Questo è il comando dsimulator che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
dsimulator - genera letture sintetiche per un genoma casuale
SINOSSI
simulatore genlen:doppio [-cdoppio (20.)] [-bdoppio(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edoppio(.15)][-Mfiletto]
DESCRIZIONE
simulatore prima genera un falso genoma di dimensioni gentile*1 Mb di lunghezza, con AT-bias di
-b. Quindi genera letture campione di lunghezza media -m da una lunghezza log-normale
distribuzione con deviazione standard -s, ma ignora le letture di lunghezza inferiore a -x. Questo
raccoglie letture sufficienti per coprire il genoma -c volte e presenta -e errori di frazione in
ogni lettura in cui il rapporto tra inserimenti, eliminazioni e sostituzioni è impostato da definito
costanti INS_RATE (default 73%) e DEL_RATE (default 20%) all'interno di generate.c. si può
controlla anche la velocità con cui le letture vengono prelevate dai filamenti avanti e indietro da
impostando la costante FLIP_RATE definita (default 50/50). Il -r l'opzione semina il casuale
generatore di numeri per la generazione del genoma in modo che si possa generare in modo riproducibile
lo stesso genoma sottostante da cui prelevare. Se questo parametro non è presente, l'id del lavoro
dell'invocazione semina il generatore di numeri casuali. L'output viene inviato allo standard
output (cioè è una pipe UNIX). L'output è in formato Pacbio .fasta adatto come input
a fasta2DB(1). Infine, il -M opzione richiede che le coordinate da cui ciascuna lettura
è stato campionato vengono scritti nel file indicato, una riga per lettura, codificato in ASCII.
Questo file "mappa" essenzialmente dice a dove ogni lettura appartiene a un assembly ed è molto
utile per scopi di debug e test. Se una coppia di lettura è diciamo b,e allora se b < e the
read è stato campionato da [b,e] nella direzione in avanti, e se b > e da [e,b] nella
direzione inversa.
Usa dsimulator online utilizzando i servizi onworks.net