AMBIENTE VARIABILI

Qualsiasi parametro che può essere specificato sulla riga di comando può anche essere specificato in an
variabile d'ambiente.

PERCORSO deve contenere la directory in cui sono installati gli eseguibili ABySS. Usa `abisso-
pe versioni` per verificare che PATH sia configurato correttamente.

TMPDIR specifica una directory da usare per i file temporanei

Scheduler integrazione
ABySS si integra bene con i job scheduler in cluster, come:
* SGE (motore Sun Grid)
* Sistema batch portatile (PBS)
* Funzione di condivisione del carico (LSF)
* IBM LoadLeveler

Le variabili di ambiente SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID e NSLOTS possono essere utilizzate per specificare il
parametri nome, k e np, rispettivamente, e in modo simile per altri schedulatori.

ESEMPI

Uno coppia di estremità biblioteca
abyss-pe k=64 nome=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

multiplo coppia di estremità biblioteche
abyss-pe k=64 nome=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Coppia di estremità ed mate-coppia biblioteche
abyss-pe k=64 nome=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Compreso RNA-Seq assemblee
abyss-pe k=64 nome=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
lungo1=lungo1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 nome=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Usa abyss-pe online usando i servizi onworks.net