Questo è il comando demux che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
demux - Converti i vincoli di distanza XPLOR in formato Gromacs
SINOSSI
demux md0.log extra
DESCRIZIONE
Se vuoi rendere di nuovo continue le tue traiettorie puoi usare demux leggere
il tuo file md0.log (puoi concatenarne diversi se necessario) e produrre alcuni output
File. Uno di questi è un file .xvg (replica_ndx.xvg) che può essere passato a trjcat(1) lungo
con i file di traiettoria originali, in modo da produrre traiettorie continue. L'altro
il file (replica_temp.xvg) contiene le temperature per ogni replica, a partire dal
temperatura originale. Quindi se la tua replica di interesse inizia a, diciamo, 300 K, puoi seguire
la sua traiettoria attraverso lo spazio termico. Sarebbe interessante aggiungerne qualcuna
funzionalità per creare istogrammi delle distribuzioni di temperatura per ogni replica, che
secondo la maggior parte degli autori, dovrebbe essere piatto. Le traiettorie demux possono essere utilizzate con
g_cinetica(1) per ottenere la cinetica del ripiegamento delle proteine dalle traiettorie REMD.
VERSIONI
md0.log File di registro della corsa della traiettoria che si desidera rendere continua. File multipli possono essere
aggiunti insieme.
extra Numero di volte in cui verrà copiata ogni voce nel file di registro. (Numero intero)
LIMITAZIONI
Se il tuo scambio era ogni N ps e hai salvato ogni M ps puoi fare per i mancanti
fotogrammi impostando extra a (N/M - 1). Se N/M non è intero, sei sfortunato e tu
non sarà affatto in grado di demuxare le tue traiettorie.
Usa demux online utilizzando i servizi onworks.net
