Questo è il comando ClonalFrame che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ClonalFrame - inferenza della microevoluzione batterica utilizzando dati di sequenza multilocus
SINOSSI
ClonalFrame [OPZIONI] file di input file di output
DESCRIZIONE
ClonalFrame identifica le relazioni clonali tra i membri di un campione, mentre
stimando anche la posizione cromosomica di eventi di ricombinazione omologa che hanno
interrotto l'ereditarietà clonale.
Opzioni:
-x NUM Imposta il numero di iterazioni dopo il burn-in (il valore predefinito è 50000)
-y NUM Imposta il numero di iterazioni di burn-in (il valore predefinito è 50000)
-z NUM Imposta il numero di iterazioni tra i campioni (il valore predefinito è 100)
-e NUM Imposta il numero di spostamenti di cambio di ramo per iterazioni (l'impostazione predefinitaècosì metà di
il tempo è speso per lo scambio di rami)
-m NUM Imposta il valore iniziale di theta su NUM (l'impostazione predefinita è la stima Watterson)
-d NUM Imposta il valore iniziale di delta su NUM (il valore predefinito è 0.001)
-n NUM Imposta il valore iniziale di nu su NUM (il valore predefinito è 0.01)
-r NUM Imposta il valore iniziale di R su NUM (l'impostazione predefinita è theta/10 iniziale)
-M Aggiorna il valore di theta
-D Non aggiornare il valore di delta
-N Non aggiornare il valore di nu
-R Non aggiornare il valore di R
-T Non aggiornare la topologia
-A Non aggiornare le età dei nodi
-G Rimuovi tutti gli spazi vuoti
-H Rimuovi tutti gli spazi in posizioni non polimorfiche
-t NUM Indica quale albero iniziale utilizzare: 0 per un albero nullo, 1 per uno scelto uniformemente
albero coalescente e 2 per albero UPGMA (predefinito)
-w RISORSE
Usa il file Newick per l'albero iniziale
-a NUM Imposta il primo parametro della distribuzione precedente beta di nu
-b NUM Imposta il secondo parametro della distribuzione beta precedente di nu
-U Utilizzare priori uniformi per rho, theta e delta
-B Esegui in modalità BURST
-C Esegui in modalità UPGMA con una procedura di bootstrap sito per sito
-c Esegui in modalità UPGMA con una procedura di bootstrap frammento per frammento
-S NUM Imposta il seme per il generatore di numeri casuali su NUM
-E NUM Imposta il tasso di crescita esponenziale (il valore predefinito è 0)
-I Ignora il primo blocco nell'allineamento
-L Pulisci l'allineamento prima di eseguire ClonalFrame
-l Distanza minima tra due siti di riferimento (il valore predefinito è 50)
-v Modalità dettagliata
Usa ClonalFrame online utilizzando i servizi onworks.net
