altree-convertp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

altree-convert - Titolo...

SINOSSI

altree-convert [opzioni]

Opzioni:
--versione versione del programma
--short-help|h breve messaggio di aiuto
--help messaggio di aiuto con la descrizione delle opzioni
--man documentazione completa
--first-input-file|i file di input 1
--second-input-file|j file di input 2 (non obbligatorio)
--output-file|o file di output
--case-control-output|c output contenente i nb casi/controlli
--tipo-dati|t DNA|NUM
--phylo-prog|p PAUP|FILIP
--reconstruct-prog|r FASE|FAMHAP
--data-quali|q Tipo di dato: qualitativo o quantitativo
--nbind-threshold|s Numero minimo di individui necessari per mantenere un aplotipo

VERSIONI

--versione
Stampa la versione del programma ed esce.

--breve-aiuto
Stampa un breve messaggio di aiuto ed esce.

--Aiuto Stampa un messaggio di aiuto con le descrizioni delle opzioni e le uscite.

--uomo Stampa la pagina di manuale ed esce.

--primo-file-input|i
File di input 1 (output del programma di ricostruzione dell'aplotipo)

--secondo-file-input|j
File di input 2 (secondo output di famhap o file contenente lo stato della malattia)

--file-output|o
File di uscita

--uscita-controllo-caso|c
File di output contenente il numero di casi e controlli che trasportano ciascun aplotipo

--tipo-dati|t "DNA"|"SNP"
Tipo di dati: DNA (ATGCU) o SNP (0-1)

--phylo-prog|p "phylip"|"paup"
Programma di ricostruzione filogenetica

ricostruire-prog|r "famhap|fase"
Programma di ricostruzione dell'aplotipo

dati-quali|q "qualitativo|quantitativo"
Tipologia di dati analizzati

nbind-soglia|s
Numero minimo di individui portatori di un aplotipo richiesto per tenerlo per
ulteriore analisi. Se vuoi mantenere tutti gli aplotipi, devi influenzare 0 a questo
variabile

DESCRIZIONE

La sezione Programma leggerà i file di input forniti e genererà un file di input per il
software di ricostruzione filogenetica paup o phylip/paml

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