Questo è il comando DBshow che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
DBshow - visualizza le letture memorizzate in un database Dazzler
SINOSSI
DBshow [-unqUQ] [-wint(80)] [-mpista]+ percorso:db|dam [ si legge:FILE | si legge: intervallo ...]
DESCRIZIONE
Visualizza le letture richieste nel database sentiero.db o sentiero.dam. Per impostazione predefinita il comando
si applica al database ridotto, ma se -u è impostato, viene utilizzato l'intero DB. Se non viene letta alcuna
vengono forniti gli argomenti, quindi viene visualizzata ogni lettura nel database o nel blocco del database.
Altrimenti il file di input o l'elenco degli intervalli interi forniti forniscono le posizioni ordinali
nella parte caricata attivamente del database. Nel caso di un file, dovrebbe semplicemente contenere
un indice di lettura, uno per riga. Nell'altro caso, un intervallo di lettura è un intero singolo o
il simbolo $, nel qual caso l'intervallo di lettura è costituito solo da quella lettura (l'ultima lettura in
il database se $). Si possono anche fornire due numeri interi positivi separati da un trattino per
indica un intervallo di numeri interi, dove ancora una volta un $ rappresenta l'indice dell'ultima lettura nel
db caricato attivamente. Ad esempio, 1 3-5 $ visualizza le letture 1, 3, 4, 5 e l'ultima lettura in
il database attivo. Come altro esempio, 1-$ visualizza ogni lettura nel database attivo (il
predefinito).
Per impostazione predefinita viene visualizzato un file .fasta delle sequenze lette. Se il -q l'opzione è impostata,
quindi i flussi QV vengono visualizzati anche in una modifica non standard del formato fasta.
Se l' -n l'opzione è impostata, quindi la sequenza del DNA è non è un visualizzato. Se il -Q l'opzione è impostata
quindi viene visualizzato un file .quiva e in questo caso il -n e -m le opzioni potrebbero non essere impostate (e
, il -q e -w le opzioni non hanno alcun effetto).
Se una o più maschere sono impostate con -m opzione quindi anche gli intervalli delle tracce sono
visualizzato in una riga di intestazione aggiuntiva e le basi all'interno di un intervallo vengono visualizzate in
il caso opposto a quello utilizzato per tutte le altre basi. Per impostazione predefinita le sequenze di output sono
in minuscolo e 80 caratteri per riga. Il -U l'opzione specifica che devono essere utilizzate le maiuscole,
e i caratteri per riga, o larghezza della riga, possono essere impostati su qualsiasi valore positivo con -w
opzione.
I file .fasta o .quiva che vengono generati possono essere convertiti in un DB tramite fasta2DB(1) e
quiva2DB(1) (se il -q e -n le opzioni non sono impostate e no -m le opzioni sono impostate), dando uno a
modo semplice per creare un database di un sottoinsieme delle letture a scopo di test.
Utilizzare DBshow online utilizzando i servizi onworks.net
