Questo è il comando alter-sequence-alignment che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
alter-sequence-alignment - sequenze genomiche Alignment Transformation Environment
SINOSSI
alterare-sequenza-allineamento [opzione] [sequenza]
DESCRIZIONE
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) è uno strumento per trasformare
tra più formati di allineamento della sequenza. ALTER si concentra sul
specifiche dei principali programmi di allineamento e analisi piuttosto che
sulla conversione tra formati più o meno specifici.
VERSIONI
-c (--crollo)
Comprimi le sequenze in aplotipi.
-cg (--collapseGap)
Tratta le lacune come dati mancanti durante il collasso.
-cl (--collapseLimite) N
Limite di connessione (sequenze differenti a <= l siti verranno compresse) (l'impostazione predefinita è
l=0).
-centimetro (--collapseMiscante)
Conta i dati mancanti come differenze durante la compressione.
-i (--ingresso) FILE
File di input.
-he (--inputRilevamento automatico)
Rileva automaticamente il formato (le altre opzioni di input sono omesse).
-Se (--inputFormat)VAL
Formato di input (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP o PIR).
-io (--inputOS)VAL
Sistema operativo di input (Linux, MacOS o Windows)
-ip (--inputProgramma)VAL
Programma di input (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS o TCoffee).
-o (--produzione) FILE
File di uscita.
-Di (--formato di output)VAL
Formato di output (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP o PIR).
-ol (--outputminuscolo)
Uscita bassa.
-om (--outputMatch)
Caratteri di corrispondenza dell'output.
-One (--outputNumeriResidui)
Numeri residui in uscita (solo formato ALN).
-ooh (--outputOS)VAL
Sistema operativo di output (Linux, MacOS o Windows).
-operazione (--outputProgramma)VAL
Programma di output (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl o GENERAL)
Hong osseo (--outputSequenziale)
Uscita sequenziale (solo formati NEXUS e PHYLIP).
Usa l'allineamento della sequenza alterata online utilizzando i servizi onworks.net
