chem - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

preprocessore chem - groff per la produzione di diagrammi di struttura chimica

SINOSSI

chem [opzione ....] [--] [specifica file ....]

chem -h | --Aiuto

chem -v | --versione

OPZIONE USO

Non ci sono altre opzioni che -h, --Aiuto, -ve --versione; queste opzioni provocano il
stampa di una versione o delle informazioni sull'utilizzo, rispettivamente, e tutto specifica file gli argomenti sono
ignorato. UN specifica file l'argomento è un nome di file di un file esistente o un segno meno
carattere -, che significa input standard. Se non viene specificato alcun argomento, l'input standard è
preso automaticamente.

DESCRIZIONE

chem produce diagrammi di struttura chimica. La versione di oggi è più adatta per il biologico
chimica (legami, anelli). Il chem il programma è un groff preprocessore come eq, bit, TBL,
ecc. Genera bit uscita tale che tutto chem le parti sono tradotte in diagrammi del
bit Lingua.

Il programma chem ha origine dal file sorgente Perl chimica.pl. Racconta bit per includere a
copia del file macro foto.chimica. Inoltre il groff file sorgente pic.tmac è caricato

In uno stile che ricorda eq ed bit, le chem i diagrammi sono scritti in uno speciale
Lingua.

Un insieme di chem le linee assomigliano a questo

.cstart
chem dati
.Cend

Righe contenenti le parole chiave .cstart ed .Cend avviare e terminare l'input per chem,
rispettivamente. Nel bit contesto, cioè dopo la chiamata di . PS, chem l'ingresso può essere facoltativamente
iniziato dalla linea iniziare chem e terminava con la linea con la singola parola fine anziché.

Qualsiasi cosa al di fuori di queste righe di inizializzazione viene copiata senza modifiche; Tutti
i dati tra le righe di inizializzazione vengono convertiti in bit comandi per disegnare il diagramma.

Come esempio,

.cstart
CH3
legame
CH3
.Cend

stampa due CH3 gruppi con un legame tra loro.

Per vederlo effettivamente, devi eseguire chem seguito da groffatore:

chem [file ....] | groffatore

Se vuoi creare solo groff output, devi eseguire chem seguito da groff con la
opzione -p per l'attivazione di bit:

chem [file ....] | groff -p ....

LA LINGUA

I chem la lingua di input è piuttosto piccola. Fornisce anelli di diversi stili e un modo per
incollarli insieme come desiderato, legami di diversi stili, frazioni (ad es. C, NH3, ...., e
stringhe.

Configurazione Variabili
Ci sono alcune variabili che possono essere impostate dai comandi. Tali comandi hanno due possibili
forme, sia

variabile APPREZZIAMO

or

variabile = APPREZZIAMO

Questo imposta il dato variabile all'argomento APPREZZIAMO. Se vengono forniti più argomenti solo il
viene preso l'ultimo argomento, tutti gli altri argomenti vengono ignorati.

Ci sono solo poche variabili da impostare con questi comandi:

testo arg
Imposta l'altezza del testo su arg; il valore predefinito è 0.16.

cwid arg
Imposta la larghezza del carattere su arg; il valore predefinito è 0.12.

db arg Imposta la lunghezza del legame su arg; il valore predefinito è 0.2.

Taglia arg
Ridimensiona il diagramma per renderlo plausibile alla dimensione in punti arg; l'impostazione predefinita è 10 punti.

Legami
La sezione

legame [direzione] [lunghezza n] [da Nome|roba da foto]

disegna un singolo legame nella direzione dall'angolo più vicino di Nome. legame può anche essere doppio
legame, anteriore legame, precedente legame, ecc. (Torneremo a Nome presto.)

direzione è l'angolo in gradi (0 in alto, positivo in senso orario) o una parola di direzione come up,
giù, sw (= sud-ovest), ecc. Se non viene specificata alcuna direzione, il legame va nella corrente
direzione (di solito quella dell'ultimo legame).

Normalmente il legame inizia dall'ultimo oggetto posto; questo può essere cambiato nominando a da
luogo. Ad esempio, per creare una semplice catena alchilica:

CH3
legame (questo va proprio dal CH3)
C (all'estremità destra del legame)
doppio legame up (dal C)
O (alla fine del doppio legame)
legame destra da C
CH3

È possibile specificare una lunghezza in pollici per sovrascrivere la lunghezza predefinita. Altro bit comandi
può essere aggiunto alla fine di un comando di legame, a legami punteggiati o tratteggiati creati o a
specifica a a posto.

Anelli
Ci sono molti anelli, ma solo gli anelli a 5 e 6 lati ottengono molto supporto. anello di per sé è
un anello a 6 lati; benzene è l'anello benzenico con un cerchio all'interno. aromatico mette un cerchio
in qualsiasi tipo di anello.

anello [puntamento (up|destra|a sinistra|giù)] [aromatico] [metti Mol at n] [doppio i,j k,l ....
[roba da foto]

I vertici di un anello sono numerati 1, 2, .... dal vertice che punta nel naturale
direzione della bussola. Quindi per un anello esagonale con il punto in alto, il vertice superiore
è 1, mentre se l'anello ha un punto al lato est, cioè il vertice 1. Questo è espresso
as

R1: anello puntamento up
R2: anello puntamento destra

I vertici dell'anello sono denominati .V1, ...., .Vn, con .V1 nella direzione di puntamento. Così il
angoli di R1 sono R1.V1 (la top), R1.V2, R1.V3, R1.V4 (la fondo), ecc., mentre per R2,
R2.V1 è il vertice più a destra e R2.V4 il più a sinistra. Questi nomi di vertice sono usati per
legami di collegamento o altri anelli. Per esempio,

R1: benzene puntamento destra
R2: benzene puntamento destra con .V6 at R1.V2

crea due anelli benzenici collegati lungo un lato.

I doppi legami interni sono specificati come doppio n1,n2 n3,n4 ....; ogni coppia di numeri aggiunge an
legame interiore. Quindi la forma alternativa di un anello benzenico è

anello doppio 1,2 3,4 5,6

Gli eterocicli (anelli con qualcosa di diverso dal carbonio in un vertice) sono scritti come
metti X at V, come in

R: anello metti N at 1 metti O at 2

In questo eterociclo, RN ed RO diventare sinonimi di RV1 ed RV2.

Ci sono due anelli a 5 lati. ring5 è pentagonale con un lato che corrisponde al 6 lati
squillo; ha quattro direzioni naturali. UN lusinghiero è un anello a 5 lati creato tagliando
un angolo di un anello a 6 lati in modo che corrisponda esattamente agli anelli a 6 lati.

La descrizione di un anello deve stare su un'unica riga.

moieties ed String
Una frazione è una stringa di caratteri che inizia con una lettera maiuscola, ad esempio N(C2H5)2.
I numeri vengono convertiti in pedici (a meno che non sembrino valori frazionari, come in
N2.5H). Il nome di una frazione è determinato dalla frazione dopo che i caratteri speciali hanno
stato eliminato: ad esempio, N(C2H5)2) ha il nome NC2H52.

Le porzioni possono essere specificate in due tipi. Normalmente una porzione viene posizionata subito dopo l'ultima
cosa menzionata, separata da un punto e virgola circondata da spazi, ad es.

B1: legame ; OH

Qui la metà è OH; è impostato dopo un legame.

Come secondo tipo una frazione può essere posizionata come prima parola in a bit-come comando,
per esempio,

CH3 at C + (0.5,0.5)

Qui la metà è CH3. È posto in una posizione relativa a C, una parte usata in precedenza
nella struttura chimica.

Quindi i nomi delle parti possono essere specificati come chem posizioni ovunque nel chem codice. Sotto
le loro parti di stampa sono nomi di luoghi.

La metà BP è speciale. Non è stampato ma serve solo come segno a cui fare riferimento
più tardi chem comandi. Per esempio,

legame ; BP

imposta un segno alla fine del legame. Questo può essere utilizzato quindi per specificare un luogo. Il
Nome BP è derivato da ramo punto (cioè, attraversamento di linea).

Una stringa tra virgolette doppie " è interpretato come una parte di a chem comando. Rappresenta
una stringa che dovrebbe essere stampata (senza le virgolette). Il testo tra virgolette "...." è
trattata più o meno come una frazione, tranne per il fatto che non vengono apportate modifiche alla parte citata.

nomi
Nella catena alchilica sopra, si noti che l'atomo di carbonio C è stato usato sia per disegnare qualcosa
e come nome di un luogo. Una frazione definisce sempre un nome per un luogo; Puoi usare
i tuoi nomi per i luoghi invece, e in effetti, per gli anelli dovrai farlo. Un nome è solo

Nome: ....

Nome è spesso il nome di una metà come CH3, ma non è necessario. Qualsiasi nome che inizia
con una lettera maiuscola e che contiene solo lettere e numeri è valido:

Primo: legame
legame 30 da Nome

Miscellanea
La costruzione specifica

legame .... ; porzione

è equivalente

legame
porzione

In caso contrario, ogni elemento deve essere su una riga separata (e solo su una riga). Nota che c'è
deve essere uno spazio bianco dopo il punto e virgola che separa i comandi.

Un personaggio d'epoca . o una singola citazione ' nella prima colonna di una riga segnala a trof
comando, che viene copiato così com'è.

Una riga il cui primo carattere non vuoto è un carattere cancelletto (#) viene trattato come un commento e
così ignorato. Tuttavia, vengono mantenuti i caratteri hash all'interno di una parola.

Una linea la cui prima parola è bit viene copiato così com'è dopo la parola bit è stata
rimosso.

Il comando

Taglia n

ridimensiona il diagramma per renderlo plausibile alla dimensione in punti n (l'impostazione predefinita è 10 punti).

Si presume che tutto il resto sia bit codice, che viene copiato con un'etichetta.

Dal chem è un bit preprocessore, è possibile includere bit dichiarazioni a metà
di un diagramma per disegnare cose non previste da chem si. Tale bit le dichiarazioni dovrebbero
essere incluso in chem codice aggiungendo bit come prima parola di questa riga per chiarezza.

Le seguenti bit i comandi sono accettati come chem comandi, quindi no bit la parola di comando è
necessario:

definire Inizia la definizione di bit macro dentro chem.

[ Inizia un composito di blocchi.

] Termina un blocco composito.

{ Avvia un blocco di definizione macro.

} Termina un blocco di definizione di macro.

I nomi delle macro da definire le dichiarazioni vengono memorizzate e la loro chiamata viene accettata come a chem
anche il comando.

WISH ELENCO
Questa lista TODO è stata raccolta da Brian Kernighan.

Il controllo degli errori è minimo; gli errori vengono generalmente rilevati e segnalati in modo obliquo
by bit.

Non esiste un meccanismo di inclusione di librerie o file e non esiste una scorciatoia per ripetitivo
strutture.

Il meccanismo di estensione è quello di creare bit macro, ma sono difficili da ottenere correttamente e
non hanno tutte le proprietà degli oggetti incorporati.

Non esiste ancora una chimica in linea (ad esempio, analoga al costrutto $....$ di eqn).

Non c'è modo di controllare il punto di ingresso per le obbligazioni sui gruppi. Normalmente un legame si connette a
l'atomo di carbonio se entra dall'alto o dal basso e altrimenti fino all'angolo più vicino.

I legami da atomi sostituiti su eterocicli non si uniscono nel posto giusto senza
aggiungendo un po' di bit.

Non esiste una primitiva decente per le parentesi.

Il testo (stringhe tra virgolette) non funziona molto bene.

È necessario un legame sghembo.

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