Questo è il comando faidx che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
faidx: recupera sequenze da FASTA
SINOSSI
faix [-h] [-b LETTO] [-o OUT] [-i {letto,cromi,nucleotide,trasposto}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--version] veloce
[regioni [regioni ...]]
DESCRIZIONE
Recupera sequenze da FASTA. Se non viene specificata alcuna regione, tutte le voci nel file di input lo saranno
restituito. Il file FASTA di input deve avere un ritorno a capo coerente e il ritorno a capo dell'output deve essere coerente
si basa sulla lunghezza della linea di input.
VERSIONI
posizionale argomenti
file fasta FASTA
regioni
Regioni di sequenza separate da spazi per recuperare ad es. chr1:1-1000
Opzionale argomenti
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-b LETTO, --letto LETTO
schedario delle regioni
-o FUORI, --fuori OUT
nome del file di output (predefinito: stdout)
-i {letto, dimensioni cromate, nucleotide, trasposto}, --trasformare
{letto, dimensioni cromate, nucleotide, trasposto}
trasformare le regioni richieste in un altro formato. impostazione predefinita: nessuna
-c, --complemento
completare la sequenza. predefinito: falso
-r, --inversione
invertire la sequenza. predefinito: falso
-n, --no-nomi
omettere i nomi delle sequenze dall'output. predefinito: falso
-f, --nomi completi
produrre nomi completi inclusa la descrizione. predefinito: falso
-x, --split-files
scrivere ciascuna regione in un file separato (i nomi derivano dalle regioni)
-l, --pigro
compilare --default-seq per gli intervalli mancanti. predefinito: falso
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
base predefinita per le posizioni mancanti e il mascheramento. predefinito: n
-d DELIMITATORE, --delimitatore DELIMITATORE
delimitatore per dividere i nomi in più valori (i nomi duplicati saranno
scartato). impostazione predefinita: nessuna
-g REGEX, --regex REGEX
espressione regolare per filtrare i nomi di sequenze non corrispondenti. predefinito: .*
-m, --mask-con-default-seq
mascherare il file FASTA utilizzando --default-seq predefinito: falso
-M, --maschera per caso
mascherare il file FASTA modificandolo in minuscolo. predefinito: falso
--versione
stampa il numero di versione di pyfaidx
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