bowtie2-align-s - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

bowtie2-align-s - strumento di backend ultraveloce ed efficiente in termini di memoria per l'allineamento del sequenziamento
legge su lunghe sequenze di riferimento

DESCRIZIONE

Bowtie 2 versione 2.2.6 di Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)

USO

bowtie2-align [opzioni]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Prefisso del nome del file di indice (meno .X.bt2). NOTA: indici Bowtie 1 e Bowtie 2
non sono compatibili.

File con compagni n. 1, abbinati a file in .

File con compagni n. 2, abbinati a file in .

File con letture non accoppiate.

File per l'output SAM (predefinito: stdout)

, , possono essere elenchi separati da virgole (senza spazi) e possono essere specificati
molte volte. Es. '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq'.

VERSIONI (predefiniti in parentesi)

Ingresso:
-q i file di input della query sono FASTQ .fq/.fastq (predefinito)

--qseq i file di input della query sono nel formato qseq di Illumina

-f i file di input della query sono (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r i file di input della query sono grezzi una sequenza per riga

-c , , sono sequenze stesse, non file

-s/--Salta
salta il primo letture/coppie in ingresso (nessuna)

-u/--fino a
fermati dopo il primo letture/coppie (nessun limite)

-5//-trim5
ordinare basi da 5'/estremità sinistra delle letture (0)

-3//-trim3
ordinare basi da 3'/estremo destro delle letture (0)

--phred33
le qualità sono Phred+33 (predefinito)

--phred64
le qualità sono Phred+64

--int-quals
qualità codificate come interi delimitati da spazi

Preselezioni:
Uguale a:

Nel --da un capo all'altro:

--molto veloce -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--veloce -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--sensibile -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (predefinito)

--molto sensibile -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Nel --Locale:

--molto-veloce-locale -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--fast-locale -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensibile-locale -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (predefinito)

--molto-sensibile-locale -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Allineamento:
-N
max # disallineamenti nell'allineamento del seme; può essere 0 o 1 (0)

-L
lunghezza delle sottostringhe del seme; deve essere >3, <32 (22)

-i
intervallo tra le sottostringhe seed w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-ceil
func per max # non-A/C/G/Ts consentiti in aln (L,0,0.15)

--dpad
includere caratteri di riferimento extra ai lati della tabella DP (15)

--gbar
non consentire spazi interni nuclei di estremi di lettura (4)

--ignora-quals
trattare tutti i valori di qualità come 30 sulla scala Phred (disattivata)

--ora non allineare la versione in avanti (originale) della lettura (disattivata)

--Norc non allineare la versione a complemento inverso di read (off)

--no-1mm-in anticipo
non consentire 1 allineamento non corrispondente prima di tentare di eseguire la scansione per il seeding ottimale
allineamenti

--da un capo all'altro
l'intera lettura deve essere allineata; nessun ritaglio (attivo)

OR

--Locale
allineamento locale; le estremità potrebbero essere leggermente ritagliate (disattivate)

Punteggio:
--ma
bonus partita (0 per --da un capo all'altro, 2 per --Locale)

--mp
penalità massima per mancata corrispondenza; qualità inferiore = penalità inferiore (6)

--np
penalità per non-A/C/G/T in lettura/rif (1)

--rdg ,
leggere il gap aperto, estendere le penalità (5,3)

--RF G ,
gap di riferimento aperto, estendere le penalità (5,3)

--punteggio-min punteggio minimo di allineamento accettabile con lunghezza di lettura/r/t
(G,20,8 per locale, L,-0.6,-0.6 per end-to-end)

Reporting:
(Default)
cerca più allineamenti, segnala meglio, con MAPQ

OR

-k
rapporto fino a alns per lettura; MAPQ non significativo

OR

-a/--Tutti
segnalare tutti gli allineamenti; molto lento, MAPQ non significativo

Sforzo:
-D
rinunciare ad estendere dopo fallito si estende di fila (15)

-R
per letture con semi ripetitivi, prova set di semi (2)

Coppia:

-I//-minis
lunghezza minima del frammento (0)

-X//-maxins
lunghezza massima del frammento (500)

--FR//-rf/--ff -1, -2 accoppiamenti allineano fw/rev, rev/fw, fw/fw (--FR)

--non misto
sopprimere gli allineamenti non accoppiati per le letture accoppiate

--no-discordante
sopprimere gli allineamenti discordanti per le letture accoppiate

--no-coda di rondine
non concordante quando i compagni si estendono l'uno accanto all'altro

--non-contenere
non concordante quando un allineamento di accoppiamento ne contiene altri

--no-sovrapposizione
non concordante quando i compagni si sovrappongono affatto

Produzione:
-t/--tempo
stampa il tempo impiegato dalle fasi di ricerca

--silenzioso
non stampare nulla su stderr tranne errori gravi

--met-file
invia le metriche al file su (spento)

--met-stderr
invia metriche a stderr (disattivato)

--incontrato
segnala contatori e metriche interni ogni secondi (1)

--no-unale
sopprimere i record SAM per le letture non allineate

--no-testa
sopprimere le righe di intestazione, ovvero le righe che iniziano con @

--no-mq
sopprimere le righe di intestazione @SQ

--rg-id
imposta l'ID del gruppo di lettura, riflesso nella riga @RG e RG:Z: campo opt

--rg
Inserisci ("lab:value") alla riga @RG dell'intestazione SAM. Nota: la riga @RG viene stampata solo
quando --rg-id è impostato.

--omettere-sec-seq
inserire '*' nei campi SEQ e QUAL per gli allineamenti secondari.

Performance:
-p//-thread numero di thread di allineamento da avviare (1)

--riordina
forza l'ordine di output SAM in modo che corrisponda all'ordine delle letture di input

--mm utilizzare l'I/O mappato in memoria per l'indice; molti 'papillon possono condividere

Altro:
--qc-filtro
filtra le letture errate in base al filtro QSEQ

--seme
seme per generatore di numeri casuali (0)

--non deterministico randello di semi. gen. arbitrariamente invece di usare gli attributi di lettura

--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci

-h/--aiuto
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