Questo è il comando FCluster che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
AmpliconNoise: rimuove il rumore dai dati della sequenza nucleotidica ad alto rendimento
VERSIONE
Questa documentazione si riferisce alla versione 1.22
SINOSSI
See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz per i dettagli su come eseguire.
DESCRIZIONE
Sono inclusi i seguenti strumenti. La maggior parte di essi ha un equivalente MPI, ad esempio
SeqNoise ha un SeqNoiseM equivalente che può essere utilizzato con mpirun.
FastaUnique - dereplica il file fasta
-in nome del file di input della stringa
Opzioni:
Fcluster
-in nome del file di input della distanza della stringa
-out stringa di output del file stub
Opzioni:
-r risoluzione
-un collegamento medio
-w usa i pesi
-ho letto gli identificatori
-s scala dist.
Ndist - matrice di distanza della sequenza di Needleman-Wunsch a coppie da un file fasta
-in string nome file fata
Opzioni:
-i identificatori di output
Perseo - uccide i mostri
-sin string nome file seq
Opzioni:
-tin file di sequenza di riferimento della stringa
-a allineamenti di output
-d usa squilibrio
-rin nome file di ricerca stringa
PyroDist - matrice delle distanze a coppie dai diagrammi di flusso
-in nome file del flusso di stringhe
-out stub il file stub
Opzioni:
-ni nessun indice nel file dat
-rin nome file di ricerca stringa
PiroNoise - cluster flowgram senza allineamenti
-din nome file del flusso di stringhe
-out string nome file di input del cluster
-lin file elenco stringhe
Opzioni:
-v verboso
-c doppia interruzione iniziale
-ni nessun indice nel file dat
-s doppia precisione
-rin nome file di ricerca file
SeqDist - matrice di distanza a coppie da un file fasta
-in string nome file fasta
Opzioni:
-i identificatori di output
-rin nome file di ricerca stringa
SeqNoise - sequenze di cluster
-in nome del file della sequenza di stringhe
-din nome file matrice distanza stringa
-out string nome file di input del cluster
-lin file elenco stringhe
Opzioni:
-min file di mappatura
-v verboso
-c doppia interruzione iniziale
-s doppia precisione
-rin nome file di ricerca stringa
DividiClusterPari
-din stringa dat nomefile
-min nome file mappa stringhe
-tin nome file dell'albero delle stringhe
-s dividere le dimensioni
-m dimensione minima
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