disulfinder - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

disulfinder - stato di legame disolfuro delle cisteine ​​e predittore di connettività

SINOSSI

disulfinder [OPZIONI]

DESCRIZIONE

'disulfinder' serve a prevedere lo stato di legame disolfuro delle cisteine ​​e la loro
connettività disolfuro a partire dalla sola sequenza. I ponti disolfuro svolgono un ruolo importante
nella stabilizzazione del processo di ripiegamento per diverse proteine. Previsione del disolfuro
ponti da sola sequenza è quindi utile per lo studio delle strutture strutturali e funzionali
proprietà di specifiche proteine. Inoltre, la conoscenza dello stato del legame disolfuro
di cisteine ​​può aiutare il processo di determinazione della struttura sperimentale e può essere utile
in altri compiti di annotazione genomica. 'disulfinder' prevede modelli di disolfuro in due
fasi computazionali: (1) lo stato di legame disolfuro di ciascuna cisteina è previsto da a
Classificatore binario BRNN-SVM; (2) cisteine ​​note per partecipare alla formazione
di bridge sono accoppiati da una rete neurale ricorsiva per ottenere un modello di connettività.

BIBLIOGRAFIA

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo e P. Frasconi. DISULFIND: uno stato di legame disolfuro
e server di previsione della connettività della cisteina, ricerca sugli acidi nucleici, 34 (server Web
problema): W177-W181, 2006.

Per il predittore di connettività disolfuro vedere:

A. Vullo e P. Frasconi. Previsione della connettività disolfuro utilizzando il sistema neurale ricorsivo
Reti e informazioni evolutive, Bioinformatica, 20, 653-659, 2004.

Per il predittore dello stato di legame della cisteina vedere:

P. Frasconi, A. Passerini, and A. Vullo. Un'architettura SVM a due fasi per prevedere il
Stato del legame disolfuro delle cisteine, Proc. Workshop IEEE sulle reti neurali per il segnale
Elaborazione, pp.25-34, 2002.
A. Ceroni, P. Frasconi, A. Passerini e A. Vullo. Predizione dello stato di legame disolfuro di
Cisteine ​​con combinazioni di macchine del kernel, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

VERSIONI

-a, --alternative=NUMERO
modelli di connettività alternativi (default=3)

-o, --output=DIR
directory di output in cui verranno salvate le previsioni (default=$PWD)

-p, --psi2=FILE|DIR
input in formato psi2 (PSI-BLAST Matrix in ASCII), un singolo file o a
cartella(?). Genera questo con "blastpgp -j -Q FILE" dove N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
cartella di lavoro (predefinito=~/disolfuro)

-k, --pkgdatadir=DIR
directory dei dati del pacchetto contenente i modelli (default=/usr/share/disolfuro)

-F, --format={html|ascii}
tipo di formato di output (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d opzione (default=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
pulizia dei file di previsione intermedi (default=false)

-P, --usepssm
usa pssm invece di conteggi per i profili (default=false)

-C, --stato di legame noto
supponiamo che lo stato di legame sia noto (un file per ogni catena nella directory
/Predizioni/Stato obbligazionario/Viterbi) (default=falso)

-v, --versione
versione disulfinder

-?, --aiuto
schermata di aiuto

ESEMPI

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

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