Questo è il comando diffseqe che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
diffseq - Confronta e riporta le caratteristiche di due sequenze simili
SINOSSI
differenza -una sequenza sequenza -bsequenza sequenza -dimensione parola numero intero
[-differenze globali booleano] -file di uscita rapporto -una sconfitta impresa -incontro impresa
differenza -Aiuto
DESCRIZIONE
differenza è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Allineamento: Differenze".
VERSIONI
Ingresso pagina
-una sequenza sequenza
-bsequenza sequenza
Obbligatorio pagina
-dimensione parola numero intero
Le regioni simili tra le due sequenze si trovano creando una tabella hash di
sottosequenze 'wordsize'd. 10 è un valore predefinito ragionevole. Aumentare questo valore (20?)
può accelerare leggermente il programma, ma significherà che qualsiasi due differenze all'interno
'wordsize' l'uno dell'altro sarà raggruppato come una singola regione di differenza. Questo valore
può essere ridotto (4?) per migliorare la risoluzione delle differenze vicine, ma il
programma andrà molto più lentamente. Valore predefinito: 10
aggiuntivo pagina
-differenze globali booleano
Normalmente questo programma troverà regioni di identità che sono la lunghezza del
dimensione della parola specificata o maggiore e quindi riporterà le regioni di differenza tra
queste regioni corrispondenti. Funziona bene ed è ciò che la maggior parte delle persone vuole se lo è
lavorare con lunghe sequenze di acidi nucleici sovrapposte. Di solito non sei interessato
nelle estremità non sovrapposte di queste sequenze. Se hai sequenze proteiche o brevi
Sequenze di RNA, tuttavia, sarai interessato alle differenze alla fine. Esso
questa opzione è impostata su true quindi verranno riportate anche le differenze alle estremità.
Valore predefinito: N
Uscita pagina
-file di uscita rapporto
-una sconfitta impresa
File per l'output delle caratteristiche della prima sequenza Valore predefinito: $(asequence.name).diffgff
-incontro impresa
File per l'output delle caratteristiche della seconda sequenza Valore predefinito: $(bsequence.name).diffgff
Usa diffseqe online utilizzando i servizi onworks.net
