Questo è il comando digeste che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
digest - Rapporti su enzimi proteolitici proteolitici o siti di scissione dei reagenti
SINOSSI
digerire -seguente seguito -mwdata file di dati -menù stratagemma -mono booleano -sfavorevole booleano
- straccione booleano -terminali stratagemma -sovrapposizione booleano -tutti i parziali booleano
-file di uscita rapporto
digerire -Aiuto
DESCRIZIONE
digerire è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Protein: Motifs".
VERSIONI
Ingresso pagina
-seguente seguito
-mwdata file di dati
Dati di peso molecolare per gli amminoacidi Valore predefinito: Emolwt.dat
Obbligatorio pagina
-menù stratagemma
Valore predefinito: 1
-mono booleano
Valore predefinito: N
Tecnologia pagina
-sfavorevole booleano
La tripsina normalmente non taglia dopo 'KR' se sono seguiti da uno qualsiasi di 'KRIFLP'.
Lys-C normalmente non taglia dopo 'K' se è seguito da 'P'. Arg-C non lo farà
normalmente tagliato dopo 'R' se è seguito da 'P'. V8-bicarb normalmente non taglia dopo
'E' se è seguito da 'KREP'. V8-phosph normalmente non taglia dopo 'DE' se
sono seguiti da 'P'. La chimotripsina normalmente non taglia dopo 'FYWLM' se lo sono
seguito da 'P'. Specificando sfavorevole vengono mostrati questi tagli sfavorevoli così come il
favoriti.
- straccione booleano
Consente la digestione semi-specifica e non specifica. Questa opzione è particolarmente utile
per la generazione di elenchi di sequenze peptidiche per l'identificazione delle proteine utilizzando
spettrometria di massa.
-terminali stratagemma
Valore predefinito: 1
Uscita pagina
-sovrapposizione booleano
Utilizzato per la digestione parziale. Mostra tutti i tagli dai siti di taglio preferiti più 1..3, 2..4,
3..5 ecc. ma non (es.) 2..5. Le sovrapposizioni sono quindi frammenti con esattamente uno
potenziale sito di taglio al suo interno.
-tutti i parziali booleano
Per quanto riguarda la sovrapposizione, sono inclusi i frammenti contenenti più di un potenziale sito di taglio.
-file di uscita rapporto
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