bp_revtrans-motifp - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

bp_revtrans-motif - Traduzione inversa di un motivo proteico simile a Profam

VERSIONE

Versione: 0.01

SINOSSI

Da un file:

bp_revtrans-motif.pl -i motivi.txt

Utilizzo di tubi:

bp_revtrans-motif.pl < motivi.txt > output.txt

Utilizzo interattivo al prompt dei comandi:

$ bp_revtrans-motivo.pl
MAAAEL[VIKP]
1. ATGCGNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IO){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

DESCRIZIONE

Questo script prende un motivo proteico come input e restituisce un oligonucleotide degenerato
sequenza ad essa corrispondente. La ragione principale per farlo è progettare degenerare
primer che amplificano un dato pattern di sequenza.

Il motivo di input consiste in una stringa di residui di una lettera, con uno dei seguenti
elementi sintattici:

[...] : Posizione ridondante.
Una posizione in cui è consentito più di un residuo. Esempio:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^^

[^...] : Posizione negata.
Una posizione in cui è consentito l'eventuale residuo, salvo quelli tra parentesi. Esempio:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : Motivo ripetuto.
Un motivo che si ripete n or m volte. Può avere una qualsiasi delle precedenti sintattiche
elementi. Esempio:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^

Le lettere consentite sono quelle che corrispondono ai 20 amminoacidi naturali, più:

B = N + D
Z = Q + E
X = Tutto

VERSIONI

-i file di input:
Un file con un elenco di motivi da tradurre al contrario.

-h
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