gmap: online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmap - Programma di mappatura e allineamento genomico

SINOSSI

gmap [VERSIONI...] <FASTA file...>, or cat | gmap [OPZIONI...]

VERSIONI

Ingresso Opzioni (dovere includere -d or -g)
-D, --dir=elenco
Elenco dei genomi. Predefinito (come specificato da --with-gmapdb al programma di configurazione)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Banca dati del genoma. Se l'argomento è '?' (tra virgolette), questo comando elenca
banche dati disponibili.

-k, --Kmer=INT
dimensione kmer da utilizzare nel database del genoma (valori consentiti: 16 o meno). Altrimenti
specificato, il programma troverà la dimensione kmer più alta disponibile nel genoma
banca dati

--campionamento=INT
Campionamento da utilizzare nel database del genoma. Se non specificato, il programma troverà il
valore di campionamento più piccolo disponibile nel database del genoma entro la dimensione k-mer selezionata

-G, --genomefull
Utilizza il genoma completo (sono consentiti tutti i caratteri ASCII; creato esplicitamente durante l'installazione), no
versione compressa

-g, --gseg=Nome del file
Segmento genomico fornito dall'utente

-1, --autoallineare
Allinea una sequenza contro se stessa in formato FASTA tramite stdin (utile per ottenere
traduzione proteica di una sequenza nucleotidica)

-2, --pairalign
Allinea due sequenze in formato FASTA tramite stdin, la prima è genomica e la seconda
uno è il cDNA

--cmdline=STRING,CORDA
Allinea queste due sequenze fornite sulla riga di comando, la prima delle quali è genomica e
il secondo è il cDNA

-q, --parte=INT/INT
Elabora solo la i-esima di ogni n sequenze, ad esempio 0/100 o 99/100 (utile per
distribuzione di posti di lavoro a una farm di computer).

--dimensione-buffer-input=INT
Dimensione del buffer di input (il programma legge questo numero di sequenze alla volta per l'efficienza)
(predefinito 1000)

Opzioni di calcolo

-B, --lotto=INT
Modalità batch (impostazione predefinita = 2)

La modalità sposta le posizioni del genoma
0 vedi nota mmap mmap
1 vedere la nota mmap e il precarico mmap
(impostazione predefinita) 2 vedere la nota mmap e precaricato mmap e precaricato
3 vedere la nota allocare mmap e precaricare
4 vedi nota allocare allocare
5 espandere allocare allocare

Nota: per una singola sequenza, tutte le strutture dati utilizzano mmap
Se mmap non è disponibile e allocare non è stato scelto, utilizzerà fileio (molto lento)

Nota circa --lotto e offset: è possibile controllare l'espansione degli offset
indipendentemente dal --espandi-offset bandiera. Il --lotto=5 opzione è equivalente a
--lotto=4 più --espandi-offset=1

--espandi-offset=INT
Se espandere l'indice degli offset genomici Valori: 0 (no, predefinito) o 1 (sì).
L'espansione offre un allineamento più rapido, ma richiede più memoria

--nosplicing
Disattiva lo splicing (utile per allineare sequenze genomiche su un genoma)

--min-lunghezza-introne=INT
Lunghezza minima per un introne interno (default 9). Al di sotto di questa dimensione, un gap genomico
sarà considerata una delezione piuttosto che un introne.

-K, --lunghezza introne=INT
Lunghezza massima per un introne interno (predefinito 200000)

-w, --localsplicidist=INT
Lunghezza massima per siti di giunzione noti alle estremità della sequenza (predefinito 2000000)

-L, --lunghezza totale=INT
Lunghezza totale massima degli introni (predefinito 2400000)

-x, --margine-chimera=INT
Quantità di sequenza non allineata che attiva la ricerca della sequenza rimanente
(predefinito 30). Abilita l'allineamento delle letture chimeriche e può essere utile con alcune
letture non chimeriche. Per disattivare, impostare su zero.

--no-chimere
Disattiva la ricerca delle chimere. Stesso effetto di --margine-chimera=0

-t, --nthread=INT
Numero di thread di lavoro

-c, --chrsubset=stringa
Limita la ricerca al cromosoma specificato

-z, --direzione=STRING
direzione del cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter,o
automatico (predefinito))

-H, --trimendexons=INT
Taglia gli esoni finali con un numero di corrispondenze inferiore a quello specificato (in nt, predefinito 9)

--canonical-mode=INT
Ricompensa per introni canonici e semi-canonici 0=ricompensa bassa, 1=ricompensa alta
(predefinito), 2=ricompensa bassa per sequenze ad alta identità e ricompensa alta altrimenti

--incrocio di specie
Utilizza una ricerca più sensibile per lo splicing canonico, che aiuta soprattutto per
allineamenti tra specie e altri casi difficili

--allow-close-indels=INT
Consenti un inserimento e una cancellazione ravvicinati (0=no, 1=si (default), 2=solo
per allineamenti di alta qualità)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Consenti i microesoni solo se una delle probabilità del sito di giunzione è maggiore di questa
valore (predefinito 0.95)

--cmetdir=STRING
Directory per i file indice di metilcitosina (creata utilizzando cmetindex) (l'impostazione predefinita è
posizione dei file di indice del genoma specificata usando -D, -Ve -d)

--atoidir=STRING
Directory per i file di indice di modifica dell'RNA da A a I (creata utilizzando atoiindex) (l'impostazione predefinita è
posizione dei file di indice del genoma specificata usando -D, -Ve -d)

--modalità=STRING
Modalità di allineamento: standard (predefinito), cmet-stranded, cmet-non-stranded, atoi-stranded,
atoi-non-stranded, ttoc-stranded o ttoc-nonstranded. Le modalità non standard richiedono
di aver eseguito in precedenza i programmi cmetindex o atoiindex (che coprono anche
i modi ttoc) sul genoma

-p, --prunelevel
Livello di potatura: 0=nessuna potatura (impostazione predefinita), 1=sequenze scarse, 2=sequenze ripetitive, 3=scarse e
ripetitivo

Tipi di uscita

-S, --riepilogo
Mostra solo il riepilogo degli allineamenti

-A, --allineare
Mostra allineamenti

-3, --continuo
Mostra l'allineamento su tre linee continue

-4, --continua-per-esone
Mostra l'allineamento in tre linee per esone

-Z, --comprimere
Output di stampa in formato compresso

-E, --esoni=STRING
Stampa gli esoni ("cdna" o "genomico")

-P, --protein_dna
Stampa sequenza proteica (cDNA)

-Q, --protein_gen
Stampa sequenza proteica (genomica)

-f, --formato=INT
Altro formato per l'output (notare anche il file -A ed -S opzioni e altre opzioni elencate
in Tipi di output):
psl (o 1) = formato PSL (BLAT),
gff3_gene (o 2) = formato del gene GFF3,
gff3_match_cdna (o 3) = formato GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (o 4) = formato GFF3 EST_match,
splicesites (o 6) = output di splicesites (per file di giunzione GSNAP),
introni = output degli introni (per file di splicing GSNAP),
map_exons (o 7) = formato della mappa degli esoni IIT FASTA,
map_ranges (o 8) = formato mappa intervallo IIT FASTA,
coordinate (o 9) = coordinate in formato tabella,
sampe = formato SAM (impostazione del bit paired_read nel flag),
samse = formato SAM (senza impostare il bitpaired_read)

Opzioni di output

-n, --npercorsi=INT
Numero massimo di percorsi da mostrare (default 5). Se impostato su 1, GMAP non riporterà
allineamenti chimerici, poiché implicano due percorsi. Se vuoi un unico allineamento
più gli allineamenti chimerici, quindi impostalo su 0.

--punteggio-subottimale=INT
Segnala solo i percorsi il cui punteggio rientra in questo valore del percorso migliore. Per impostazione predefinita,
se questa opzione non è fornita,
il programma stampa tutti i percorsi trovati.

-O, --ordinato
Stampa l'output nello stesso ordine dell'input (rilevante solo se c'è più di un lavoratore
filo)

-5, --md5
Stampa il checksum MD5 per ogni sequenza di query

-o, --chimera-sovrapposizione
Si sovrappone per mostrare, se presente, il punto di interruzione della chimera

--failsonly
Stampa solo gli allineamenti non riusciti, quelli senza risultati

--nofails
Escludere la stampa di allineamenti non riusciti

-V, --snpsdir=STRING
Directory per i file di indice SNP (creata utilizzando snpindex) (l'impostazione predefinita è la posizione di
file di indice del genoma specificati usando -D ed -d)

-v, --use-snps=STRING
Usa database contenente SNP noti (in .iit, costruito in precedenza utilizzando
snpindex) per la tolleranza agli SNP

--output diviso=STRING
Nome base per output di più file, separatamente per nomapping,
uniq, mult, (e chimera, se --margine-chimera è selezionato)

--ingresso-fallito=STRING
Stampa allineamenti completamente falliti come formato di input FASTA o FASTQ in base al dato
file. Se la --output diviso viene fornito anche flag, questo file viene generato in aggiunta
all'output nel file .nomapping.

--append-output
Quando --output diviso or --failinput è dato, questo flag aggiungerà l'output a
file esistenti. In caso contrario, l'impostazione predefinita prevede la creazione di nuovi file.

--dimensione del buffer di output=INT
Dimensione del buffer, nelle query, per il thread di output (predefinito 1000). Quando il numero di
risultati da stampare supera questa dimensione, i thread di lavoro vengono interrotti fino a quando
l'arretrato è stato cancellato

-F, --lunghezza intera
Assumere proteine ​​a lunghezza intera, iniziando con Met

-a, --cdsstart=INT
Traduce i codoni da un dato nucleotide (a base 1)

-T, --troncare
Tronca l'allineamento attorno alla proteina a lunghezza intera, implica che Met to Stop -F bandiera.

-Y, --tollerante
Traduce il cDNA con correzioni per i frameshift

Opzioni per l'uscita GFF3

--gff3-aggiungi-separatori=INT
Se aggiungere un separatore ### dopo ogni sequenza di query Valori: 0 (no), 1 (sì,
predefinito)

Opzioni per l'uscita SAM

--no-sam-header
Non stampare le intestazioni che iniziano con '@'

--sam-use-0M
Inserisci 0M in CIGAR tra inserimenti ed eliminazioni adiacenti Richiesto da Picard,
ma può causare errori in altri strumenti

--force-xs-dir
Per gli allineamenti RNA-Seq, non consente XS:A:? quando la direzione del senso non è chiara, e
sostituisce arbitrariamente questo valore con XS:A:+. Può essere utile per alcuni programmi, come
come gemelli, che non possono gestire XS:A:?. Tuttavia, se usi questo flag, il
il valore riportato di XS:A:+ in questi casi non sarà significativo.

--md-minuscolo-snp
Nella stringa MD, quando gli SNP noti sono dati da -v bandiera,
stampa i nucleotidi differenziali in minuscolo quando,
differiscono dal riferimento ma corrispondono a un allele alternativo noto

--azione-se-errore-sigaro
Azione da intraprendere in caso di disaccordo tra la lunghezza del CIGAR e la lunghezza della sequenza
Valori consentiti: ignora, avviso (predefinito), interrompi

--read-id-gruppo=STRING
Valore da inserire nel campo ID gruppo di lettura (RG-ID)

--read-nome-gruppo=STRING
Valore da inserire nel campo del nome del gruppo di lettura (RG-SM)

--read-group-libreria=STRING
Valore da inserire nel campo della libreria del gruppo di lettura (RG-LB)

--read-gruppo-piattaforma=STRING
Valore da inserire nel campo della libreria del gruppo di lettura (RG-PL)

Opzioni per i punteggi di qualità

--protocollo-qualità=STRING
Protocollo per i punteggi di qualità in ingresso. Valori ammessi: illumina (ASCII 64-126)
(equivalente a -J 64 -j all'31 ottobre) sanger (ASCII 33-126) (equivalente a -J 33 -j 0)

L'impostazione predefinita è sanger (nessuna modifica della qualità di stampa)
I file di output SAM dovrebbero avere punteggi di qualità nel protocollo sanger

Oppure puoi specificare il turno di stampa con questo flag:

-j, --qualità-stampa-shift=INT
Sposta i punteggi di qualità FASTQ di questa quantità nell'output (l'impostazione predefinita è 0 per sanger
protocollo; per modificare l'ingresso Illumina in uscita Sanger, selezionare all'31 ottobre)

Opzioni del file di mappa esterno

-M, --mapdir=elenco
Directory della mappa

-m, --carta geografica=iitfile
Archivio della mappa. Se l'argomento è '?' (con le virgolette),
questo elenca i file mappa disponibili.

-e, --mapexons
Mappa ciascun esone separatamente

-b, --mapboth
Riporta i risultati di entrambi i filamenti del genoma

-u, --fianco=INT
Mostra colpi laterali (default 0)

--stampa-commento
Mostra la riga di commento per ogni successo

Opzioni di output di allineamento

-N, --nessuna lunghezza
Nessuna lunghezza di introne allineata

-I, --invertmode=INT
Modalità per allineamenti al filamento genomico (-): 0=Non invertire il cDNA (predefinito)
1=Inverti cDNA e stampa il filamento genomico (-) 2=Inverti cDNA e stampa il filamento genomico (+)
filo

-i, --introngap=INT
Nucleotidi da mostrare su ciascuna estremità dell'introne (impostazione predefinita 3)

-l, --lunghezza avvolgente=INT
Lunghezza di avvolgimento per l'allineamento (predefinito 50)

Filtraggio delle opzioni di output

--copertura-ritagliata-min=FLOAT
Non stampare allineamenti con copertura ritagliata inferiore a questo valore (default=0.0, che
significa nessun filtraggio) Tieni presente che gli allineamenti chimerici verranno emessi indipendentemente da ciò
filtro

--min-identità=FLOAT
Non stampare allineamenti con identità inferiore a questo valore (default=0.0, che significa no
filtraggio) Si noti che gli allineamenti chimerici verranno emessi indipendentemente da questo filtro
Opzioni di aiuto

--dai un'occhiata
Controlla le ipotesi del compilatore

--versione
Mostra la versione

--Aiuto Mostra questo messaggio di aiuto

Altri strumenti della suite GMAP si trovano in /usr/lib/gmap

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