babel - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

Babele, obabele — un convertitore per file di dati di chimica e modellistica molecolare

SINOSSI

Babele [-H opzioni-aiuto]
Babele [VERSIONI] [-i tipo di ingresso] infilare [-o tipo di uscita] file di uscita

obabele [-H opzioni-aiuto]
obabele [VERSIONI] [-i tipo di ingresso | -"SMILES-stringa"] infilare [-o tipo di uscita] -O file di uscita

DESCRIZIONE

Babele è un programma multipiattaforma progettato per l'interconversione tra molti formati di file utilizzati in
modellistica molecolare e chimica computazionale e aree correlate.

obabele ed Babele sono leggermente diversi. Il primo è più vicino alla normale convenzione Unix
per i programmi a riga di comando e più flessibile quando l'utente deve specificare i valori dei parametri
sulle opzioni. Insieme a Babele funziona solo quando l'opzione è l'ultima della riga; insieme a obabele
non si applica tale restrizione. Ha inoltre una scorciatoia per inserire le stringhe SMILES, che
può essere utilizzato al posto di un file di input.

Open Babel è anche un toolkit completo per programmatori per lo sviluppo di software per la chimica. Per
maggiori informazioni, vedere le pagine web di Open Babelhttp://openbabel.org/>.

VERSIONI

Se vengono forniti solo i file di input e output, Open Babel indovinerà il tipo di file dal
estensione del nome file.

-"SMILES-stringa"
Inserisci la stringa SMILES e usala al posto di un file di input. La stringa SMILES dovrebbe essere
racchiuso tra virgolette. Se ne possono usare più di uno e il titolo di una molecola può essere
incluso se racchiuso tra virgolette.

-a Opzioni
Opzioni di input specifiche del formato. Vedere -H ID-formato per le opzioni consentite da un particolare
formato

--aggiungititolo
Aggiungi testo al titolo della molecola corrente

--addformula
Aggiungi la formula molecolare dopo il titolo della molecola corrente

-b Converti i legami dativi: ad es. [N+]([O-])=O in N(=O)=O

-c Centra coordinate atomiche a (0,0,0)

-C Combina le molecole nel primo file con altre che hanno lo stesso nome

-e Continua dopo gli errori

-d Elimina idrogeni

---livello di errore 2
Filtra il livello di errori e avvisi visualizzati:
1 = solo errori critici
2 = include anche gli avvisi (predefinito)
3 = includi anche messaggi informativi
4 = includi i messaggi di "registro di controllo" delle modifiche ai dati
5 = includi anche i messaggi di debug

-f # Per input a più voci, avvia l'importazione con la molecola # come prima voce

-F Emetti i tipi di impronte digitali disponibili

-h Aggiungi idrogeno

-H Informazioni sull'utilizzo dell'output

-H ID-formato
Informazioni sulla formattazione dell'output e opzioni per il formato specificato

-Sala
Informazioni sulla formattazione dell'output e opzioni per tutti i formati

-io
Specifica il formato di input, vedi sotto per i formati disponibili

-j

--aderire
Unisci tutte le molecole di input in una singola voce di molecola di output

-k Tradurre le parole chiave dei modelli di chimica computazionale (ad es. GAMESS e Gaussian)

-m Produrre più file di output, per consentire:
- Dividere un file di input: inserire ogni molecola in un numero consecutivo
file di output
- Conversione batch: converti ciascuno di più file di input in uno specificato
formato di output

-l # Per input a più voci, interrompere l'importazione con la molecola # come ultima voce

-o ID-formato
Specifica il formato di output, vedi sotto per i formati disponibili

-O file di uscita
Specificare il file di output. Questa opzione si applica a obabele solo.

-p Aggiungi idrogeni appropriati per il pH (usa le trasformazioni in phmodel.txt)

--proprietà
Aggiungere o sostituire una proprietà (ad es. in un file SD MDL)

-s SMART
Converti solo le molecole che corrispondono al modello SMARTS specificato

--separato
Separare i frammenti disconnessi in record molecolari individuali

-t Tutti i file di input descrivono una singola molecola

--titolo titolo
Aggiungi o sostituisci il titolo molecolare

-x Opzioni
Opzioni di output specifiche del formato. Vedere -H ID-formato per le opzioni consentite da un particolare
formato

-v SMART
Converti solo molecole NON modello SMARTS corrispondente specificato

-V Numero di versione di output ed esci

-z Comprimi l'output con gzip

RISORSE FORMATI

I seguenti formati sono attualmente supportati da Open Babel:
acr -- Cristallo ASCI Carine
alc -- formato Alchemy
arc -- Formato Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [sola lettura]
bgf -- formato MSI BGF
box -- Dock 3.5 Formato Box
bs -- Formato palla e bastone
c3d1 -- Formato Chem3D cartesiano 1
c3d2 -- Formato Chem3D cartesiano 2
caccrt -- formato cartesiano del cacao
cache -- formato CAChe MolStruct [solo scrittura]
cacint -- Cacao formato interno [solo scrittura]
can -- Formato canonico SMILES
car -- Formato Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [sola lettura]
ccc -- Formato CCC [sola lettura]
cdx -- formato binario ChemDraw [sola lettura]
cdxml -- formato CDXML di ChemDraw;
cht -- formato Chemtool [solo scrittura]
cif -- File di informazioni cristallografiche
cml -- Linguaggio di marcatura chimica
cmlr -- Formato di reazione CML
com -- Ingresso cartesiano gaussiano 98/03 [solo scrittura]
copy -- copia il testo non elaborato [solo scrittura]
crk2d -- Formato diagramma 2D del kit di risorse chimiche
crk3d -- Formato 3D del kit di risorse chimiche
csr -- Formato Accelrys/MSI Quanta CSR [solo scrittura]
cssr -- formato CSD CSSR [solo scrittura]
ct -- Formato della tabella di connessione di ChemDraw
dmol -- formato delle coordinate DMol3
ent -- Formato della banca dati proteica
fa -- formato FASTA [solo scrittura]
fasta -- formato FASTA [solo scrittura]
fch -- formato file checkpoint formattato gaussiano [sola lettura]
fchk -- formato file checkpoint formattato gaussiano [sola lettura]
fck -- formato file checkpoint formattato gaussiano [sola lettura]
feat -- Formato delle funzioni
fh -- formato Fenske-Hall Z-Matrix [solo scrittura]
fix -- formato FIXES FIX [Solo scrittura]
fpt -- formato dell'impronta digitale [solo scrittura]
fract -- formato frazionario in forma libera
fs -- Apre il database di Babel FastSearching
fsa -- formato FASTA [solo scrittura]
g03 -- Output gaussiano 98/03 [sola lettura]
g98 -- Output gaussiano 98/03 [sola lettura]
gam -- Uscita GAMESS [sola lettura]
gamin -- Ingresso GAMESS [solo scrittura]
gamout -- Output GAMESS [sola lettura]
gau -- Gaussian 98/03 Input cartesiano [solo scrittura]
gjc -- Input cartesiano gaussiano 98/03 [solo scrittura]
gjf -- Input cartesiano gaussiano 98/03 [solo scrittura]
gpr -- formato ghemico
gr96 -- formato GROMOS96 [solo scrittura]
hin -- formato HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [solo scrittura]
inp -- Ingresso GIOCO [solo scrittura]
ins -- formato ShelX [sola lettura]
jin -- formato di input Jaguar [solo scrittura]
jout -- formato di output Jaguar [sola lettura]
mdl -- formato MDL MOL
mmd -- formato MacroModel
mmod -- formato MacroModel
mol -- formato MDL MOL
mol2 -- formato Sybyl Mol2
molreport -- report sulla molecola Open Babel [solo scrittura]
moo -- Formato di output MOPAC [sola lettura]
mop -- formato cartesiano MOPAC
mopcrt -- formato cartesiano MOPAC
mopin -- MOPAC Interno
mopout -- Formato di output MOPAC [sola lettura]
mpc -- formato cartesiano MOPAC
mpd -- formato del descrittore Sybyl [solo scrittura]
mpqc -- formato di output MPQC [sola lettura]
mpqcin -- formato di input semplificato MPQC [solo scrittura]
nw -- formato di input NWChem [solo scrittura]
nwo -- formato di output NWChem [sola lettura]
pc -- formato PubChem [sola lettura]
pcm -- formato PCModel
pdb -- Formato della banca dati proteica
pov -- formato di input POV-Ray [solo scrittura]
pqs -- Formato soluzioni quantistiche parallele
prep -- formato Amber Prep [sola lettura]
qcin -- formato di input di Q-Chem [solo scrittura]
qcout -- formato di output di Q-Chem [sola lettura]
report -- Formato report aperto Babel [solo scrittura]
res -- formato ShelX [sola lettura]
rxn -- formato MDL RXN
sd -- formato MDL MOL
sdf -- formato MDL MOL
smi -- formato SMILES
sy2 -- formato Sybyl Mol2
tdd -- Formato termico
test -- formato di prova [solo scrittura]
therm -- Formato termico
tmol -- Formato coordinate TurboMole
txyz -- formato Tinker MM2 [solo scrittura]
unixyz -- formato UniChem XYZ
vmol -- formato ViewMol
xed -- formato XED [solo scrittura]
xml -- formato XML generale [sola lettura]
xyz -- formato delle coordinate cartesiane XYZ
yob -- Formato YASARA.org YOB
zin -- formato di input ZINDO [solo scrittura]

FORMATO VERSIONI

I singoli formati di file possono avere opzioni di formattazione aggiuntive.

Le opzioni del formato di input sono precedute da 'a', ad esempio -as

Le opzioni del formato di output sono precedute da 'x', ad esempio -xn

Per ulteriori informazioni e opzioni specifiche, utilizzare -H
ad esempio, -Hcml

ESEMPI

Conversione standard:
babel -ixyz etanolo.xyz -opdb etanolo.pdb
Conversione da un file SMI in STDIN a un file Mol2 scritto su STDOUT:
babele -ismi -omol2
Dividi un file multimolecola in new1.smi, new2.smi, ecc.:
babel infile.mol nuovo.smi -m

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