fastaq-filter - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

fastaq_filter - Filtra le sequenze per ottenerne un sottoinsieme

DESCRIZIONE

utilizzo: fastaq_filter [opzioni]

Filtra un file di sequenza per lunghezza della sequenza e/o per nome che corrisponde a un'espressione regolare

posizionale argomenti:
infile Nome del file di input da filtrare

file di uscita
Nome del file di output

opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci

--min_lunghezza INT
Lunghezza minima della sequenza da mantenere [0]

--lunghezza massima INT
Lunghezza massima della sequenza da mantenere [inf]

--regex REGEX
Se fornito, verranno mantenute solo le letture con un nome corrispondente all'espressione regolare

--id_file NOME DEL FILE
Se fornito, verranno utilizzate solo le letture il cui ID è nel file specificato. Un ID per riga di
file.

-v, --invertire
Mantieni solo le sequenze che non corrispondono ai filtri

compagno filetto per read coppie opzioni:
--compagno_in NOME DEL FILE
Nome del file di input degli accoppiamenti. Se utilizzato, deve anche fornire --compagno_fuori

--compagno_fuori NOME DEL FILE
Nome del file di output dei compagni

--entrambi_compagni_pass
Per impostazione predefinita, se uno dei due accoppiamenti passa il filtro, entrambi leggono l'output. Usa questo flag per
richiedono che entrambe le letture di una coppia passino il filtro

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